Durante una serie de ataques que involucran el virus Cogito, Re-l es asignada como investigadora; ahí es donde encuentra un monstruo humanoide y es atacada por uno de ellos en su casa.

Re-l intenta entender qué son en realidad los monstruos que la atacaron a los que llaman Proxy. Es removida de la investigación mientras su AutoReiv Iggy es reseteado de sus memorias recientes. Mientras tanto, Vincent escapa de un misterioso Proxy y de las autoridades de la ciudad.

Re-l escapa al mundo exterior para traer de vuelta a Vincent a la ciudad. Mientras tanto, Raul inicia un plan para capturar al fugitivo atacando la comunidad con drones. Durante el ataque el traje de Re-l es dañado y Vincent sale lastimado; entonces la investigadora confirma las sospechas de la relación de Vincent con los Proxies.

Ya recuperada en el domo de Romdeau, Re-l habla con Daedalus sobre la relevacia de la ciudad. Mientras tanto Vincent escapa a su ciudad natal junto con Pino y pocos sobrevivientes de la comunidad, quienes van muriendo rápidamente por el cansansio. El joven doctor Daedalus y Re-l hablan sobre los proxies y su relevancia en la creación de la humanidad y su supervivencia, comparándolos con los dioses.

Solos en la nada, un AutoReiv abandonado e Iggy se encuentran lidiando con sus pensamientos. Iggy ahora infectado, reflexiona sobre su deber y decide secuestrar a Re-l y asesinar a Vincent. Frente a frente, el AutoReiv abandonado confronta a Re-l pero Iggy se sacrifica para salvarla.

Esta vez un domo abandonado con un gran centro comercial el trío de viajeros se encuentra con situaciones extrañas, como dobles Re-l o clones de Vincent, lidiando con sus pensamientos internos, Vincent reconoce la verdadera Re-l y salen del lugar.

Los tres viajeros se encuentran en un bizarro juego en vivo, conducido por el Proxy MCQ. Vincent juega una trivia parecida al Jeopardi, donde debe reunir un puntaje para no ser asesinado y salir del lugar. Durante el juego se revelan detalles de los proxies, la humanidad y como el mundo es como ahora, lleno de domos.

Pino explora un misterioso lugar llamado Smile Land junto con un par de personajes simpáticos, entre ella y sus compañeros, confrontan al creador de la ciudad, un Proxy que intenta mantener el lugar con buenos recuerdos.

Vicent ahora está atrapado en la conciencia de Re-l, ella acude a sesiones para intentar explicarse sus cambios de personalidad.

Todas las piezas se unen y se revelan las verdades cuando la batalla final comienza. Monad reaparece e intenta convencer a Vincent para unirse.