从外宇宙发出的神秘光向地球传播。从每个行星的前基传来的光球飞行物的传递被一个接一个地中断，光球飞行物迅速接近地球，地侧也以拦截弹作出了反应，但没有任何效果，并且地球这是一颗从天而降的超大型导弹。然后，地球舰队被后来来到地球上的大型舰队的突袭所摧毁，转眼间，地球就被压制了。 　　暗星帝国要求找到大和号，而超大型导弹则威胁要用沉重的核弹摧毁地球上的介子团并立即杀死人的脑细胞。 　　古代大和号的船员聚集在英雄山上，前往小行星伊卡洛斯（Icarus），以回应森木由纪（Yuki Mori）提出的一项最高机密命令。但是，森幸由纪在途中受伤，只有一个人留在了地上。当逃离地球的致命一党到达伊卡洛斯时，大和号被藏在那里。

　　大和号的机组人员发现，重型核弹的爆炸控制是敌方母星，并着手进行了40万光年的航行，以防止爆炸。