Shiki und seine Crew, die nun der Verfolgung durch die Menge ausgesetzt sind, müssen einen Weg finden, unbemerkt zu bleiben... Doch sie haben die Rechnung ohne die Element 4, Drakken Joes Spezialeinheit, gemacht. Der Rest der Crew an Bord der Edens Zero muss sich mit drei Eindringlingen auseinandersetzen... Und es ist Witch, der "Schild der Edens", die sich ihnen entgegenstellt.

Der Kampf zwischen Laguna, dem Wasserelement der Element 4, Drakken Joes Spezialeinheit, und Weisz, der ihn geschickt ausgetrickst hat, geht weiter. Doch bald greift auch ein anderes Mitglied der besagten Einheit ein... Eine Tragödie zwingt Rebecca, die sich immer noch an Bord der Edens Zero befindet, nach Belial Gore zu reisen, doch auch hier stellt sich ihr ein anderes Mitglied der Element 4 in den Weg...

Während Shiki gegen Jinn kämpft, versucht Homura, vor Sylphe zu fliehen. Rebecca wird von Daichi, dem letzten der Element 4, gefoltert, doch erst Drakken Joe bringt das Abenteuer der Crew der Edens Zero auf tragische Weise durcheinander...

Ein neuer Angriffsversuch auf Drakken Joe wird dank Rebeccas Cat gestartet. Shiki und ihre Gefährten müssen erneut gegen die Element 4 antreten, aber dieses Mal werden die Karten neu gemischt. Rebecca trifft auch wieder auf einen Charakter, der ihr das Prinzip ihrer besonderen Fähigkeit und die damit verbundenen Konsequenzen erklärt.

Während die Vier Leuchtenden Sterne gegen die Element 4 kämpfen, versuchen Shiki und seine Gefährten, Labilia zu finden, die von Drakken Joe gefangen gehalten wird. Dabei treffen sie auf Sibir, der ihnen mehr über die Identität von Drakken Joe erzählt...

Auf dem Planeten Red Cave entdecken Shiki und ihre Freunde einen Unterwassertempel und seine Wächterin Nadia, die ihnen bestätigt, dass es tatsächlich einen Hinweis auf Mother gibt. Um diesen Hinweis zu erhalten, müssen sie jedoch eine Prüfung bestehen...

Die Suche nach den Reliquien von Mother führt die Crew der Edens Zero auf den Planeten Foresta. Dort angekommen, müssen Shiki und seine Gefährten jedoch feststellen, dass zwischen Maschinen und Menschen keine normale Situation herrscht...

Das Chaos, das auf Foresta herrscht, ist also tatsächlich Ziggys Werk. Shiki und seine Gefährten müssen sich außerdem mit den Männern von Poseidon Nero, dem Kaiser des Aoi Cosmos, auseinandersetzen. Andererseits wird Hermit klar, dass sie und ihre drei Kameraden von den Leuchtenden Sternen ebenfalls Gefahr laufen, aus den Fugen zu geraten. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Shiki und seine Gefährten wurden getrennt und müssen jeweils gegen ein Mitglied von Beast, dem Freikorps von Kaiser Poseidon Nero, antreten.

Während Rebecca lernt, ihre Cat-Leap-Kräfte besser zu beherrschen, begibt sich Hermit in Begleitung von Weisz auf den Server, der den Virus verbreitet und die Maschinen von Foresta infiziert... Dort trifft sie erneut auf einen alten Bekannten...

In Foresta herrscht weiterhin Chaos. Der Konflikt zwischen Justice und Erzy wird teilweise den Schleier über die Natur ihrer Beziehung lüften. Auf dem Server-Satelliten, der das Virus verbreitet, haben Harmit und Wise immer noch zu kämpfen...

Die Krise auf Foresta spitzt sich aufgrund neuer Befehle, die Professor Müller vom Satelliten-Server aus sendet, zu. Außerdem lernt Shiki eine bemerkenswerte Person kennen ... die ihr viel beibringen kann.

An Bord der Edens One bereiten sich Shiki und seine Crew auf ein Training mit Xenolith vor, der den Magimech-Stil erfunden hat. Unterdessen versammelt Kaiser Poseidon Nero die Oceans 6, um über die Maßnahmen nach den Ereignissen auf Foresta zu entscheiden.

Dank des harten Trainings von Xenolith hat die Crew der Edens Zero Fortschritte bei der Beherrschung des Ether Gear gemacht. Die Suche nach den Reliquien muss nun fortgesetzt werden, um den Weg zu Mother zu finden.

Angesichts von Shuras völkermörderischem Plan bietet Laguna der Crew der Edens die Hilfe einer Person an, die auf dem Planeten Sandra lebt. Dort erfahren Shiki und seine Freunde mehr über Lagunas Vergangenheit und seine früheren Bekanntschaften...

Auf dem Planeten Sandra wird der Kampf zwischen den imperialen Streitkräften auf der einen Seite und der Besatzung der Edens Zero und Goodwins Rebellenarmee auf der anderen Seite fortgesetzt. Der Einsatz nimmt eine neue Dimension an, als Zeros Männer beschließen, ein Gerät einzusetzen, das den Planeten wegblasen kann...