Togusa é enviado para investigar uma instalação do governo misterioso para o tratamento da síndrome do escudo fechado cybercérebro. ' O que ele encontra pode ser a chave para o mistério do homem de riso.

Uma menina que foi sequestrada há 16 anos, de repente aparece em público novamente. Enquanto isso, uma barcos sofisticados se perde. Será que a garota, uma das primeiras pessoas cybernized de sempre, tem algo a ver com isso?

Com Batou e Motoko os únicos membros remanescentes da Seção 9, Batou compromete-se com uma manobra arriscada para o apartamento de Motoko para recuperar seu esconderijo de armas.

O episódio final da série completa sozinho primeira posição. Togusa é libertado da prisão, mas não tem ideia do que aconteceu com a secção 9 membros e ainda não consigo acreditar que o chefe abandonou. Episódio revela o que aconteceu com os membros da secção 9 e tem uma longa conversa com o homem rindo que envolve a série.

A investigação formal sobre Mr. Todoko produziu evidências de que ele pode ser o gerenciamento antigos ativos do Secretário-Geral Yakushima.

O primeiro-ministro Kayabuki renunciou formalmente a Política de Ação Especial para os Refugiados, um movimento que tem atraído muitas críticas de refugiados em todo o Japão.

Batou e Togusa estão testando oito potenciais novos recrutas para a Seção 9.

Aramaki convoca uma reunião para discutir os eventos que cercam o aparecimento súbito e o assassinato / suicídio dos membros dos onze individualistas.

O Primeiro-Ministro convoca uma reunião de seu gabinete para discutir a situação dos refugiados.

Seção 9 reagrupa a partir da luta de fogo e o corpo de seu companheiro de equipe morto é retirado de helicóptero de Dejima.

Um dispositivo nuclear tático foi descoberto no Kyushu Telecom Tower na capital japonesa de Fukuoka e cerca de 35 milhões de cidadãos são posteriormente evacuados ao longo de um período de cinco dias para permitir a auto Exército de Defesa do-chão para difundir e remover o dispositivo com segurança.