Dopo aver respinto la minaccia di un'invasione dei Neuroi in Romagna e aver distrutto il nido del nemico su Venezia, Yoshika Miyafuji torna nella sua città natale nell'Impero di Fusou. Nonostante la perdita delle sue capacità magiche e curative, l'ex ufficiale del 501st Joint Fighter Wing vuole continuare a studiare medicina. Questo per aiutare chi ha bisogno, sia i civili che quelli in prima linea. Riceve un invito da una prestigiosa scuola in Europa e decide di accettare l'offerta, intraprendendo un viaggio di ritorno nel continente devastato dalla guerra.

Tuttavia, sorge un nuovo pericolo, poiché sempre più Neuroi riescono a sfondare le linee di difesa umane, apparendo inosservati in aree apparentemente sicure e disturbando gli equilibri di potere in Europa. Il senso del dovere di Yoshiki si scontra con la sua incapacità di pilotare un'unità d'assalto, ma con i suoi amici in pericolo, sembra che possa fare solo una cosa.