Kusanagis Bedenken bezüglich Tachikoma-Einheiten von Sektion 9 verstärken sich. Die Lage spitzt sich zu. Ihr Verhalten beunruhigt sie, da sich ihre künstliche Intelligenz zu schnell weiterentwickelt. Sie ist sich nicht sicher, ob sie sich noch als Waffen im Kampfeinsatz eignen. Die Tachikomas bemerken Kusanagis Bedenken und versuchen, ihre Deaktivierung zu verhindern, indem sie Kusanagi mit skurrilem Verhalten umstimmen wollen.

Togusa wurde angeschossen und erwacht im Krankenhaus. Er möchte unbedingt dem Rest der Gruppe mitteilen, was er erfahren hat. Durch die Erinnerungen Togusas erlebt Sektion 9 die Razzia der Drogenbehörde im „Sonnenblumen-Club“, und das löst Zorn und Wut bei ihnen aus. Andernorts haben hochrangige Mitglieder der japanischen Regierung eine eigene Kampagne gegen Sektion 9 gestartet, um die Wahrheit über den Lachenden Mann zu verschleiern, und unterstützen stattdessen den Nationalen Sicherheitsdienst. Wer wird die Oberhand gewinnen?

Nach dem nuklearen Dritten Weltkrieg und dem nicht-nuklearen Vierten Weltkrieg (auch Zweiter Vietnamkrieg genannt) verabschiedete Japan ein Gesetz, bekannt als Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik, das Flüchtlinge aus ganz Asien einlädt, nach Japan zu kommen. Hunderte asiatischer Flüchtlinge nahmen Japans Angebot an, kamen ins Land und übernahmen schlecht bezahlte Jobs verschiedener Firmen, welche so ihren Bedarf an Niedriglohnarbeitskräften deckten.

Premierministerin Kayabuki hat offiziell die Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik annulliert, ein Schritt, der von vielen Flüchtlingen in ganz Japan kritisiert wird. Bei einer Tour auf der Insel Dejima, einem riesigen Ballungszentrum von Flüchtlingen, erhält die Premierministerin eine Morddrohung, und Aramaki wird zurate gezogen. Das Kabinett möchte, dass Sektion 9 die Premierministerin beschützt, eine Aufgabe, die das Team nur zögernd übernimmt.

Der fehlgeschlagene Versuch, das Leben des EX-Offiziers der Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte zu retten, um ihn befragen zu können, bringt das Fass zum Überlaufen. Majorin Kusanagi beschließt, direkt auf die Datenbank des Kabinettgeheimdienstes zuzugreifen, um ohne komplizierte Umwege herauszufinden, was Gouda vorhat. Mit Hilfe von Tachikomas, die einen Angriff auf die Sicherheitsanlage des Gebäudes vortäuschen, kann sich die Majorin (als Chroma) in den Server des Kabinettgeheimdienstes hacken und Goudas Beweggründe aufdecken.

Die Tachikoma-Flotte von Sektion 9 ist zur Routinewartung heruntergefahren. Während die Techniker die Flotte inspizieren, beginnen die intelligenten Kampfpanzer eine philosophische Diskussion über den Fall der „Unabhängigen Elf“ und die logischen Schlussfolgerungen und Beweggründe, die dahinterstecken. Allmählich schwenkt diese Unterhaltung um zum Thema des Selbst und der Frage, weshalb die Tachikomas plötzlich das Gefühl hatten, auf sich selbst herunterzuschauen. In der Zwischenzeit erstatten Togusa, Batou, dessen persönlicher Tachikoma und die Majorin SPring-8 Bericht, um Beweise zusammenzusetzen, die der Mitarbeiterstab von den 11 verstorbenen Mitgliedern der „Unabhängigen Elf“ gesammelt hat.

Sektion 9 reorganisiert sich nach dem Feuergefecht, und der Körper ihres toten Teamkollegen wird aus Dejima ausgeflogen. Aramaki sucht verzweifelt nach Informationen, wo am ehesten ein Plutoniumdeal mit dem Mob/ den Flüchtlingen stattfinden könnte. Er lässt ein paar Kontakte spielen und erfährt, dass die Insel Etorofu der wahrscheinlichste Ort dafür ist. Sektion 9 wird daher zur Insel geschickt, um diesen Deal zu stoppen. Gleichzeitig wird ein förmlicher Antrag an das Sicherheitsnetzwerk der Japanischen Maritimen Selbstverteidigungsstreitkräfte gestellt, Kuze zu jagen, falls es ihm gelingt, der Festnahme zu entgehen.