도시에서 히나미자와 마을로 전학 온 케이이치는 오늘도 어김없이. 등굣길에 레나, 미온과 만나 학교로 향하고 학교에서 친구들과 평소와 다름없는 하루를 보낸다. 하굣길에 레나를 따라 쓰레기장에 간 케이이치는 그곳에서 만난 토미타케 지로에게 히나미자와 마을의 과거와 관련된 어떤 말을 듣게 되는데.

예전 히나미자와 마을에서 행해진 댐 공사에 얽힌 토막 살인 사건에 대해 알게 된 케이이치는, 그날 이후 마치 자신을 감시하는 듯한 레나의 시선을 눈치채고, 정체 모를 공포에 사로잡히게 되는데.

와타나가시 연무가 끝나고 케이이치는 레나와 함께 강가로 내려간다. 마을의 수호신 오야시로님에게 감사를 표하는 레나를 따라서 케이이치도 솜을 띄운다. 그런데 축제가 끝난 다음 날, 케이이치에게 오오이시라는 형사가 찾아오는데.

나날이 의심이 깊어지는 케이이치는 아침에 같이 등교하기 위해 찾아온 레나의 얼굴을 똑바로 쳐다볼 수가 없어서 학교를 쉰다. 그렇지만 친구인 레나를 믿고 싶어서 갈등하는 케이이치에게 의외의 인물이 말을 거는데.

1983년 6월 어느 날 케이이치는 미온과 레나에게 전화로 호출당한다. 동아리 활동의 일환으로 게임 대회를 즐긴 케이이치는 참가상으로 뜻밖의 선물을 손에 넣는데.

불량배들과 시비가 붙은 케이이치를 구한 것은 시온과 하나미자와의 주민들이었다. 시온은 당황한 케이이치에게 댐 건설 계획과의 싸움에서 승리한 히나미자와 마을에 대대로 전해 내려오는 단결의 역사에 대해 이야기하는데.

시온의 권유로 와타나가시 봉납 연무를 보다 빠져나온 케이이치는 우연히 만난 타카노의 제안으로 금기로 여겨지는 후루데 신사의 제구전에 몰래 들어간다. 그곳에서 케이이치는 히나미자와 의 무서운 전승에 대해 듣게 되는데.

제구전에 몰래 들어갔던 일을 후회하는 케이이치는 타카노와 토미타케처럼 자신도 사라질지도 모른다고 생각해서 두려움에 떤다. 그러던 중 촌장에 이어서 새로운 행방불명자가 발생하는데.

케이이치는 사소한 말다툼을 계기로 사토코와 요리 대결을 하게 된다. 집에서 요리를 하다 실패하고 사토코와 리카의 도움을 받은 케이이치는 평소에는 볼 수 없던 사토코의 가정적인 일면을 보게 되는데.

사토코의 슬픈 과거를 알게 된 케이이치는 더욱 사토코를 신경 쓰게 된다. 그러던 어느 날, 사토코가 갑자기 학교에 나오지 않게 되는데. 케이이치는 리카에게 그 사정을 묻고자 하지만.

갑자기 이성을 잃고 울부짖는 사토코에게 아무것도 해줄 수 없는 케이이치 일행. 소중한 친구를 구하기 위해 자신들이 할 수 있는 것을 제안하게 되고 서로의 의견이 충돌하는데.

케이이치의 부탁을 받아 아동 상담소 앞에 많은 사람이 몰려든다. 학교뿐만 아니라 이리에와 토미타케 일행의 협력도 얻으면서 케이이치는 사토코를 구하기 위해 계속 호소한다.

사토코를 구하기 위해서 댐 전쟁 때부터 이어진 호죠 가문과의 악연을 청산하고 히나미자와 마을이 오니가후치 사수 동맹으로서 단결한다. 하지만 그런 케이이치 일행의 앞에 오오이시가 나타나는데.

케이이치 일행의 활약으로 사토코는 삼촌 텟페이로부터 구출된다. 운명의 주사위가 이끄는 미래는 리카가 절망한 결말로 향하는 듯 보였지만.

앞으로 5번만 참극의 운명에 저항해 보기로 결심한 리카. 다음 세계에서 동아리 멤버들과 함께 오키노미야의 장난감 가게를 방문한 리카는, 그리운 사람과 재회하는데.

첫 번째 시련에 도전해서 예전에 살던 엘리오르 대삼림으로 온 에밀리아. 그런 추태를 보이고서도 잘도 얼굴을 들고 다닌다며 비아냥대는 에키드나에게 에밀리아는 음흉하게 웃으며 같은 마녀의 악의 따위에는 굴복하지 않는다고 말한다. 숲 안쪽으로 나아가던 두 사람은 탁 트인 장소에 우뚝 선 거목을 발견한다. 그 뿌리 쪽에는 빗장이 달린 작은 문이 있었고 그곳은 어린 에밀리아가 자주 놀던 공주님 방이었는데.

죽음의 연쇄 끝에 리카가 도달한 세계는 참극이 없는 오야시로님의 저주에서 해방된 것 같은 리카가 한 번도 본 적이 없는 히나미자와였는데.

1983년, 6월. 쓰르라미가 우는 소리는 언제부턴가 들려오는 축제 음악 소리에 묻혀 지워지고 끝나지 않는 통곡이 승리의 환희로 바뀌어 간다. 그리고 때는 1964년 6월.

히나미자와 마을에서의 행복한 일상을 즐기던 사토코는 리카가 오랜 시간 가슴속에 품고 있던 꿈에 대해서 듣게 된다.

꿈이었던 성 루치아 학교에서의 새로운 생활을 손에 넣은 리카는 학교의 인기인이 되어 간다. 한편, 교풍에도 공부에도 적응하지 못하던 사토코는 보충수업으로 나날을 보내고 있었는데.

무언가에 이끌려 제구전에 발을 들인 사토코는 갑자기 거룩한 빛에 휩싸인다. 눈을 뜬 사토코는 자신이 이승이 아닌 다른 곳에 있다는 것을 깨닫는데.

1984년 6월. 제일 좋아하는 리카와 언제까지나 함께하고 싶다는 단 하나의 소원을 이루기 위한 사토코의 고독한 싸움이 시작되었다.

터무니없는 시간을 들여서 히나미자와 마을을 둘러싼 모든 인자를 이해한 사토코. 하지만, 사토코가 모르는 곳에서 조각에 작은 왜곡이 생겨나기 시작하는데.

에우아의 힘의 영향으로 히나미자와는 예전의 모습을 잃어가고 있었다. 결국 그 영향은 어떤 인물에게까지 미치게 되었는데... 이것은 사람이 아닌 것이 돼버린 소녀의 '업'을 둘러싼 이야기.

히나미자와에 이사 온 케이이치는 마을 주민인 레나 일행과의 새로운 생활을 즐기고 있었다. 그러던 6월의 어느 날 레나는 아버지 태도가 어딘가 이상하다는 것을 눈치채고 아버지에 대해 불신감을 갖게 되는데.

아버지가 술집 접대부 마미야 리나에게 돈을 뜯기고 있다는 것을 알게 된 레나는 어렸을 적 자신 때문에 가족이 헤어졌었던 일을 떠올리고 두 번 다시 같은 실패를 하지 않기 위해 가족을 망치려는 자와 싸우기로 결심하는데.

자신이 저지른 죄를 케이이치에게 들켰다고 생각한 레나는 오오이시 형사가 리나의 행방에 대해 조사하고 있다는 것을 알게 되고 자신의 안에서 솟아오르는 의심으로 인해 생긴 두려움과 불안함에 얽매이고 마는데.

참극을 회피하기 위해 케이이치에게 조언했던 리카는 케이이치와 레나가 서로를 해쳤다는 사실을 알고 절망한다. 하지만 참극이 일어나지 않는 세계가 있을 거라고 믿으며 리카는 다시 앞으로 나아가는데.

제일 좋아하는 케이이치에게 인형을 선물받은 미온은. 마음이 들떠 행복한 시간을 보내고 있었다. 하지만 케이이치가 시온과 함께 있는 것을 목격한 뒤로 미온의 마음은 격렬하게 요동치기 시작하는데.

오야시로님의 저주로부터 케이이치를 지킬 것을 결심한 미온은. 저주의 흑막이라고 믿고 있는 3대 가문의 수장 중 한 명인 오료를 신문하기 위해 지하 감옥에 감금한다. 하지만 이미 오료는 숨을 쉬지 않고 있었는데.

몇 번이고 세계를 반복해도 참극이 멈추지 않는 것에 절망하는 리카. 그 광경에 마음 아파하는 하뉴 또한 자신의 무능력함에 자책하고 있었다. 다음 세계가 시작되고 눈물을 흘리는 리카를 친구인 사토코가 위로해 주는데.

작은아버지 텟페이와 함께 살게 되었다는 사토코의 말을 들은 리카. 텟페이가 회개한 것을 모르는 리카에게 그 말은 최악의 세계가 시작됐음을 의미하는 것이었다. 리카는. 필사적으로 사토코를 붙잡으려 하는데.

울부짖는 사토코의 모습을 보고 케이이치 일행은 더는 사태를 내버려 둘 수 없다는 것을 알게 된다. 사토코를 구하고 싶다는 마음으로 하나로 단결한 부활동 멤버들의 모습에 모든 것을 계획한 인물은 홀로 득의양양하게 웃는데.

히나미자와 연속 괴사 사건의 진상 해명에 집념을 불태우던 오오이시는 도움을 요청하는 텟페이에게 들은 진실을 이용해서, 저주의 화살을 호죠 집안으로 향하게 만들어 미끼로 이용하려는 계획을 꾸미는데.

와타나가시의 날 집으로 마중을 온 리카를 새 옷으로 갈아입은 사토코가 미소를 지으며 맞이한다. 집 안에서 계속 벌어지는 참극을 눈치채지 못한 채, 리카는 사토코와 함께 축제 장소로 향하는데.

끝나지 않는 참극에 리카의 정신은 한계에 달하려 하고 있었다. 현재의 히나미자와가 예전의 모습과는 다르다는 것을 눈치챈 하뉴는 리카에게 부여한 불완전한 힘을 수복하기로 결심하는데.

리카와 사토코의 이야기를 감상하던 에우아의 앞에 하뉴가 나타난다. 에우아에 의해 만들어진 참극을 일으킨 자의 정체를 알게 된 하뉴는 격하게 동요하는데.

모든 진실을 알게 된 리카에게 마녀의 눈동자를 가진 자가 총구를 겨눈다. 그것은, 단둘밖에 없는 되풀이하는 자들 간의 영원히 계속되는 싸움의 시작이었는데.

유구하게 계속된 싸움 끝에 되풀이하는 자를 진정한 의미로 죽일 수 있는 신검 오니가리노류오를 손에 넣은 리카. 많은 생각이 떠오르는 그 순간 리카는 최후의 결단을 내리는데... 이것은, 사람이 아닌 자로서 운명에 저항하는 소녀들의 '졸업' 이야기.