Durante una serie de ataques que involucran el virus Cogito, Re-l es asignada como investigadora; ahí es donde encuentra un monstruo humanoide y es atacada por uno de ellos en su casa.

Re-l intenta entender qué son en realidad los monstruos que la atacaron a los que llaman Proxy. Es removida de la investigación mientras su AutoReiv Iggy es reseteado de sus memorias recientes. Mientras tanto, Vincent escapa de un misterioso Proxy y de las autoridades de la ciudad.

Romdeau ya no es un lugar seguro para Vincent, quien intenta ser capturado por las autoridades. Se encuentra con un AutoReiv infectado que responde al nombre de Pino, quien le enseña la manera de escapar del domo. Re-l intenta contactar con Vicent y averiguar su relación con el Proxy.

Vincent y Pino llegan a un pequeño pueblo fuera del domo, los habitantes dicen haber sido expulsados del domo. Mientras Raul Creed intenta localizar y capturar a Vicent.

Re-l escapa al mundo exterior para traer de vuelta a Vincent a la ciudad. Mientras tanto, Raul inicia un plan para capturar al fugitivo atacando la comunidad con drones. Durante el ataque el traje de Re-l es dañado y Vincent sale lastimado; entonces la investigadora confirma las sospechas de la relación de Vincent con los Proxies.

Re-l cae enferma por exponerse al entorno externo. Hoody crea un plan para engañar a Raul y regresar a Romdeau. Quinn crea un grupo de escape de la comunidad usando una nave antigua para escapar.

Ya recuperada en el domo de Romdeau, Re-l habla con Daedalus sobre la relevacia de la ciudad. Mientras tanto Vincent escapa a su ciudad natal junto con Pino y pocos sobrevivientes de la comunidad, quienes van muriendo rápidamente por el cansansio. El joven doctor Daedalus y Re-l hablan sobre los proxies y su relevancia en la creación de la humanidad y su supervivencia, comparándolos con los dioses.

Con los eventos de disturbios recientes, Raul se cuestiona el futuro del domo. Entonces convence a Deadalus de continuar con la investigación del Proxy Monad. Sin embargo, el médico tiene sus propios planes y se revela que no fue Raul quien intentó asesinar a Re-l, sino el propio regente. Por otro lado, Re-l e Iggy exploran un domo viejo sin humanos y varios AutoReivs funcionando en el lugar.

Vincent y Re-l se encuentran y éste le confiesa que es un Proxy, ella no le cree. Vincent y Pino continúan su viaje, esta vez Re-l les sigue, dejando atrás a su AutoReiv Iggy, quien presenta síntomas del virus Cogito.

Los tres viajeros se encuentran en un bizarro juego en vivo, conducido por el Proxy MCQ. Vincent juega una trivia parecida al Jeopardi, donde debe reunir un puntaje para no ser asesinado y salir del lugar. Durante el juego se revelan detalles de los proxies, la humanidad y como el mundo es como ahora, lleno de domos.

El domo Romdeau está en alerta máxima en la búsqueda del fugitivo Raul, quien planea activar un arma mortal. Mientras tanto, el trío de viajeros descubre una extraña cueva tóxica con seres humanoides.

Los tres viajeros llegan a una devastada Mosk, la ciudad de Vincent. Donde encuentran que el resto de la verdad está en Romdeau.

Vicent ahora está atrapado en la conciencia de Re-l, ella acude a sesiones para intentar explicarse sus cambios de personalidad.

El virus Cogito ahora se extiende por toda la ciudad de Romdeau y la lleva al caos. Raul incita a las personas a una revuelta, invitando a destruir a todos los AutoReivs.

Mientras la ciudad sigue luchando, Vicent y Re-l se encuentran con Proxy One. Raul desesperado ahora lucha herido y busca encontrarse con Pino, su hija AutoReiv.

Todas las piezas se unen y se revelan las verdades cuando la batalla final comienza. Monad reaparece e intenta convencer a Vincent para unirse.