廃校後、施設の解体費用もままならぬまま放置されていた「美浜学園」は個人に買い取られ、新たに「特殊技能訓練校」としての役目を得た。そんな学園で、様々な理由で行き場を失くした少女達に与えられたのは銃と実弾。国防の名目のもとに、彼女達は命すらも顧みられることのない危険な超法規的活動を繰り返す。どうせ磨り潰される命なら、銃を手にして戦うことを選んだ少女達の未来は…

日本へ入国予定だった海外からの要人が突如として姿を消した。美浜学園・SORD(ソード)のメンバーたちは失踪事件の捜索支援を開始する。美浜の姉妹校「京船桜が丘」に在籍する双子姉妹との協力、および確執。謎の女ライダー「ソウル・スピード」の噂。追跡はやがて壮絶な死闘となり、心身ともに引き裂かれてゆく。それは、レナとハルトの出逢いにまで遡る過去への旅でもあった。

特殊技能訓練校・美浜学園の狙撃手トーカは、民間委託型工作諜報員育成機関SORDのメンバーたちと共に聖エール外国人学校との海外合同合宿のためフィリピン離島へと向かう。

しかし武器密造組織壊滅を目的とした極秘作戦の”トラブル”に巻き込まれ、聖エールの脱走者グミを追う作戦に参加することに。

任務に際しトーカは、両親との記憶や、昔の友人・シホとの果たされることのなかった約束と邂逅し、グミの境遇に想いを馳せる。それぞれの思惑が交差する中、トーカの導き出した答えとは――？