Towa, die mit ihrer Schwester Setsuna in einem Wald in der Sengoku-Zeit aufwuchs, wird durch die Zeit geschleudert und muss nun in der Neuzeit leben, was selbstverständlich einige Schwierigkeiten mit sich bringt. Die Yōkai-Jäger Hisui und Kohaku treffen auf der Suche nach dem Yōkai, welcher ein Dorf am Fuße des Berges angegriffen hat, auf Moroha, die hinter eben jenem Yōkai her ist.

Setsuna und Moroha werden durch die Zeit katapultiert und landen vor den Füßen einer verblüfften Towa, die ihre Schwester nach zehn Jahren sofort wiedererkennt. Ihr Wiedersehen trifft jedoch bei Setsuna auf wenig Gegenliebe und wird schnell von Lady Dreiauge unterbrochen, die es auf die dritte Regenbogenperle abgesehen hat.

Moroha findet einen Weg zurück in die Sengoku-Zeit und Towa beschließt, die beiden zu begleiten. Leider beinhaltet dieser Weg eine Abmachung mit dem Wurzelkopf-Yōkai, die Moroha allerdings nicht einzuhalten beabsichtigt. Während sie den Durchgang zur Sengoku-Zeit passieren, geschieht jedoch etwas Seltsames und die drei finden sich vor der Gestalt einer Priesterin wieder.

Moroha, Setsuna und Towa stehen vor der Barriere am Berg Musubi. Sobald sie diese betreten, werden die drei jedoch von einander getrennt und seltsame Dinge geschehen. Es dauert nicht lange, bis Moroha den Baum der Zeitalter findet und mit ihm ein mysteriöses Mädchen. Towa und Setsuna irren derweil weiter innerhalb der Barriere herum, die ihnen beiden eine Frage stellt, die sie korrekt zu beantworten haben, sonst können sie diese nie mehr verlassen.

Towa befindet sich in den Klauen Zeros, die sie ihre schmerzlichsten Erinnerungen noch einmal durchleben lässt, doch mit welchem Ziel? Setsuna und die Yōkai-Jäger werden unterdessen erneut von Yōkai angegriffen, doch sie erhalten unerwartete Unterstützung. Anderenorts will Moroha nur noch eines, und zwar zu Hause ein Bad nehmen.

Towa gelang es zwar, Sesshōmaru zu retten, doch dabei hat sie all ihr Kon, ihre geistige Energie, aufgebraucht. Andererorts verbringt Moroha etwas Zeit mit ihren Eltern, die sie endlich wiedergefunden hat. Und die Yōkaijäger sowie Miroku, Sango und ihre beiden Töchter bereiten sich auf einen Kampf gegen Kirinmaru vor.

Nachdem der Yōrei-Schmetterling bezwungen ist, können sich Towa, Setsuna und Moroha zum ersten Mal seit langer Zeit eine Verschnaufpause gönnen, in der sie Zeit haben über all die Dinge nachzudenken, die geschehen sind. Doch es dauert nicht lange, bis der Leichenhändler Jyūbei von einem mysteriösen jungen Mann aufgesucht wird, der unsere Halbdämonen-Prinzessinnen anheuern möchte, um ein Yōkai zu beseitigen.