わずかな月明りが覗く夜、その海上で赤く燃え盛った船……幼きフェナは雪丸に助けられ、一人孤独な海へと流されていった。そこから10年。「シャングリラ」へ漂流したフェナはホワイトマージナルと呼ばれるほどに美しく成長していた。幼いころに命を助けてくれた雪丸を忘れられないフェナは、初夜の晩、混乱に乗じて島からの大脱出を試みる。

父の旅を引き継ぎ、ゴブリンの島を出港したフェナと雪丸達。旅の準備のために、自由都市バルバラルへと立ち寄る。そこでフェナは、父の残した石と酷似した売り物を見つける。しかし、目の前に追手が立ちふさがる。

追手から逃げ切ったフェナ達は、石が製造されたという「リバーオーバーシュタイン」へと向かう。雪丸に怪我を負わせたことを悔やんでいたフェナは、仲間たちに戦い方を教えてもらえるよう相談する。始めは断っていた侍たちだが、少しでも雪丸の役に立ちたいというフェナの思いに感化されていき……

リバーオーバーシュタインで得た情報をもとに、謎の石が採掘された場所「オルレアン」へとたどり着く一行。迷路のような採掘所で、フェナは何かに導かれるように奥へと進んでいく。雰囲気の変わったフェナを不審に思いながらもついていく雪丸。しかし、その背後には、バルバラルで撒いたはずのオマリー海賊団が迫りつつあった。

採掘所に閉じ込められた雪丸たちは、ランブルローズに捕らえられたフェナを追いかけるため、脱出を図る。一方、フェナが連れていかれたのは、アベル率いるイギリス海兵隊の船だった。アベルはフェナを客室へと案内し、ゴブリンの剣士について、そしてフェナの母のことを語る。そしてフェナは、侍たちの真の目的を知る。

フェナを救うため、一人カツオ2号を離れる雪丸。侍たちは島の掟とフェナとの間で、気持ちが揺れ動いていた。掟を守り帰島すべきか、掟を破り海賊として生きるべきか……ブルーギガントは、ランブルローズから襲撃を受ける。立ち昇る黒煙は、忘却していたフェナの記憶を呼び起こす。

ブルーギガントからフェナを連れ戻した侍たちだが、雪丸は大きな傷を負ってしまう。手当てのためにシャウエンの街へと立ち寄る侍たち。紫檀はフェナを魔女と呼び、その場を立ち去る。フェナは自らが原因で対立してしまう仲間を見て、旅をこのまま続けるべきかを思い悩んでしまう。

少年だった日々を、アベルは思い返す。王家の末弟のため、周りから冷たくされ、ひっそりと生きていた頃だ。ある日、庭園にて不思議な少女・ヘレナと出会う。共に過ごす時間が増えるに連れ、二人の間には深い愛情が生まれていくのだが……。その頃フェナは、回復した雪丸と共に、石から得た座標の謎へと向かい合う。

石の謎を解き明かし、エデンの場所を突き止めたフェナたち。フランツの残した謎、そして自身の謎と向き合うため、示された座標にある無人島へたどり着く。見たこともない神秘的な景色に圧倒される一行。ここが約束の地、エデンなのか……？

宝眠る地へとたどり着いた一行。そこに上陸してきたアベル率いる海兵隊が侍たちを襲撃する。ついにアベルと対峙する雪丸。フェナを守るため、フランツの仇を討つため、雪丸は刀を抜く。

フェナにフランツが残したのは、巫女としての使命だった。エデンに長年継がれてきた乙女たちの悲痛な選択が、フェナにも突きつけられる。雪丸や仲間たちを思いながら、フェナはついに運命を選択する──！