Towa, Setsuna et Moroha sont dépêchées par Jûbei pour exterminer deux frères yôkai qui se battent et, ce faisant, nuisent aux villages alentour. Une fois sur place, l'un des deux frères remarque cependant les perles arc-en-ciel dans les yeux des filles de Sesshômaru. La convoitise les conduit alors à une trêve temporaire...

Comment la perle arc-en-ciel a-t-elle vu le jour ? Pourquoi Riku la recherche-t-il ? La réponse à toutes ces questions, et bien plus encore, est sur le point d'être dévoilée...

Comment exactement Rin a-t-elle fini prisonnière de l'Arbre des Âges ? Que s'est-il passé dans la jeunesse de Setsuna et Towa ?

Pour pousser Towa au désespoir, Zero s'ingénie à lui rappeler les plus tristes épisodes de sa vie, les petits moments de doute où elle ne s'est pas sentie pleinement acceptée dans son nouveau monde. Elle semble vouloir à dessein la mettre en colère, et un certain fil rouge pourrait être la clé du mystère…

De retour dans le Japon féodal avec l'aide d'Akuru, les princesses constatent vite que la situation est grave : l'étoile spirituelle attire à elle tous les yôkai, que Kirin est en train de pourfendre allègrement. Il semblerait aussi que sa loyauté envers Kirinmaru soit toute relative…