ここはどこ？ 私は、アリス……?!今回の舞台は、なぜか不思議の国。ある日、奇妙なウサギを追いかけて、ハルヒは不思議の国へと迷い込んでしまったのだ。

不思議の国で出会う、ホスト部の面々。でも、彼らはいつもの彼らではない。光と馨のネコ、宝積寺れんげの公爵夫人に、帽子屋の環……！ ハルヒは元の世界に戻りたいと願うが、彼らからある裁判が開かれることを聞く。

不思議の国の女王陛下が、単なる気紛れから無実の者に死刑を執行しようとしているというのだ。それを阻止するため、自らの身を顧みず女王陛下のもとへと急ぐハルヒ。女王陛下が、外からやってきたハルヒの言うことに耳を貸すはずはないのに……。

ハルヒのピンチに、不思議の国の住民であるホスト部員たちが現れる。ハルヒは無事に、元の世界に戻ることができるのか……。