地球防衛軍日本支部のロボット部隊「ストレイジ」でパイロットを務めるナツカワ ハルキ。地球の平和を守る為に日夜戦い続ける彼の前に、新たなウルトラヒーローが舞い降りる！その名はウルトラマンゼット。

対怪獣ロボット部隊「ストレイジ」の新たなミッション。それは電気を餌にし自在に姿を消す透明怪獣ネロンガの討伐だ。主力ロボット・セブンガーに乗り込み立ち向かうも、電気を奪われ苦戦するハルキ。

トンネル工事を予定していた山に、生命反応が低下した古代怪獣ゴモラが眠っていた。これを無人島に輸送すべく対怪獣ロボット部隊・ストレイジの大作戦が開始される！しかし突然ゴモラが目を覚まし、大パニックに！

ついに対怪獣ロボット部隊・ストレイジの新たな戦力、特空機二号ウインダムが完成する。だが、エネルギー充電に問題がありウインダムは起動しない。そんな中、地底怪獣テレスドンが地上で大暴れ！

冷凍怪獣ぺギラが街を襲う！ぺギラが吐き出すすさまじい冷気の前にはストレイジの対怪獣ロボットも歯が立たない。この危機に、ウルトラマンゼットは新たな武器「ゼットランスアロー」を携え立ち向かう！

地球にあの男が帰ってくる！　彼の名は朝倉リク（演：濱田龍臣）。そう、ウルトラマンジードに変身する青年だ。だが、地球に来たのは彼だけではない。

朝倉リクが何者かにさらわれた！　リクに秘められた力を利用して、凶悪な何かが作り出されようとしている！そして登場する強敵・ベリアル融合獣！大ピンチに陥るウルトラマンゼットの前に、満を持して師匠が帰ってくる！邪悪な野望を打ち砕け！　ゼット、ジード、そしてゼロ！

宇宙からやってきた謎の美人姉妹。彼女たちからもたらされた未知なる怪獣の細胞により、合体怪獣トライキングが出現した！　それを更なる怪獣の細胞で超合体怪獣ファイブキングに強化するカブラギ。この強敵に立ち向かうには新たな力を手にするしかない！そう、変幻自在の神秘の光を！

地球防衛軍に回収されたウルトラメダル。それを安全な施設まで護送するのが今回のストレイジの任務だ。だが、宇宙の秘宝と言われるウルトラメダルを宇宙人が狙っている！

ストレイジに回収されたキングジョーを海賊宇宙人バロッサ星人が取り戻しにやってきた！宇宙中から様々な道具・武器を強奪し使用するバロッサ星人は強敵だ！

特空機３号キングジョー ストレイジカスタムがいよいよ完成！全身に武器を備え、とてつもないパワーを秘めたスーパーロボットだ。そんな中、ストレイジの前に出現するレッドキング。だがこのレッドキングにはなにやら秘密がありそうで。

十年前に地球に落下し眠っていた怪獣、グルジオライデンが目覚めた！　対するゼットだが、ハルキの様子がどこかおかしい。精彩を欠くゼットをフォローすべく奮戦するキングジョー ストレイジカスタム。果たして戦いの行方はいかに！？

ハルキの前に現れたコイン怪獣カネゴン。お金が食べ物のカネゴンはお腹をすかし、あろうことかハルキのウルトラメダルを食べてしまった！　ウルトラマンゼットの活躍を振り返りながら、どうにかしてカネゴンのお腹の中からウルトラメダルを取り戻さなければ！

突如出現した四次元怪獣ブルトンの仕業で、ストレイジの基地は大混乱に陥る！　時間も空間もぐちゃぐちゃになってしまい、次元の牢獄と化してしまうストレイジ基地。そんな中、ハルキの身にも不可思議な現象が襲いかかる！

ウルトラマンジードからの緊急連絡！　宇宙にひずみが生まれ、すべてを無に返す虚空怪獣グリーザが現れるらしい。この脅威に立ち向かうには、新たな力が必要だ！　そう、今ここにウルトラマンゼット最強の姿が誕生する！

ユカが子どものころに見た怪獣・ホロボロスが長き眠りから目覚める日がやってきた！　暴れるホロボロスを鎮める手がかりは、古文書に記された不思議な言葉。その解読に乗り出すユカだったが、ホロボロスにカブラギの闇の力が迫って！？

宇宙海賊バロッサ星人が再び襲来！　バロッサ星人はウルトラマンゼットの新たな力、ベリアロクを奪おうと狙いを定めていた！強大なパワーを秘めたベリアロクを悪の宇宙人に渡すわけにはいかない。ジャグラーも交えた魔剣の争奪戦が始まった！

怪獣が消え去る不思議な事件が起こった。調査するハルキが出会ったのは、古い観覧車を見つめる謎の女性・カオリ。さらに街では人々の失踪事件が相次ぐ。果たして事件の真相は、そしてカオリの正体とは一体！？

整備班長イナバ コジローの娘、ルリが生み出した人工生命Ｍ１号がトラブルで巨大化してしまった！　悪意はないM１号だが、このままでは多大な被害が出てしまう！　ストレイジはＭ１号が市街地に到着する前に止めるため、大作戦を始める！　果たしてM１号を救うことはできるのか！？

回収されたバラバの残骸から、異次元人ヤプールの能力を応用した新兵器が開発された！凄まじいその威力に、ハルキたちは使うことを反対するが、そんな時、宇宙凶険怪獣ケルビムが現れる！

街を散策していたハルキとヨウコの前に、またまたあの海賊宇宙人が現れる！これまでに倒されてきた兄弟の仇を取ると豪語するバロッサ星人。襲いくる強敵を前に、博物館行きになっていた特空機１号セブンガーが久々の活躍を見せる！？

ウルトラマンを解析して生み出された特空機４号ウルトロイドゼロ！ヨウコがパイロットに選ばれ、起動テストが行われる日、各地で怪獣が暴れ出した！

遂にハルキの前で正体を明かしたジャグラー。そして最後の計画を開始するセレブロ。それぞれの目的が露わとなり、事態は最悪の方向に突き進んで行く！絶望の影が忍び寄る中、悪夢を具現化したような最後の敵がその姿を現した！

強敵デストルドスの猛攻で深刻なダメージを負ったハルキとウルトラマンゼット。一方ストレイジは、敵の手に落ちたヨウコの救出のために決死の総力戦に挑む！ゼットとハルキ、そしてストレイジの戦いがついにクライマックス！

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