A sei mesi dall'apparizione di Mystic Ruins, Sonic e Eggman sono entrambi scomparsi, ma succede qualcosa di strano all'amico di Big, Froggy.

Dopo aver confrontato gli appunti sul Caos, Sonic e Tails partono in missione per recuperare uno Smeraldo del Caos. Knuckles ha visioni di un'echidna di 4.000 anni prima.

Knuckles promette di continuare a cercare i frammenti dello Smeraldo Gigante, quindi si unisce a Sonic e Tails in una missione per salvare Amy dall'Egg Carrier.

Sonic, Tails e Knuckles si infiltrano nell'Egg Carrier. Chris e Big si riuniscono a Froggy, ma Eggman si mette in mezzo.

Tails salva Station Square dal missile di Eggman e viene celebrato come un eroe. Gamma si libera e si prepara a salvare altri robot e animali.

Il Caos vuole gli Smeraldi per sé e tradisce Eggman. Knuckles e Sonic vengono trasportati nel passato di Angel Island.

Hackerando i computer della GUN, Eggman viene a sapere del Progetto Shadow: un'operazione top secret condotta da suo nonno per creare la Creatura Suprema.

Ricercato per rapina, Sonic elude la sorveglianza della GUN. Qualche giorno dopo un riccio nero ruba uno Smeraldo del Caos da un museo.

Sonic si costituisce e viene rinchiuso a Prison Island. Eggman arriva con un piano tutto suo mentre Chris, Amy e Tails vogliono far evadere Sonic.

Shadow trasporta Chris alla colonia spaziale di Robotnik. Eggman minaccia di distruggere la Terra con il suo Cannone Eclissi se il pianeta non si sottometterà.

Assetato di vendetta, il dott. Robotnik pensa di far schiantare la ARK sulla Terra. I passeggeri mettono da parte le divergenze, ma riusciranno a fermare la discesa?

Un trio di detective del mondo di Sonic arriva sulla Terra alla ricerca di Cream. Eggman cambia idea e si offre di riparare la Luna.

La Luna di Eggman provoca un'eclissi di sole e il mondo piomba nell'oscurità. Eggman offre una sostituzione artificiale temporanea, ma Sonic non si fida.

Mentre Sonic continua la campagna per bloccare la luce solare fornita da Eggman, il presidente invia la GUN insieme a Rouge e Topaz per fermarlo.

Amy decide di uscire con Sam Speed quando Sonic le dà buca. Nel frattempo Bokkun riattiva il robot Emerl per far evadere Eggman di prigione.

Condannato ai lavori forzati, Eggman tende una trappola a Sonic e ai suoi amici trasformando un esercito di elettrodomestici in robot letali.

Ora in libertà, Eggman torna ai suoi piani malvagi. Il signor Stewart lo insegue nelle fogne con Chris e gli altri, ma tutti finiscono prigionieri nel covo di Eggman.

Nella speranza di stanare Eggman, il presidente organizza un torneo di arti marziali con uno Smeraldo del Caos come premio finale.

Emerl impazzisce dopo aver vinto lo Smeraldo. Sonic e gli altri provano a fermarlo, ma la sua abilità di imitare gli avversari lo rendono un nemico invincibile.

Sonic e la banda partono alla ricerca dell'ultimo frammento di un continente perduto. Al loro arrivo incontrano Eggman, la cui nave rappresenta una nuova minaccia.

Sonic, Knuckles e Rouge inseguono Eggman nelle profondità di un vulcano, dove trovano un mondo sotterraneo e i resti di una città perduta.

Il presidente ordina a Chuck di avviare il progetto "Tutti a casa" prima che il tempo si fermi del tutto. Per salvare i due mondi Sonic e gli altri devono tornare a casa.

Tails e Chuck continuano a sviluppare un dispositivo per riportare Sonic e gli altri nel loro mondo. Disobbedendo agli ordini, l'esercito dà la caccia a Eggman.

Chris preferisce mettere fine al legame tra i due mondi piuttosto che dire addio a Sonic. Se il riccio non tornerà nel suo mondo, il tempo si fermerà per tutti.

Tornati nel loro mondo, gli amici di Sonic aspettano il suo ritorno... persino Eggman. Sei anni dopo Chris riflette sui tanti ricordi che lo accomunano a Sonic.