Reito, un jeune garçon cryogénisé dans le but de guérir d'une maladie, se réveille dans un monde où 99,9 % des hommes ont disparu. On lui apprend alors qu'il fait partie des derniers espoirs de l'humanité qui devront repeupler le monde.

Alors qu'il prend tout juste conscience de sa situation, Reito fait la connaissance de Nº 1, le premier homme à avoir été réveillé après la pandémie mondiale. Peu après, notre protagoniste se voit également mettre à la charge de deux jeunes femmes qui assureront sa sécurité, mais pas seulement...

Shôta Doi, un élève de lycée qui était jadis persécuté se réveille aujourd'hui dans le monde d'après la pandémie, toutefois, il semble évoluer dans un environnement différent de ses deux prédécesseurs.

Pour Shôta, la vie se poursuit au sein de son nouveau lycée, et tandis qu'il fait plus ample connaissance avec les filles de sa classe, quelques doutes germent dans son esprit. Quelle est la vraie raison de sa présence ici ?

Nous retrouvons notre protagoniste Reito, qui a décidé de mener ses recherches dans l'espoir de trouver un vaccin contre le virus MK. On lui présente alors la femme de celui qui fut la première victime de la pandémie.

Reito continue ses recherches, mais se rend compte qu'il est confronté à un mur. En effet, il n'a pas accès à toutes les ressources dont il a besoin pour mener à bien son projet et tout porte à croire que certaines entités sont derrière ceci. Pendant ce temps, Hino jette son dévolu sur la sœur de notre héros.

Nous reprenons l'histoire aux côtés de Doi, qui continue à mener sa nouvelle vie au sein de son lycée. Toutefois, son passé continue de le hanter, bien qu'il ne soit pas le seul à être tourmenté...

Une nouvelle camarade de classe se présente à Shôta, il s'agit d'une vieille connaissance qui semble-t-il, ne semble pas très haut placée dans le cœur du jeune garçon. Pire encore, celui semble bien décidé à prendre sa revanche sur le passé en commençant par elle.

Reito, qui continue d'investiguer sur l'origine du virus MK, se rapproche de plus en plus de la vérité, et Shôta, de son côté, profite pleinement de ses avantages d'homme survivant. Pendant ce temps, en coulisses, se trament de nombreux complots...

Shôta a été victime d'une victime d'une tentative d'enlèvement qui, fort heureusement, a été déjouée. Il apprend par la même occasion qu'il n'est pas le seul homme survivant, contrairement à ses croyances initiales. Reito, de son côté, en apprend davantage sur la situation d'Elisa...

Après avoir fait la rencontre de Shôta, Reito décide d'échapper à l'emprise de l'UW en s'évadant du centre. Alors qu'il est sur le point de mener son plan à exécution, de nouveaux événements surviennent.