初めてスーパーマテリアルシアターでいずみの舞台を見たせりあ。その迫力に興奮し、自分も役者として、あのステージに立ちたいと思うようになる。その後、街中で「アリスインシアター」という劇団の案内チラシをもらったせりあは、好奇心も手伝って劇団のある建物を訪れる。

アリスインシアターの団員として迎えられたせりあは、劇場内でシアトリカルマテリアルシステムが作り出した舞台装置の一部だというアクトドールと出会う。まるで生きているようなドールに惹かれていくせりあ。新人として稽古に参加したせりあは、いずみが劇団にいた頃のことを尋ね、あいりの機嫌を損ねてしまう。

かつてジュニアアイドルとして際どいこともしていたあいり。当時のファンと対バン会場で遭遇してから、自分が最低なことをしていたと後悔し、稽古に出てこなくなってしまった。自分の演技に不安を覚えていたせりあは、やっぱりあいりがいないとダメなんだと彼女を探しに行く。

演劇をするアイドル・ゲキドルとしての活動に、活路を見いだしたかをる。1週間に渡る舞台も久々に成功し、気分は上々。次は劇団の代表作とも呼べる『アリスインデッドリースクール』を上演しようと提案する。かつていずみが演じたユウを誰が担当するのかという話になり、あいりはせりあを推薦するが……。

せりあは5年前の「世界同時都市消失」で、両親と妹を亡くしていた。その事実を忘れていたことにせりあは動揺するも、幼い頃の“夢”を見て落ち着く。我に返ったせりあの前には微笑むドールの姿。せりあは、ふと思いついてドールに妹と同じ「アリス」という名前を付ける。アリスインシアターの稽古は順調に進んでいると思われたが……。

アリスをいずみと見間違えて駆け寄ろうとし、階段から落ちてしまったあいり。1か月は舞台に立てなくなったあいりは、せりあに代役を頼む。自分の演技はモノマネだとうなだれるせりあに、あいりは「本物にしてあげる」と意気込み、厳しい稽古を続けていく。そんな舞台をいずみと竹崎が見にやってきて……。

シアトリカルマテリアルシステムの故障により、3か月の休演を余儀なくされていたアリスインシアター。再開のめどが立つと、かをるは次作を『降臨武闘少女（バトルガール）』に決め、あいりとせりあをダブル主演に指名する。それを見ていた劇団創設メンバーの晃と愛美は、自分たちはかをるに必要とされていないのでは……と考えていた。

アリスインシアターからいなくなったドールは、スーパーマテリアルシアター（SMT）の竹崎の元にいた。竹崎はSMTの次回公演の主役をドールにすると言う。ショックを受けたいずみがあいりの部屋を訪れると、そこにはせりあもいた。いずみとあいりはお互いに本音をぶつけ合って和解。いずみはSMTを取り戻すと誓う。

かをるが姿を消した。すでにアリスインシアターが入る建物の所有権を得ていた竹崎は、出入口を閉鎖し、団員の出入りを禁止。アリスインシアターは休団となってしまう。しかし、晃たちはあきらめていなかった。ほかの劇場を借りるために資金を集めようと、ゲキドル活動を再開。そこにせりあがいずみを連れてやってくる。

真琴の父親が理事長をしていた学校を劇場とし、アリスインシアターは新たなスタートを切った。シアトリカルマテリアルシステムもなく、衣装もセットも手作り。それでも客入りは上々で、次は新作を上演することに。題材は、いずみがかをるの部屋で見つけた「妄想日記」。脚本を担当する愛美は、主人公のミキ役にせりあを推薦する。

時空を監視し、過去に介入するイノヴェイター。かをるはそれを追跡するゲイザーのひとりだった。「妄想日記」は、かをるの同僚・キョウコが綴ったものだったのだ。そうとは知らないせりあたちは、『クロノゲイザー』の幕を上げる。その頃、竹崎は自分の理想である争いのない世界を実現するべく動いていた。

グランドマテリアルシステムが起動すると、人々はヒモのようになって消滅していく。周囲の景色までもが変わり、晃たちが動揺する中、それでも『クロノゲイザー』の舞台を続けていくせりあとあいり、いずみ。一方、意識を取り戻したかをるは、そこでかつて殺したはずの梓と再会する。