Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen el vagabundo, Jin el samurái errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate, Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu les ayuda a escapar a cambio de que le ayuden a ella a encontrar al "samurái que huele como los girasoles". A pesar de acceder al trato, Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, en una rivalidad casi profesional. Ambos samuráis tienen un pasado borroso. Así, la historia narra sus viajes entre veredas y pasajes oscuros, y cómo arreglan los líos en los que se meten.