從前，世界曾被魔族踐踏，人類面臨滅絕的危機；為了打倒魔族，因人類祈禱而誕生了名為韋馱天的戰神。他們封印了魔族，世界恢復和平。過了大約800年，韋馱天隼人在師傅琳的教導下，日以繼夜地做修行，避免魔族再度復活，以備不時之需。此時，他得到北邊的大冰

河地帶，聚集了許多佐布爾帝國軍人的情報，與同事韋馱天的伊斯理和波菈，一同前往該地。

得知魔族復活後，伊斯理和波菈跟著隼人一同跟著琳修行，但修行卻比想像中的還要嚴苛，兩人大受打擊。於此同時，正在持續侵略的佐布爾軍最前線指揮的陸軍大將，魔族毘薩菈，收到歐巴米博士下達的緊急返回命令…。

魔族判斷須盡早殺死隼人他們幾位韋馱天，因此派最強戰力的尼可過去；尼可降落在正在跟琳修行的隼人、伊斯理、波菈面前。隼人向前挑戰突然出現的尼可，卻吃了敗仗；而尼可轉向挑戰琳…。

魔族們知道琳的戰鬥能力後，產生了動搖；而歐巴米博士認為，隼人他們總有一天會像琳一般強大，因此對毘薩菈、涅普特、克力下達追殺指令。另一方面，琳打算滅掉魔族的巢穴佐布爾帝國，但為了做萬全準備，決定找琳的弟子普蘭提亞協助。

隼人與克力的戰鬥陷入苦戰中；而普蘭提亞壓倒性的強勢擊破了涅普特。在研究所的伊斯理，以頭腦取勝勝過毘薩菈；隼人則花了較多的時間打倒克力。同時，佐布爾帝國裡擁有異常洞察力的未來，發現琳正守護著舊世代魔族的封印。

伊斯理和普蘭提亞發覺魔王的真面目，可能是因魔族的意念而誕生的韋馱天；另一方面，成為夥伴的毘薩菈、涅普特、克力三人幫忙下，隼人學會如何運用重量攻擊、增加了戰鬥能力。同時，在佐布爾帝國的未來，正尋找著韋馱天的弱點。

伊斯理和波菈告知薩巴耶爾第三代大教宗扎奇斯，當佐布爾帝國被滅後，霍塔耶納及薩巴耶爾兩國禁止開戰。兩人展現神力給大教宗看後，成功說服了薩巴耶爾。戰爭事宜都準備好後，韋馱天們一口氣進攻佐布爾帝國。

隼人大戰皇帝竹下，因此受重傷而無法動彈。同時，歐巴米出現在與白蘭蒂打得如火如荼的琳面前。歐巴米與上一代韋馱天爺爺極為神似，琳因此產生了動搖。

伊斯理處理戰後事宜，新韋馱天吉兒因深感自己的無能為力，而下定決心為了幫助人類，主動開始做韋馱天的修行。然而，琳見到歐巴米之後，士氣全失，只是呆坐在原地，日日淚流不止。同時，逃出來的魔族們再次開始活動。

逃亡到無人島生活的巴茲和梅莉亞諾，因無法駕馭自己所生的孩子而回到佐布爾帝國。另一方面，隼人、波菈和吉兒等韋馱天們，沒日沒夜的修行著。此時，未來使用機器人與歐巴米成功取得聯繫了。

普蘭提亞緊急追捕出現在街道上的未來，卻捕獲失敗；未來藉此鎖定韋馱天們負責策劃一切的伊斯理。未來和歐巴米合作，一起將毘薩菈和克力的洗腦解除，並抓到了伊斯理和波菈。