Durante una serie de ataques que involucran el virus Cogito, Re-l es asignada como investigadora; ahí es donde encuentra un monstruo humanoide y es atacada por uno de ellos en su casa.

Re-l intenta entender qué son en realidad los monstruos que la atacaron a los que llaman Proxy. Es removida de la investigación mientras su AutoReiv Iggy es reseteado de sus memorias recientes. Mientras tanto, Vincent escapa de un misterioso Proxy y de las autoridades de la ciudad.

Ya recuperada en el domo de Romdeau, Re-l habla con Daedalus sobre la relevacia de la ciudad. Mientras tanto Vincent escapa a su ciudad natal junto con Pino y pocos sobrevivientes de la comunidad, quienes van muriendo rápidamente por el cansansio. El joven doctor Daedalus y Re-l hablan sobre los proxies y su relevancia en la creación de la humanidad y su supervivencia, comparándolos con los dioses.

Vicent encuentra una extraña tienda de libros y conoce a un hombre extraño, ahí es donde descubre más acerca de su propia naturaleza. En una serie de extraños sueños parecidos a secuencias aleatorias de su vida, recuerda un poco más de su pasado y de la historia de la creación de la tierra.

Mientras la ciudad sigue luchando, Vicent y Re-l se encuentran con Proxy One. Raul desesperado ahora lucha herido y busca encontrarse con Pino, su hija AutoReiv.