Akatsuki est un arrondissement spécial de Tokyo, abandonné par la nation et sans loi aucune. C'est ici que vit Yamato, un garçon qui aide les habitants de cette zone dangereuse comme il peut. Un jour, il rencontre Eiji, le héros d'Akatsuki. Cette rencontre marquera un tournant pour les deux hommes, qui uniront leurs forces pour repousser la mafia Dusk de leur quartier.

Yamato se réveille à l'hôpital avec Kôga, un agent du Bureau de la Sécurité Publique qui ne compte pas laisser le nouveau porteur du Cerbère en liberté. Mais Yamato ne compte pas se laisser faire…

Yamato raconte la mort d'Eiji à Hélios, mais Kazuma est toujours aussi hostile. Une petite fille arrive au café Titan pour demander l'aide d'Hélios car ses parents sont poursuivis par Artémis. Yamato et Kazuma décident de l'aider, prenant le risque de se retrouver face aux Scards d'Artémis.

Kazuma et Yamato traquent Fenrir, mais celui-ci leur échappe de peu. De retour au Titan, Kôga les attend de pied ferme. Yamato prend la fuite, Itsuki sur les talons. Kôga reste avec Hélios, pour une discussion des plus tendues…

Après de nombreuses attaques au sein des bureaux d'Artémis, Ran et Jin décident d'enquêter sur Fenrir. Ils rendent donc visite à Hélios, en quête de réponses.

Itsuki est troublé suite à son combat contre Yamato. Il rend visite à Minato en quête de réponses. Pendant ce temps, Fenrir continue de semer la terreur à Akatsuki et Yamato décide de relayer Kazuma dans sa quête.

Dusk met en marche son plan pour évincer Hélios en isolant Kazuma. Vont-ils parvenir à leurs fins ? Le groupe Hélios survivra-t-il à cette attaque ?

Dusk lance la phase deux de son plan et Hélios prépare sa contre-attaque. Artémis et le Bureau hésitent à intervenir. Hélios survivra-t-il pour voir l'aube d'un nouveau jour ?

Yamato et Kagami enquêtent sur les suites de l'attaque de Dusk alors que Kazuma continue de traquer Fenrir. Ran et Jin reprennent eux aussi leur enquête en parallèle, mais tombent de haut lorsqu'ils entrent dans le QG d'Artémis, saccagé…

Kazuma amène Kagami à l'hôpital et revient affronter Artémis. Un combat acharné démarre, à la fin duquel un mystère de taille se dévoile : l'identité de Fenrir.

La vérité sur l'arrivée de Fenrir et son combat contre Hélios est enfin dévoilée. Fenrir explique son retour et révèle à Artémis et Hélios l'identité de celui qui a tiré la balle magique qui a été fatale à Eiji.

La police a encerclé Akatsuki en vue de son opération. Alors que Yamato jure d'arrêter Fenrir, Ran et Jin décident d'aller affronter le Bureau, qui compte visiblement s'en prendre à Azusa.

Alors que Fenrir poursuit sa quête de destruction, Kôga a décidé de jouer sa carte maîtresse. Comment Fenrir réagira-t-il devant les fantômes du passé et du présent de Kazuma ?