特別士官学校への入学を決めたシンたち。かつてスピアヘッド戦隊として過酷な戦場を生き抜いてきたシンは、特士校でもその戦闘能力を発揮し、周囲を驚かせる。しかし、戦闘慣れした〈エイティシックス〉であるシンに向けられる視線は、決してあたたかなものだけではなかった。そうした状況のなか、配属先の部隊でシンは、図書館で出会った青年・ユージンと再会を果たす――。

大規模攻勢を凌ぐも、突然の長距離砲撃により、甚大な被害を受けたギアーデ連邦の前線部隊。敵の兵装は「電磁加速砲」と推定された。かつてシンたちスピアヘッド戦隊を半壊させた、フレデリカの騎士――。かつてない強力な〈レギオン〉に、連邦はある決断を下す――。明日訪れるかもしれない死への緊張感に包まれる連邦軍人たちの中、しかしシンはどこか心ここに在らずな様子で……。

〈モルフォ〉討滅作戦は成功し、シンたちは「生きて連邦に帰る」という約束を果たした。つかの間の休息を謳歌した後、再び前線部隊への従軍を希望した彼らは、エルンストからとある通達を受ける。共和国の絶死の戦場を超え、辿り着いた連邦での新たな出会い。戦い、苦悩し、その先で見た一筋の希望。少しずつ動き出した少年少女たちの物語。進み続けた旅路の果てで、彼らの瞳に映るものは――。