Fuu est serveuse dans un salon de thé quand deux guerriers vagabonds, Mugen et Jin, arrivent en ville et causent l'incendie du salon de thé dans lequel périt accidentellement le fils du magistrat local. Celui-ci, humilié, fait arrêter Mugen et Jin et veut les tuer. Fuu a donc perdu son emploi mais étrangement, veut aider les deux vagabonds contre une promesse.

Quand Mugen blesse le bras d'un ennemi, il déclenche une réaction en chaîne dangereuse. Fuu est enlevée et deux assassins mortels sont expédiés pour exécuter le Vagabond Mugen et le ronin Jin.

Après avoir abandonné Fuu, Mugen et Jin arrivent en ville. Une fois là, ils ne tardent pas à se faire embaucher comme gardes du corps, chacun par un des deux clans rivaux qui dirigent la ville. Fuu est livrée à elle-même et tombe sur des gens mal intentionnés.

Les chemins empruntés par Mugen, Jin et Fuu les rassemblent de nouveau, mais leur réunion est mise en attente quand une erreur inopportune intensifie la lutte entre les deux clans qui s'affrontent pour le contrôle de la ville.

Un artiste inconnu loue Fuu comme modèle, mais sa passion pour la peinture se révèle être une couverture pour un réseau de traite des humains. Mugen arrivera-t-il à temps pour sauver Fuu d'une vie d'esclavage ?

Mugen et Jin perdent leurs armes et leurs appétits dans un concours mangeur de riz et la seule façon de les récupérer est de se faire passer pour des guides pour un Européen mystérieux.

Fuu, Mugen et Jin gagnent au jeu et pensent se payer un bon repas mais Fuu tombe sur un pickpocket qui lui dérobe sa bourse. Elle découvre ce qui le pousse à voler et se prend d'affection pour lui mais voleur à la tire à glissé sa main dans la mauvaise poche et pourrait le regretter.

Jin se voit contraint de laisser ses lunettes à un prêteur sur gages. Un homme souhaitant écrire sa propre légende cherche à affronter un adversaire digne de lui: il porterait des lunettes et selon la rumeur aurait tué son propre maître réputé invincible.

Fuu, Mugen et Jin tentent de passer un poste frontière avec de faux papiers mais ceux-ci s'avèrent de mauvaise qualité et sont arrêtés. Le responsable du poste oblige Mugen à faire une livraison pour lui contre la vie des ses deux acolytes mais il est vite capturé par des moines soldats ...

Notre trio se fait embaucher par un moine dans un temple pour de menus travaux. Fuu et Mugen se retrouvent en ville ou sévit le redoutable"tueur des rues" pendant que Jin reste au temple. Leur patron d'un jour s'avère être l'ancien maître du tueur.

Jin tombe amoureux d'une beauté suicidaire dont le mari, endetté, l'a vendue comme esclave et Mugen essaye de faire fortune dans les combats de scarabée sumo.

Mugen et Jin font l'impensable: il lisent le journal de Fuu , dans lequel elle fait une récapitulation fascinante de toutes leurs plus grandes mésaventures.

Quand Mugen croise le chemin de personnes de son passé, il s'engage à contre-coeur dans un hold-up qui pourrait lui rapporter une fortune en or. Malheureusement pour lui, ses vieux amis ne sont peut-être pas dignes de confiance.

Mugen, dupé, coule au fond de l'océan. Pendant ce temps une jeune femme convainc Jin de brandir ses lames au nom de la vengeance.

Jin, pêche dans la rivière mais bredouille, il y trouve néanmoins une bourse remplie. Un aubaine pour les trois comparses: Fuu se remplit l'estomac et Mugen se paie une geisha dans une maison close mais celle-ci l'assomme avant de passer à l'acte. Pour qui travaille-t-elle réellement?

Les esprits s'échauffent, les mots fusent et l'équipe vole en éclats. Mugen et Jin s'essaient aux jeux d'épée tandis que Fuu termine au fond d'une rivière.

Les esprits s'échauffent, les mots fusent et l'équipe vole en éclats. Mugen et Jin s'essaient aux jeux d'épée tandis que Fuu termine au fond d'une rivière.

Le trio arrive à Mihara, ville où Jin avait fait la promesse à un ancien maître d'arts martiaux de prendre soin de ses enfants jumeaux s'il lui arrivait malheur. Et c'est ce qui est arrivé et Jin doit arbitrer une compétition de tags entre les deux frères dont la récompense serait Fuu. De son côté Mugen avoue son illétrisme et se retrouve contraint par un professeur exalté à combler cette lacune.

Fuu sauve une femme poursuivit par deux brigands, mais lorsque celle-ci lui apprend qu'elle connaît le samouraï qui sent le tournesol, elle se fait reprendre par les deux malfrats. Fuu, Jin et Mugen partent à la recherche de la femme et découvre une secte dirigée par un soit disant missionnaire chrétien qui fait fortune, sous cette couverture, dans le trafic d'armes à feu.

Fuu, Jin et Mugen accepte l'hospitalité d'un aubergiste qui apprécie les récits de voyageurs et de lointaines régions. Dans l'auberge se produit une jeune femme aveugle qui chante et joue du shamishen. Cette dernière est agressée par des importuns puis secourue par nos héros. Pour les remercier, elle leur propose de voyager un peu ensemble, les frais d'hébergement et de restauration à sa charge. Ce que nos trois voyageurs ne peuvent refuser...

Sara s'avère être une tueuse, à la solde d'un mystérieux commanditaire qui détient son enfant. Dotée d'une technique particulière dûe à sa cécité, elle blesse Jin, qui ne s'en sort qu'en coupant le pont de corde sur lequel a lieu le combat, envoyant les deux combattants dans un torrent en contre bas... les laissant pour mort...

Fuu, Mugen et Jin, après une récolte fructueuse de matsutake, champignon des pins, se retrouvent accidentellement dans une carrière, où creuse une communauté dirigé par l'étrange Shige descendant de la famille Heike, à la recherche du trésor de cette dernière. En échange du gîte et du couvert nos trois héros acceptent de les aider dans cette recherche...

Fuu, Mûgen et Jin, comme d'habitude sans le sou, espèrent pouvoir manger un peu. Mais Mûgen passe une grosse commande et affirme aux autres que le règlement de la note ne sera pas un problème. Après un énorme repas, Mûgen s'enfuit à toutes jambes laissant Fuu et Jin se débrouiller avec la note. Mais Mûgen se fait malgré tout arrêter par un mystérieux personnage équipé d'une balle de baseball. Ce dernier propose aux trois voyageurs de régler leur dette de restaurant en échange de leur participation à un match de baseball contre des marins américains tout juste débarqués.

Fuu, Mûgen et Jin, proches de leur but et donc de Nagasaki, sont rassemblés autour d'un feu de camp. Fuu demande à chacun de lever le voile sur leurs passés respectifs. On apprend ainsi que Mûgen à tué un officiel du Shogunat. Le Shogunat, craignant la rencontre imminente entre Kasumi Seizou, le samurai qui sent le tournesol, qui est aussi un des meneurs de la rébellion catholique que le Shogunat réprime, et nos trois amis, envoie leur meilleur élément, Kariya Kagetoki dit "La Main de Dieu" pour les éliminer. Mais ce samurai ne se décide que lorsque le membre du conseil des Shogun évoque la mort de Sara. Cela le renseigne aussi sur la force de Mugen et de Jin au combat... De plus Mûgen est recherché par des pirates sanguinaires tout droit sortis de son passé tumultueux...

Kariya Kagetoki, le tueur du Shogunat, a retrouvé Mûgen et Jin et les provoque en duel. Mûgen, tente en solo de régler l'affaire mais en vain... Au même moment un des pirates à la poursuite de Mûgen les informe qu'ils ont capturé Fuu et vont la tuer ci celui-ci ne va pas la retrouver. Mais Jin l'oblige à répondre à cette menace, devant son peu d'envie d'y aller car voulant terminer le combat en cours... Jin se retrouve donc seul face à "la Main de Dieu"...

Mûgen délivre Fuu des mains des pirates, en sacrifiant son sabre au profit de ces derniers... Il apprend que ceux-ci lui en veulent pour avoir autrefois attaqué, avec la bande de Mukuro, leur bateau et d'avoir estropié un de leur frère, les condamnant ainsi à la misère... Mûgen doit ainsi se sortir de ce combat sans son arme... Fuu arrive à la cabane du "samurai qui sent le tournesol" prête pour sa vengeance, mais elle trouve son père très faible et très malade...