Major Kusanagi und Sektion 9 werden gerufen, um Gäste eines Teehauses zu befreien, die von einem Geisha-Androiden als Geiseln genommen wurden. Als die Gefahr abgewendet ist, erfährt Aramaki von einem Freund beim Militär, dass gegen eine der Geiseln in dem Teehaus ermittelt wird, da dieser ein Gutachten über Notfall-Militärstrategien angefordert hat. Unter diesen prekären Umständen wird Sektion 9 gebeten, die Ermittlungen des ersten Teams fortzuführen.

Die Dinge laufen aus dem Ruder und Kusanagi vermutet, dass der Lachende Mann ein Virus bei den Polizeieinheiten, die den Generalinspektor bewachen, eingeschleust hat. Während die Mitglieder von Sektion 9 versuchen, den Generalinspektor in Sicherheit zu bringen, versucht das Antivirusteam im Hauptquartier, in aller Eile einen Gegenimpfstoff zu entwickeln. Als die unmittelbare Bedrohung abgewendet ist, ordnet Aramaki an, dass Sektion 9 eigene Nachforschungen im Fall des Lachenden Mannes anstellt.

Das Ministerium für Gesundheit, Arbeit und Soziales wurde gehackt und geheime Daten aus dessen Datenbank gestohlen. Sektion 9 untersucht den Fall und stellt fest, dass der Einbruch in das System in einer Einrichtung erfolgt ist, die Personen mit dem Cyberbrain-Blockade-Syndrom hilft. Togusa ermittelt undercover und stellt fest, dass sich die Leiter der Einrichtung verdächtig verhalten.

Der Lachende Mann taucht wieder auf und entführt erneut den Direktor von Serano Genomics, wie schon sechs Jahre zuvor. Sie kehren zu dem Café zurück, wo Serano zum ersten Mal entführt wurde, und sprechen über die Ereignisse von damals. Während des Gesprächs fragt der Lachende Mann Serano, warum er nie sein Versprechen gehalten habe, die Wahrheit zu sagen.

Ein förmliches Prüfverfahren von Tadokoro ergibt, dass er möglicherweise Schwarzgelder des ehemaligen Generalsekretärs Yakushima verwaltet. Dies veranlasst die Regierung, ihre eigenen Ermittlungen zu den Anschuldigungen anzustellen. Aber es gibt zwei Probleme: Tadokoros Tresor ist hochmodern. Nur er hat Zugriff auf das Vermögen im Tresor. Eine weitere, unmittelbarere Sorge ist der Plan des Hackerdiebs „Cash Eye“, während einer exklusiven High Society-Party in den Tresor einzudringen.

Premierministerin Kayabuki hat offiziell die Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik annulliert, ein Schritt, der von vielen Flüchtlingen in ganz Japan kritisiert wird. Bei einer Tour auf der Insel Dejima, einem riesigen Ballungszentrum von Flüchtlingen, erhält die Premierministerin eine Morddrohung, und Aramaki wird zurate gezogen. Das Kabinett möchte, dass Sektion 9 die Premierministerin beschützt, eine Aufgabe, die das Team nur zögernd übernimmt.

Batou und Togusa testen acht potentielle neue Rekruten für Sektion 9. Sie werden in Zweiergruppen aufgeteilt, so dass vier verschiedene Teams entstehen. Jedes Team bekommt die Aufgabe, die Majorin zu verfolgen. Die Majorin erweist sich jedoch als schwieriges Verfolgungsobjekt, und schließlich kann sie die Verfolger aller vier Teams abschütteln. Kurz nachdem das letzte Team von ihrer Fährte abkommt, wird Kusanagi unerwartet gehackt, und findet sich in einer scheinbar verlassenen Straße ohne Kommunikationsverbindung wieder.

Aramaki beruft eine Lagebesprechung ein, um die Ereignisse rund um das plötzliche Auftauchen und den Mord/ Selbstmord von Mitgliedern der „Unabhängigen Elf“ zu erörtern. Die Techniker, die das Team informieren, glauben, dass der einzige Überlebende der Gruppe möglicherweise eine Gesichtsprothese nutzt, die einzigartig ist und von einem Künstler angefertigt wurde. Nur zwei Leute auf dem Gebiet haben die Fähigkeiten, ein Gesicht von dieser Qualität anzufertigen, was den Job von Sektion 9 ein wenig einfacher macht.

Die Tachikoma-Flotte von Sektion 9 ist zur Routinewartung heruntergefahren. Während die Techniker die Flotte inspizieren, beginnen die intelligenten Kampfpanzer eine philosophische Diskussion über den Fall der „Unabhängigen Elf“ und die logischen Schlussfolgerungen und Beweggründe, die dahinterstecken. Allmählich schwenkt diese Unterhaltung um zum Thema des Selbst und der Frage, weshalb die Tachikomas plötzlich das Gefühl hatten, auf sich selbst herunterzuschauen. In der Zwischenzeit erstatten Togusa, Batou, dessen persönlicher Tachikoma und die Majorin SPring-8 Bericht, um Beweise zusammenzusetzen, die der Mitarbeiterstab von den 11 verstorbenen Mitgliedern der „Unabhängigen Elf“ gesammelt hat.

Premierministerin Kayabuki trifft sich mit ihrem Kabinett, um über den Vorfall der Nuklearbombe in Fukuoka zu sprechen, aber das Kabinett hat schon beschlossen, die Armee einzusetzen, um das verbleibende Plutonium zurückzuerlangen, das auf der Insel Dejima versteckt sein soll. Zögernd stimmt Kayabuki dem Plan zu und kehrt in ihr Büro zurück, um Aramaki über den Beschluss zu unterrichten. Nach reiflicher Abwägung aller Optionen schlägt Aramaki vor, die Premierministerin einen Antrag bei den Vereinten Nationen stellen zu lassen, um für die Bergung des Plutoniums deren Nuklearinspektoren nach Dejima zu schicken.