In einer Gefängniskolonie im Delta Quadranten, träumt der junge Gefangene Dal von seiner Flucht. Nach einem missglückten Ausbruchsversuch, wird er von Gwyn verhört, der Tochter des Leiters der Kolonie. Sie schickt Dal gemeinsam mit anderem anderen Gefangenen Brikar unter Tage, um den berüchtigten Gefangenen Zero aufzuspüren. Doch stattdessen finden die beiden das verschüttete und verlassene Föderations-Raumschiff U.S.S. Protostar. Die beiden bleiben nicht die einzigen an Bord und wagen schließlich einen neuen Fluchtversuch. Zu Hilfe kommt ihnen bei ihren weiteren Abenteuern auch ein Trainings-Hologramm von niemand Geringerem als Captain Kathryn Janeway.

Auf der waghalsigen Flucht vor dem Diviner gerät die Crew trotz der Unterstützung ihrer Hologramm-Mentorin Janeway beim Flug durch einen sterbenden Stern in eine lebensbedrohliche Lage.

Die Crew hat ihren ersten Außeneinsatz auf einem unentdeckten Planeten, der ihre tiefsten Sehnsüchte offenbart. Doch schon bald stellen sie fest, dass auch der Planet etwas begehrt: sie selbst!

Auf dem Killerplaneten gestrandet, muss die Crew mit ihrer Gefangenen Gwyn zusammenarbeiten, um am Leben zu bleiben. Aber nicht nur der Planet hat es auf sie abgesehen…

Während Gwyn darum ringt, ihre Rolle an Bord der Protostar zu finden, testet Dal seine Führungsqualitäten auf dem neu entdeckten Holodeck.

Als Dal auf seine frühere Ziehmutter trifft überredet sie ihn, das Föderationsschiff für den eigenen Vorteil zu nutzen. So muss die Crew schmerzhaft begreifen, dass die Sternenflotte nicht ohne Grund an strenge Richtlinien gebunden ist.

Nachdem eine Zeit-Anomalie die Protostar beschädigt hat, liegt es an der Hologramm-Mentorin Janeway, die zersprengte Crew wieder zu synchronisieren und die Protostar vor der Zerstörung zu bewahren.

Der Diviner stellt der Crew der Protostar ein Ultimatum: Bringen sie das Schiff nicht nach Tars Lamora zurück, werden alle Gefangenen dort sterben. Trotz der aussichtslosen Situation begraben sie ihren Traum von der Sternenflotte.

Als ihr Plan schiefläuft, muss die Crew improvisieren. Währenddessen sieht sich Gwyn mit einer verhängnisvollen Wahrheit konfrontiert, die ihre gemeinsame Mission, die Protostar an die Sternenflotte zurückzubringen, von jetzt an in Frage stellt.

Am Rand des Föderations-Raumes versucht die Mannschaft, auf Deep Space 13 Asyl zu bekommen. Dabei enthüllt ihr Raumschiff allerdings seinen - schockierenden - wahren Zweck.

Als die Mannschaft einen schlafenden Borg-Würfel entdeckt, riskiert Zero alles, um ihr Schiff zu retten.

Die Mannschaft antwortet auf einen Notruf - und findet eine Kolonie, die in der Vergangenheit der Sternenflotte gefangen ist.

Als die Crew versucht, den Transport zur Föderation zu sichern, kreuzt sie unabsichtlich ihren Weg mit dem Vizeadmiral, der sie jagt.

Die Crew ist in der Neutralen Zone gefangen. Dort trifft sie auf eine Genetiker-Wissenschaftlerin, die Dal etwas über seine Herkunft verrät.

Ein Admiral der Sternenflotte schnüffelt in der Vergangenheit der Protostar-Crew herum. Derweil erinnert sich der Diviner an seine Lebensmission.

Als die Crew durch eine mysteriöse Fehlfunktion im Holodeck gefangen gehalten wird, ist sie sich unsicher, was Schein und was Trug ist.

Verzweifelt darüber, die Föderation nicht warnen zu können, geht ein gewagtes Experiment schief, bei dem Dal seine Gedanken mit Vizeadmiralin Janeway der Sternenflotte austauschen will.

Während die Crew von der Flotte der Föderation umzingelt wird, versucht diese verzweifelt, ihr Schiff daran zu hindern, dass die Sternenflotte sich komplett selbst zerstört.

Als das Überleben der Föderation am Seidenen Faden hängt, muss die Crew ein ultimatives Opfer bringen, um die Zukunft der Sternenflotte zu sichern.

Dal und seine Freunde wollen an Bord von Janeways Raumschiff das von der Protostar verursachte Wurmloch untersuchen. Der trainingsmüde Dal will endlich Action.

Gwyn trifft auf dem Planeten Solum auf einen vertrauten Feind. Janeway offenbart Dal und seinen Freunden, was bei der Mission wirklich auf dem Spiel steht.

Auf dem Weg durch den Zeitriss suchen Dal und die Crew auf Solum nach Chakotay. Unterstützt von ihrem Vater fordert Gwyn Asencia heraus.

Sie trennen Jahrzehnte, doch die Crews der Infinity und der Voyager müssen Gwyn gemeinsam das Leben retten. Gwyn erhält eine rätselhafte Botschaft.

Wieder auf der Voyager und strengstens bewacht, muss das Team eine geheime Botschaft entziffern, die Murf übergeben wurde.

Dal und die Crew hoffen, die Infinity vor ihrer geplanten Zerstörung zu kapern, und ersetzen sich durch Hologramm-Doubles.

Mit einer Borg-Kanalisierung reisen Dal und seine Freunde schneller durch die Zeit, sind dann aber einem dreisten Kazon ausgeliefert.

Auf einem Umweg der Crew durch eine Kolonie von nicht-körperlichen Wesen bieten diese Zero die Chance auf einen Körper. Janeway erfährt von Dals wahren Absichten.

Endlich am Koordinatenziel angekommen entdeckt die Crew der Infinity einen verborgenen Planeten – und deckt die lange unbekannte Identität des rätselhaften Boten auf.

Auf der Flucht vor zeitlöschenden Verfolgern suchen die Crew der Infinity und ihr neuer Verbündeter einen Ausweg. Die Voyager geht auf Rettungsmission.

Dank Wesley Crushers rechtzeitigen Eingreifens finden die Kadetten die Protostar – doch der ausgesetzte Wächter des Raumschiffs will lieber auf ihre Hilfe verzichten.

Chakotay und die Kadetten schmieden einen kühnen, aber gefährlichen Plan, um die Protostar wieder flottzumachen. Bevor sie wieder fliegen kann, muss sie erst mal segeln.

Bei der Bosonenernte in einer öden Welt trifft die Crew auf aggressive, genmodifizierte Tribbles – und den Klingonenwissenschaftler, der sie schuf.

Das Wiedersehen der Protostar und der Voyager hat unerwartete Nebenwirkungen, durch die die Crew zwischen alternativen Realitäten wechselt – auch ins Spiegeluniversum.

Die Mission der Crews der Protostar und der Voyager steht kurz vor dem Abschluss. Doch plötzlich taucht eine frühere Feindin mit überraschenden neuen Kräften wieder auf.

Überwältigt von Asencias rätselhaft fortschrittlichen Waffen gehen die Crews der Protostar und der Voyager Risiken ein, die die Kadetten in Gefahr bringen.

Ein Krieg droht zwischen der Föderation und Solum. Gwyn will mit den Kadetten auf einer verdeckten Mission Informationen sammeln und Ilthuran retten.

Admiralin Janeway schmiedet einen Plan, um ihre Crew aus Asencias Gefängnis zu befreien, wo sie es mit einem wütenden Loom-Häftling zu tun haben.

Die verzweifelte Asencia geht zum totalen Angriff auf die Föderation über, der den Subraum zerstören würde. Wesley und die Kadetten wollen die Zeitlinie korrigieren.

Die Kadetten kämpfen gegen Asencia, um Solum und die Zukunft zu kontrollieren – doch eine plötzliche Invasion einer zerstörerischen Spezies erschwert ihre Mission.