ポセイドン・ネロ遊撃隊獣王＜ビースト＞オークと対決するシキ。オークはネロの命令によりジギーによって支配されたこの星の浄化任務中だとシキに告げる。レベッカはブリトニー、ホムラはモラとそれぞれ対峙する。一方、シキたちに続いてフォレスタへ降り立ったエルシー海賊団もロボットたちに襲われるが、エルシーの”七星剣＜グランシャリオ＞”で撃退する。その強力なエーテル反応を感知したジャスティスはエルシーを捕らえに向かう。

ミュラー博士を倒したワイズとハーミット。フォレスタを脱出しエデンズゼロに戻ってきたシキたちはエルシーと通信し互いの無事を確認する。ウィッチは親友を失ったフォレスタの少女アルナに優しい言葉をかけ抱きしめる。シスターの治療によって笑顔を取り戻したクリーネ。ジンはその笑顔を見て涙する――。

ゼノリスによる拘束下でのエーテル低下克服VR訓練、”緊縛訓練”を受けるシキたち。訓練中に突然ジギーが姿を現し、レベッカを重力で痛めつける。怒ったシキは拘束を解いてジギーに襲い掛かる！しかし、それはゼノリスがわざと見せた映像だった。どんどん厳しさを増すゼノリスの修行に音を上げるシキたち。

ネロの息子、ポセイドン・シュラは葵宇宙の民の前で「全ての機械を抹消するジャッジメント・デイを開始する！」と高らかに宣言。シキたちはシュラを止めることを決断する。ラグナはシキの本気の意思を確認し「砂の惑星サンドラに手を貸してくれそうなやつがいる」と告げる。サンドラに入ったシキたちはポセイドン・ネロに立ち向かう組織の元を訪れる。

シキたちがグッドウィン率いる反乱軍オアシスを訪れ共闘を申し入れていると突然、帝国軍の襲撃を受ける。大規模な戦闘に突入し、共に応戦するシキたちとオアシス。帝国軍にはフォレスタで相対したオークも帯同、機械を抹殺するためのとんでもない作戦を決行しようとしていた……。