外務大臣一行が、数体のアンドロイド芸者によって人質にとられるという事件が発生する。現場に急行した公安9課の草薙素子たちは、拘束されていた外交官を無事に助け出すことに成功するが、課長の荒巻は捜査を継続していく中で、軍の機密情報を含む重要書類、一ノ瀬レポートを巡る大きな陰謀が渦巻いていることを発見する。公安9課は、書類の国外流出を防ぐことができるのか？

剣菱重工の試作型思考戦車が、突如、暴走を開始する。正式採用を半ば決めかけていた軍が介入を回避しようとする中、公安９課に出動要請がなされる。９課は、タチコマによる追跡を行い、民家の無い地点で効果的に迎撃することを計画する。しかし草薙素子たちの努力をよそに、戦車は暴走をやめない。それはどこか一箇所を目指して、ひた走っているようにも思えた。戦車はどこに、なんの目的で向かっているのか？

ある日、アンドロイドが一斉に自殺をするという奇異な事件が発生した。調査により、事件はウイルスによる故意の犯行と判明する。しかし、製造工場の端末には意味不明の保護コードも見つかる。逃亡する犯人。追う9課。その果てに9課が見たものは？　はたしてロボットに魂が宿ることはあるのだろうか。

ある雨の夜、トグサの元へ本庁時代の旧友である山口から電話がかかってくる。警察内部に不審な動きを察知したので相談にのって欲しいとのこと。トグサは山口から送られてきた、数枚の写真を手がかりに捜査を進める。ついにその謎を解いたトグサは、警察内部で不正使用されている、あるデバイスの実態に迫ることになる。

荒巻は笑い男事件全体を警察による自作自演だとにらむ。9課はその証拠をつかむため、特別捜査本部がマークする人物、ナナオの身辺を徹底的に洗い直す。一方で、草薙は単独で6年前に起こった笑い男事件を振り返る。なにかしら気になることがあるらしい草薙は、警視総監の護衛につくことを荒巻に提案するが……。

いよいよ警視総監暗殺予告の当日。厳重な警戒を行う会場に、ナナオの送信した遅行性ウイルスが発症する。パズとサイトー、タチコマを連れて警備にあたっていた草薙は、現場の混乱をなんとか食い止める。しかしその直後、ウイルスに由来しない騒動が連続して発生する。個々につながりのないそれらの犯行は、なにを引き金にして発生したのだろうか。

提供者の承諾のない心臓が臓器移植手術に使用された。9課が調べを進めていくと、臓器密売に手を染めている、あるグループの存在に行き当たる。自分の心臓を失ってしまった被害者と、人間らしい心をなくしている犯人。幼少のころに全身を義体化している草薙は、事件に対して特別な感情があるのか、犯人たちにきついお灸を据える。

ネット内では世間に再登場した笑い男に関して話題が沸騰していた。笑い男専用チャットルーム内で繰り広げられる壮大な事件の推理。自ら討論に参加することによって真相にたどりつこうとした草薙は、そこである監視者の存在に気づく。草薙が長らく抱えていた違和感の正体はなんなのか。

冷酷無比な連続殺人事件が発生。その極めて残忍で特異な犯行スタイルは、かつて行われていたある作戦をバトーに思い起こさせるのだった。過去の因縁に決着をつけるべく、犯人を追い詰めていくバトー。その果てにバトーが取る行動とは？

厚生労働省に大規模なハッキングがなされ、機密性の高い情報が盗まれる。ハッキングを仕掛けていたもとをたどってみると、ある電脳不適応児を集めた授産施設の存在に行き当たる。トグサは単独で潜入捜査に乗り込む。その末に、ある意外な事実にぶつかるのだった。

オムニバス形式でつづる短編2本。ボディ内に残留した記憶を復元して、1機だけ街の中へ出かけてしまうタチコマは、犬を探している少女と出会う。そしてジャンク街でとんでもないものを拾い持ち帰ることで、9課では一騒動持ち上がるのだった。タチコマが考える生命の定義とは。そしてタチコマが拾ってきたものとはなんだったのか？

10年以上前に誘拐されたきり行方不明になっていた少女エカが、海上プラントで昔のままの少女の姿で発見された。海上保安庁からの要請を受けた9課は、現地入りし捜査にあたる。そこは日本領土とは名ばかりの不法地帯であった。電脳化・義体化をしていないゲリラたちにてこずる9課。いったい、エカは何者なのか。

有名な大富豪、横瀬氏に恨みを持つ中国の殺し屋フェムが、日本にやってくる。殺しのための武器を現地調達したフェムは横瀬邸へ向かう。一方で、殺害を防ぐために出動する9課。横瀬氏邸で繰り広げられる草薙とフェムの戦闘。その果てに草薙が見たものは？……“この国を今一匹の亡霊が徘徊している。資本主義という名の亡霊が”

タチコマたちは、草薙の態度に微妙な変化を感じ取り、自分たちが9課から廃棄されようとしているのではないかという危機感を持つに至る。生命、ゴースト、AI、そして自分たちの存在意義。散々議論を繰り返した揚げ句、タチコマたちは1つの解決策を思いつき、そしてその作戦を実行に移すことにするのだが……。

バトーは、軍内部で機密情報を横流ししているスパイを探し出すために、潜入捜査を命じられ、そこでザイツェフという男に出会う。ザイツェフは“義体のすきをつく”と表現される独特の間合いと技により、無敗を誇った格闘家だったが、たった一度の敗戦により、すっかり落ちぶれていた。かつて憧れていた銀メダリストの凋落に、バトーの怒りの鉄拳が炸裂する。

荒巻と草薙は、国際テロ対策協議のために訪英していた。任務終了後、荒巻は単身で古い顔見知りの勤める銀行に向かうが、そこで思わぬ事件に巻き込まれてしまう。一方で銀行の外の草薙は、荒巻を救出すべく策を巡らせる。草薙と荒巻は互いの意図と行動を予測し、危機を脱することができるのか？

かつての同僚の娘から、とある依頼を受ける荒巻。私的な感情で仕事することはできないと一旦は断る荒巻だったが、何者かにより中国外務次官の暗殺が計画されているという極秘情報をつかむ。そしてその依頼内容が暗殺計画に関与している可能性が生じる。暗殺を阻止すべく動く荒巻だが……。

神崎元首相の娘、玲子が突然失踪してしまう。はたして本当に失踪なのか、それとも誘拐なのか。個人的怨恨か、組織的犯行か。9課の間に繰り広げる情報の規制、漏洩、そして撹乱。やがて、捜査の中で、過去に数々の組織的犯罪に関与してきたクルツコワという名の女スパイの存在が浮上する。

トグサは、授産施設での油絵の具の落書きから、独自に笑い男事件の真相を推理し、厚生労働省の資料捜査を願い出る。そこでトグサは、電脳硬化症の非認可薬についての普及活動を行っているNGO組織、ひまわりの会の存在を知る。しかしまさにトグサが訪問しているその最中に、事件は起こるのだった……。

トグサが持ち帰った貴重な情報により、笑い男事件の真相が次第に明らかになっていく。本格的な捜査に乗り出すことになる9課。そして草薙は、麻薬取締強制介入班の強化アームスーツとの戦闘を余儀なくされる。義体の各部分が熱ダレを起こし、しだいに出力の低下する草薙は、かつてないほどの危機を迎えることになる。

荒巻の実の兄が、招慰難民地区にて発見されるというニュースが飛び込む。荒巻は単身、兄の収容されているという病院に向かう。一方で草薙は、ゲイルとの対決でいたんだ義体を換装しにいく。しかし、麻薬取締強制介入班の残党が、まだ街中に潜伏している事実を、荒巻も草薙も知るよしもなかった。

セラノ・ゲノミクス社のアーネスト・セラノ社長邸の前に立つ、フードをかぶった1人の人物。「笑い男」事件の発端とも言うべき6年前の誘拐事件とまったく同じ手口の犯行に色めき立つ警察庁。9課の面々も笑い男の身柄を拘束すべく動き出す。

荒巻は一連の笑い男事件の背後に隠れている黒幕をあげようと画策する。が、公安9課を武力制圧するために、所属不明のアームスーツが9課施設に次々と突入を開始する。草薙は公安9課施設を放棄し、課のメンバー全員に逃走と潜伏を命じるが、追跡の手はすでに潜伏先にも及んでいた……。

追っ手の追跡を逃れきれず次々と9課の構成員が捕らえられていく中で、逃走中のバトーは草薙素子のセーフハウスに立ち寄る。しかしそこで、すでに待ち伏せていたアームスーツと、対決を向かえることになる。からくも敵を撃破し逃走に成功するバトーは、草薙と再会するのだが……。

トグサは事件以来、音信不通になっている9課の面々との再会を嘱望しつつ、今まで9課が追っていた厚生労働省の黒幕たちが逮捕されていく様子を、メディアの画面の前でただ黙って見守ることしかできなかった。一方で、笑い男と目される人物は単身、あらゆる出版物がひたすら集積されるプリントメディアの墓場と化した国立図書博物館で、ある人物との再会を待っていた。