Shiki und seine Gefährten wurden getrennt und müssen jeweils gegen ein Mitglied von Beast, dem Freikorps von Kaiser Poseidon Nero, antreten.

An Bord der Edens One bereiten sich Shiki und seine Crew auf ein Training mit Xenolith vor, der den Magimech-Stil erfunden hat. Unterdessen versammelt Kaiser Poseidon Nero die Oceans 6, um über die Maßnahmen nach den Ereignissen auf Foresta zu entscheiden.

Dank des harten Trainings von Xenolith hat die Crew der Edens Zero Fortschritte bei der Beherrschung des Ether Gear gemacht. Die Suche nach den Reliquien muss nun fortgesetzt werden, um den Weg zu Mother zu finden.

Angesichts von Shuras völkermörderischem Plan bietet Laguna der Crew der Edens die Hilfe einer Person an, die auf dem Planeten Sandra lebt. Dort erfahren Shiki und seine Freunde mehr über Lagunas Vergangenheit und seine früheren Bekanntschaften...

Auf dem Planeten Sandra wird der Kampf zwischen den imperialen Streitkräften auf der einen Seite und der Besatzung der Edens Zero und Goodwins Rebellenarmee auf der anderen Seite fortgesetzt. Der Einsatz nimmt eine neue Dimension an, als Zeros Männer beschließen, ein Gerät einzusetzen, das den Planeten wegblasen kann...