聖瑪格諾利亞共和國。國民們表面上過著平靜的生活，然而背地裡卻有許多生命遭受到摧殘。為了與鄰國·齊亞德帝國無人戰鬥機的入侵相對抗，共和國也製造出了無人機，但那並不是真正的無人機。所謂的無人機裡面還搭載著被稱為86的少年少女們，他們日夜不間斷地持續作戰。並不認同這種現狀，並想要靠近他們的共和國軍少佐蕾娜，被任命為精銳部隊·先鋒部隊的管制。但是，戰隊隊長身上有著摧毀指揮管制官負責人的奇怪傳聞…

指揮官的替換對於在殘酷戰場上頑強生存的“86”們來說，是十分常見的事情。但是身位白系種（阿魯巴）卻想要積極和“86”們交流的蕾娜，對他們而言很稀奇。他們身在一個何時和＜軍團＞開戰都不奇怪的環境裡，在沒有戰爭的時候收集食物、看書或是發呆。突然管制室通過知覺同步向先鋒戰隊全隊通報了敵襲的消息…

從蕾娜口中說出的，對先鋒戰隊戰死者的哀悼。以這句話為導火線，賽歐將至今為止壓抑在內心的怒火全部對蕾娜發洩了出來。雖然萊頓制止了他讓他冷靜了下來，但是除他以外的隊員們也開始對蕾娜產生了厭惡和反感。先鋒戰隊的隊員們一直生活在這九死一生的世界裡，即使在凱耶死亡後，他們的日常生活也沒有太大的改變。賽歐也因為和蕾娜的交談而回憶起了自己過去遇到過的一個人。

辛告訴了她先鋒戰隊的真相——先鋒戰隊被分配到的「特別偵查任務」。得知後的蕾娜想盡辦法阻止任務執行，當她尋求阿奈特的幫助時，被拒絕道：“我也無能為力”。面對據理力爭的蕾娜，阿奈特最終露出怒氣，開始講述她以前的「某戶鄰居」與〈陣列器〉的真相。

在與“牧羊人”的戰鬥之後，開始超越的人終於脫離了共和國的控制。在不再強迫戰鬥的環境中，Fido 和成員們繼續取得不可靠的進展，同時享受著大自然的轉變，這不是一次匆忙的旅行。但軍團的威脅總是在他們身邊。在旅途中，成員們從 Fido 那裡聽說附近有一座城市，並決定順便順便看看發生了什麼事。在那裡，進聽到了某個聲音。

帶著他們的驕傲和對分散的同伴的誓言，他們從未停止過。就算你的武器彈藥用光了，和你在一起很久的菲多也是一敗塗地。然後他們到達了最後的地方。與此同時，留在共和國的莉娜終於登陸了她的土地。在真正的先鋒中隊基地，沒有越過傘兵，她感受到了剩餘成員的微弱跡象……

成功完成〈閃蝶〉討伐作戰，辛他們履行了「活著回到聯邦」的約定。謳歌了短暫的休息之後，希望重返前線部隊的他們收到了厄倫斯特的通知。越過共和國的絕命戰場，在他們費勁來到的聯邦有新的相遇。戰鬥、苦惱、以及在前方望見的一絲希望，少年少女們的故事開始一步步向前進展。在他們不斷前行的旅途盡頭，映入眼簾的是……