Dvaja mladí, úspešní archeológovia Eisabeth Shaw (Noomi Rapace) a Charie Holloway (Logan Marshall-Green) objavili na rôznych miestach Zeme niekoľko jaskynných piktogramov z dávnych civilizácií a postupne sa im podarilo rozlúštiť, že všetky piktogramy smerujú na jedno jediné miesto vo vzdialenom vesmíre. S týmom ďalších bádateľov sa tak na palube kozmickej lodi Prometheus vydávajú na cestu, na konci ktorej chcú nájsť odpovede na najzákladnejšie otázky ľudského bytia. Každý z nich má však rozdielnu motiváciu, prečo sa expedície zúčastniť. Elisabeth verí, že ľudstvo bolo stvorené vyššou mocou a chce sa stretnúť so stvoriteľmi a pochopiť pôvod ľudskej existencie, zatiaľ čo Holloway sa viac snaží uviesť veci na pravú mieru. Nikto z posádky však nie je pripravený na nepredstaviteľnú hrôzu, ktorá na nich čaká a netušia, že práve oni budú musieť zviesť desivý súboj o záchranu budúcnosti ľudskej rasy.

Tvárou v tvár hrozbe stúpajúcej hladiny morí sa vedci a umelci snažia reprodukovať majstrovské diela z jedinečného prírodného priestoru... V národnom parku Calanques, 37 metrov pod hladinou mora, sa nachádza jediná známa podmorská jaskyňa s prehistorickými umeleckými dielami na svete: Cosquera. Túto pozoruhodnú skalnú jaskyňu s maľbami a rytinami spred 30 000 rokov ohrozuje stúpajúca hladina mora. Musíme konať skôr, ako bude neskoro. Zatiaľ čo sa v Marseille buduje replika jaskyne, vedecký výskum pokračuje priamo na mieste. Dokument sleduje archeológov, ktorí analyzujú majstrovské diela, a umelcov, ktorí ich reprodukujú, a zoznamuje divákov s neobyčajnou históriou jednej z najvýznamnejších zdobených jaskýň v Európe a s ľuďmi, ktorí kedysi žili na dnes zaplavenom pobreží Stredozemného mora.