ある夜、東京で大爆発が発生。ビルが倒壊し、街は火に包まれる。炎とがれきの中、黒ずくめの女がゆらゆらと立っていた。彼女の名前は “御厨静琉 (みくりやしずる)” (木村文乃)。御厨の右目は赤く光輝いていた。その視線の先には、自衛隊の兵士たち立ちふさがり、銃を構えている。「オマエラ、全員死ニタイカ」 という御厨の言葉を聴くこともなく、隊長が 「撃て」 の命令をかける。御厨に向けて発射される無数の銃弾。だが、御厨が手を払うと、その銃弾は隊員たちにすべて弾き返され、全員が絶命するかと思えた。その時、世界が静止し…。

チンピラ (池田大) に襲われ、そのスペックによって身動きが封じられてしまった御厨 (木村文乃) と高座 (松田翔太)。チンピラが手に持ったオノが御厨に振り下ろされ、絶体絶命かと思われたが、御厨が銃を発砲。何とか窮地を脱出する。プラスチック弾を受け、気絶したチンピラを拘束しようと2人が近づくと、突如チンピラの頭に数字が付いた王冠が出現。だが次の瞬間、王冠は消え、呆気に取られる2人。すると先ほどのナゾの王冠を持った若作りの美魔女が現れ…。

野々村 (竜雷太) に詰め寄るような高座 (松田翔太) の大声に、眠りを邪魔された御厨 (木村文乃)。高座が大声を上げていた理由は、日大ワンダーフォーゲル部時代から敬愛する先輩板谷 (眞島秀和) に公安から運転免許試験場への突然の異動辞令が下りたことだった。悔しさに取り乱す高座を野々村が諭し、何かと高座は落ち着きを取り戻す。一方、アジア某超大国の大使館の一室では、お笑い芸人ササミフライとその妻の目の前に札束が積まれていた。喜びながら札束に手を出した夫・甲子雄 (岡田義徳) と、妻・琴美 (松本穂香) が制止し、金額が足りないと話す。疑いの目を向ける要人 (矢野浩二) に、甲子雄がスペックを見せつける。

板谷 (眞島秀和) が公安のデータを盗んだと、トクムに電話が入る。監視カメラの映像を見た御厨 (木村文乃) と高座 (松田翔太) は不審な点に気付く。だが、板谷が反抗を自供する電話を残して首吊り死体で発見されたと、電話の相手が告げる。それを聞き、部屋を飛び出す高座。警察病院の霊安室で板谷の遺体と対面した高座と御厨は、首の傷跡から自殺ではないと断定。2人は板谷の汚名をすすぐため、敵と戦う決意を固める。一方、アジア某超大国の大使館では、甲子雄 (岡田義徳) 夫婦が陳部長 (矢野浩二) から新たな依頼を受けていた。

敏子 (若村麻由美) たちに捕まった野々村 (竜雷太)。敏子がスペックを使い、野々村の寿命を食べようとしたその時、銃声が響く。振り返った敏子は御厨 (木村文乃) と高座 (松田翔太) が銃を構えているのを見て逃げ出す。高座は野々村に駆け寄ろうとするが、御厨に止められる。次の瞬間、野々村の周りにプラズマが走り、高座の銃が2つに切り裂かれる。御厨と高座は物陰に隠れてどうするか考えるが、敏子の仲間が作り出した結界はどんどん広がりを見せ、2人に迫ってくる。そこで御厨はカバンからあるものを取り出し…。

警官の姿にふんした自衛隊特殊工作隊に囲まれ、絶体絶命の危機だった御厨静琉（木村文乃）、高座宏世（松田翔太）、野々村光次郎（竜雷太）だったが、一本の電話によって自衛隊特殊工作隊はなぜか撤収した。指示を出したのは誰なのか…。一方、いったん落ち着きをみせたかに見えたアジアの某超大国は、「HOLIC」という謎の物体を躍起になって探しだす。某超大国は、「HOLIC」の謎を知ったために巣鴨の超重罪塔に幽閉されているという玄野冥府（酒向芳）の存在を知る。消しゴムで全ての物体を消してしまう埴生庵太（池田鉄洋）を利用して、玄野の身柄を奪ったのだ。このことを知った御厨と高座は、某超大国のアジトへと踏み込んでいく。

御厨（木村文乃）と高座（松田翔太）は某超大国の狙いを探るべく工作員を拘束し事情を聴くが、突然、首から血を噴き出して死んでしまう。御厨と高座が往年のドラマのように周辺を捜査したところ、遠隔操作で殺害したのはオタクの風貌で話し方もたどたどしい怪しい男、皐月翔（六角慎司）であった。対峙する御厨・高座と皐月翔。皐月が繰り出したSPECとは！？皐月のSPEC発現にはニノマエイト（黒島結菜）が大きく影響していた。SPECをむさぼりあう人間と国家の醜い争いがいよいよ激化していく。

SPECホルダー狩りを繰り返している皐月翔（六角慎司）を追い詰めた御厨（木村文乃）と高座（松田翔太）だったが、そこに新たなSPECホルダーが参戦！御厨と高座の運命は！？その闘いを撮影していたのは御厨の元交際相手・伊東雄介だった。映像を利用しようとする伊東に刺客が迫る！そして、勢力を拡大し続けるインナープラネッツには潜入捜査員の姿が…。

新興宗教「インナープラネッツ」がSPEC絡みの事件に深く関わっているとみた警視庁の近藤昭男（徳井優）係長らは、潜入捜査を試みるも見つかってしまい、インナープラネッツに組するSPECホルダーに襲われてしまう。近藤たちの前に現れたSPECホルダーとは！？一方、御厨静琉（木村文乃）と高座宏世（松田翔太）もインナープラネッツの教祖・邑瀬帝法（山口紗弥加）について調べを進める。帝法が人の心を虜にするSPECの持ち主だということ、過去に星慧（真野恵里菜）と戦い敗れていることを知る。そこで、御厨が帝法との戦いの対策を練ろうとしたそのとき、悲報が舞い込んだ！そして、御厨は誰にも語ることのなかった自身のSPEC発現の秘密を高座に明かす。御厨のSPEC発現にはニノマエイトが大きく関わっていた！

邑瀬帝法（山口紗弥加）のSPECにより近藤昭男（徳井優）の部下たちが心を操られてしまう。御厨（木村文乃）と高座（松田翔太）の元にも心を奪われた状態の部下が刺客として現れ、御厨たちは難しい戦いを強いられてしまう。一方、野々村光次郎（竜雷太）は自らの命を賭して、自らが邑瀬を倒そうと決意する。その時、野々村はこれまで決して語らなかった「部下殺し」と呼ばれている出来事の真相を話し始める。邑瀬帝法との御厨・高座の戦いの行方は！？覇乃抄クライマックス！

日本政府がひた隠しにしている謎の物体「HOLIC」。その謎を唯一知っているとされる玄野冥府（酒向芳）を、重罪人のみを収容している施設から奪ったのは宗教団体・インナープラネッツだった。玄野の身柄を確保しようと、内閣情報調査室特務事項専従係の御厨静琉（木村文乃）と高座宏世（松田翔太）はインナープラネッツの施設で教祖である邑瀬帝法（山口紗弥加）を倒し、ようやく玄野の身柄を確保したかに見えた。しかし、玄野の姿を確認した瞬間、時が止まる…。時空を操る一一十（黒島結菜）が現れたのだ。HOLICの秘密を狙うのは一一十も同様で、玄野を奪った一一十がHOLICの秘密へ一歩先に進んだことになった。病が進行している御厨は一一十より先に「HOLIC」の秘密を暴き、確保することはできるのか！？

国家をも動かす謎の物体「HOLIC」をめぐる争いは激化の一途をたどる。唯一、HOLICの謎を知る玄野冥府（酒向芳）を連れ去った一一十（黒島結菜）。2人を自衛隊特殊工作隊、内閣情報調査室の超法規措置実務係の「Z印」、そして御厨静琉（木村文乃）と高座宏世（松田翔太）が追い詰める。追い詰められた一一十は自らのSPECで時を止めようとするがまさかの事態に！そこに現れたのは某超大国が一一十抹殺のために手配した新しいSPECホルダーだった。一一十、そして御厨の運命は！？謎の物体「HOLIC」の在りかは判明するのか！？

病院で一一十（黒島結菜）を倒す方法を練っていた御厨静琉（木村文乃）のもとに現れたのは、御厨の父・正臣（嶋田久作）だった。御厨静琉のSPEC発現によって親子関係は崩壊していた。数年ぶりの親子の再会だったが、親子関係を修復することはできるのか。一方、一一十と玄野冥府（酒向芳）は謎の物体「HOLIC」を探す旅を続けていた。玄野が最後に訪れたいと向かった場所は何十年ぶりに再会する息子・弘毅（細田善彦）のもとだった。玄野はHOLICの謎を知ったために強姦致死罪をでっち上げられた過去があり、再会した息子は玄野に対し積年の思いを吐き出す。SPEC＝特殊能力を巡って翻弄された家族の思いが交錯する。HOLICを巡り、玄野は総理大臣（宅麻伸）に対し脅しをかけようとし、某超大国はそれを横取りしようと画策。御厨・高座（松田翔太）もようやくHOLICの謎を解明する糸口を掴みかけていた。

入江総理大臣（宅麻伸）は一一十（黒島結菜）と秘書官の長谷部（波岡一喜）の手によって原子に戻され、葬り去られてしまう。長谷部は一一十を総理の身代わりにさせ、国を意のままに操ろうとするという暴挙に出ていた。異変を察知していた内閣情報調査室特務事項専従係（トクム）の御厨（木村文乃）、高座（松田翔太）、野々村（竜雷太）は総理執務室に乗り込み真相をただそうとする。しかし、時空を操るSPECを持つ一一十の前ではトクムのメンバーは歯が立たず…。その後、自身の野望をトクムのメンバーがことごとく邪魔をすることに対し、長谷部は高座と特殊部隊を利用。トクムメンバーを抹殺しようとする。そのとき、高座は…。一方、影から御厨たちを支援している警視総監の柴田純はあるメンバーを動かし援軍を差し向ける。長谷部秘書官と組んだ一一十と御厨・高座の最終決戦が迫る！！

愚鈍な政治家に日本を任せていられないと感じていた総理秘書官の長谷部（波岡一喜）と一一十（黒島結菜）は、総理大臣（宅麻伸）を殺害し、一一十が総理大臣に姿を変えることで政治をも支配しようとしていた。長谷部は「国家維新日本青年公務員共闘会議」という組織を利用し、自衛隊特殊工作隊や内閣情報調査室・超法規措置実務係（通称「Z印」）を動かし、政治と軍事の両面から支配を強めようと企んでいたのだ。内閣情報調査室の御厨静琉（木村文乃）と高座宏世（松田翔太）は、長谷部と一一十の企みを阻止すべく長谷部のアジトを急襲しようとしていた。そこに現れたのは、警視庁捜査壱課の馬鹿猪こと馬場香（岡田浩暉）・鹿浜歩（松澤一之）・猪俣宗次（さいねい龍二）たち。警視総監の柴田純が差し向けた援軍だった。御厨たちは次々と長谷部のアジトを襲撃するが、長谷部と一一十は時空を操るSPECを使い共に姿をくらますのであった。時空を操るという一一十の究極SPECに勝てる見込みはほぼ見当たらない中、御厨が最後の聖戦の地に選んだのは、当麻紗綾と一十一が戦ったあの地であった！