Peter Parker on koulukiusattu silmälasipäinen lukiolaisnörtti, joka on ihastunut kauniiseen Mary Janeen. Kun Peterin luokka on luokkaretkellä tutkimuslaitoksessa, häntä puraisee geenimanipuloitu hämähäkki. Pian Peter huomaa että hänellä on omituisia kykyjä, muun muassa hämähäkin nopeus, voima ja ketteryys. Peter päättää ansaita rahaa uusilla kyvyillään, ja aloittaa uuden uran show-painijana, jossa pääpalkintona on 3 000 dollaria 3 minuutista kehässä. Peter saa vain 100, koska oli vain 2 minuuttia. Hetken päästä paikka ryöstetään ja Peter päästää rosvon karkuun. Rosvo ampuu hänen Ben-setäänsä ja tämä kuolee. Siitä hetkestä lähtien Peter päättää käyttää uusia kykyjään maailman pahuutta vastaan. Toisaalla Peterin kaverin, Harryn isä, Norman Osborn tulee hulluksi eräässä kokeessa. Osbornista tulee Hämähäkkimiehen päävihollinen Vihreä Menninkäinen.

Peter Parker päättää luopua Hämähäkkimiehen trikoista, koska rikollisia vastaan taistelu haittaa pahasti hänen omaa elämäänsä: Mary Jane on kihloissa toisen miehen kanssa, opinnot eivät suju odotetusti ja hanttihommatkin tyssäävät jatkuvasti potkuihin. Kun tiedemies Otto Octavius saa superrikollisen voimat pieleen menneen kokeen seurauksena, Peterin on päätettävä, pitäisikö Hämähäkkimiehen sittenkin palata taistelemaan oikeuden puolesta.

Edellisen osan tapahtumat liittyvätkin olennaisesti uuden sarjakuvasaippuaoopperan juoneen.Viime jaksossahan sekä sankarin tyttöystävä Mary Jane että paras kaveri Harry Osborn saivat tietää, että Peter Parker on Hämähäkkimies. Tämä tuo vähän lisämielenkiintoa kolmososan juoneen, joka keskittyy ennen kaikkea Hämiksen ja hänen naisensa rakoilevaan suhteeseen. Hyvin ei mene kaveririntamallakaan: Harry kantaa kaunaa Peterille isänsä, Vihreän menninkäisen, kuoleman takia ja muuttuu itsekin superkonnaksi.Avaruudesta pudonnut organismi muotoutuu suhdesopan keskellä Hämähäkkimiehen uudeksi mustaksi puvuksi. Sen myötä nössö-Peter muuttuu kovikseksi, joka keimailee kadulla jokaiselle vastaantulevalle naiselle ja kukkoilee jazz-klubilla elokuvan toisessa (!) musikaalikohtauksessa. Tässä vaiheessa avaruusmönjä on ottanut valtaansa myös elokuvan tekijät tai sitten näiltä on muuten vaan karannut mopo käsistä. Muilta osin filmin huumori onneksi toimii.