שישה חודשים אחרי הופעת האתר המיסטי, סוניק ואגמן נעלמו שניהם, אבל משהו מוזר קורה לפרוגי, חברו של ביג.

סוניק וטיילס משווים רשימות בקשר לכאוס, ויוצאים למשימה להשבת יהלומי הכאוס. נאקלס נתקף בחזיונות של קיפודן מלפני 4,000 שנה.

נאקלס נודר להמשיך לחפש את חלקי היהלום הראשי. הוא מצטרף אל סוניק וטיילס, שיצאו להציל את איימי מספינת הביצה.

סוניק, טיילס ונאקלס מתגנבים לספינת הביצה. כריס וביג מצליחים להגיע אל פרוגי, אבל אגמן ניצב בדרכם.

טיילס מציל את סטיישן סקוור מטיל של אגמן וזוכה לשבחים כגיבור היום. גמא משתחרר ויוצא לשחרר את שאר הרובוטים ובעלי החיים.

כאוס רוצה ביהלומים לעצמו ובוגד באגמן. נאקלס וסוניק חוזרים לעבר של אי המלאכים.

אגמן פורץ למחשבים של ארגון 'גאן' ולומד על קיומו של פרויקט שאדו: פרויקט סודי ביותר שניהל סבו, והוקדש לבריאת היצור האולטימטיבי.

סוניק מבוקש באשמת שוד וחומק מאנשי ארגון 'גאן'. כמה ימים אחר כך, קיפוד שחור גונב יהלום כאוס ממוזיאון.

סוניק מסגיר את עצמו ונכלא באי הכלא. אגמן מגיע עם תוכנית משלו. כריס, איימי וטיילס רוצים לעזור לסוניק לברוח.

שאדו מעביר את כריס למושבת החלל של רובוטניק. אגמן מאיים שישמיד את כדור הארץ בעזרת תותח האקליפס אם תושבי הכוכב לא יסורו למרותו.

ד"ר אגמן מתכנן להתרסק עם מושבת החלל ארק על כדור הארץ בתור נקמה. כל שוכני המושבה מחליטים על הפסקת אש. האם הם יצליחו לעצור את ההתרסקות הקטלנית?

שלושה בלשים מעולמו של סוניק מגיעים לכדור הארץ ומחפשים את קרים. אגמן משנה את דעתו ומציע לתקן את הירח.

ירח הביצה של אגמן מסתיר את השמש ומכסה את כדור הארץ באפלה. אגמן מציע חלופה מלאכותית זמנית, אבל סוניק לא סומך עליו.

סוניק ממשיך לנסות להפסיק את פעילות המכשיר של אגמן לאספקת אור שמש, והנשיא שולח את רוז' וטופז עם אנשי ארגון 'גאן' לעצור אותו.

סוניק לא מגיע לדייט שקבע עם איימי, והיא מחליטה לצאת לדייט עם סאם ספיד. בוקון מפעיל מחדש את הרובוט אמרל כדי לשחרר את אגמן מהכלא.

בכלא, אגמן הופך כמה מכשירי חשמל ביתיים לכלי נשק קטלניים כדי לטמון מלכודת לסוניק ולחבריו.

אגמן יצא לחופשי וממשיך בתוכניותיו המרושעות. מר סטיוארט, כריס והאחרים עוקבים אחריו לתוך הביוב, וכולם נכלאים בבסיס של אגמן.

בניסיון לפתות את אגמן לצאת מהמחבוא, הנשיא מציע לערוך תחרות אומנויות לחימה שהמנצח בה יזכה ביהלום כאוס.

אמרל זוכה ביהלום ויוצא משליטה. סוניק והאחרים מנסים לעצור אותו, אבל יכולתו לחקות את יריביו הופכת אותו ליריב קשה במיוחד.

סוניק וחבריו שטים אל החלק האחרון של יבשת אבודה. כשהם מגיעים, הם נתקלים באגמן ובספינת האג-קרב המאיימת שלו.

סוניק, נאקלס ורוז' רודפים אחרי אגמן עמוק לתוך לוע של הר געש, ומוצאים עולם תת-קרקעי חבוי ושרידים של עיר אבודה.

הנשיא מורה לצ'אק להוציא לפועל את "פרויקט בית" לפני שהזמן יעצור מלכת. כדי להציל את שני העולמות, סוניק והאחרים חייבים לחזור לביתם.

טיילס וצ'אק ממשיכים לפתח מכשיר שישלח את סוניק ואת האחרים לעולמם. הצבא מפר את הפקודות שקיבל ויוצא בעקבות אגמן.

כריס מעדיף להשמיד את החיבור בין העולמות במקום להיפרד לשלום מסוניק. אם הקיפוד לא יחזור לעולמו, הזמן של כולם יעצור.

חבריו של סוניק – ואפילו אגמן – חזרו לעולמם, ועכשיו הם מחכים לשובו. שש שנים אחר כך, כריס נזכר בכל הדברים שעשה עם סוניק.