Los habilidosos Yun y Haberu investigan unos sonidos que provienen de una mansión vacía. Mientras localizan el origen, Mei oye la misma melodía.

Yun, Goro y su robot Jet Jaguar chocan con Rodan, un hostil kaiju con aspecto de terosaurio. Mei va a Tokio para reunirse con una investigadora de renombre mundial.

Una legión de Rodan se dirige a Nigashio. El equipo de la Fábrica Otaki se esfuerza por mantener a los alados monstruos lejos de la ciudad, pero pronto se ven rodeados.

Yun y Haberu sospechan que Misakioku tenga algo que ver con el ataque de Rodan. Mei asiste a la conferencia de Li en Dubái, donde la profesora revela material nuevo.

Salunga emerge de las profundidades de la estación de investigación de Upala cubierto de polvo rojo. Yun observa a Anguirus mostrar una habilidad asombrosa.

Mei descubre un código en la investigación de Ashihara. El equipo de Otaki encara a Anguirus respecto a su participación en los intentos por destruir la ciudad.

Un monstruo gigante sigue a los Manda y aterriza en Tokio. Mientras Mei y la profesora Li viajan a Londres, una anomalía en la ruta desvía el vuelo hacia Milán.

Las fuerzas terrestres al mando de Matsubara contraatacan el ataque de Godzilla en Tokio. En Londres, Mei intenta descifrar la investigación de Ashihara.

Godzilla continúa su ataque en Tokio y la cubre de polvo rojo. El grupo de Otaki corren a rescatar a una persona atrapada en una red de arañas monstruosas.

En la mansión de Ashihara, Yun y Haberu usan a Jet Jaguar para intentar descifrar la investigación del profesor. En la India, Lina lleva a Mei a reunirse con BB.

Antes de dirigirse a la Computadora Supratemporal, BB le muestra el Punto Singular a Mei. El equipo de Otaki viaja a Tokio para acabar con Godzilla.

Mei se entera de una explosión causada por el experimento de Ashihara tiempo atrás. Kanoko le da el diagonalizador ortogonal a Matsubara para que lo use contra Godzilla.

Mei, BB y Pelops II intentan evitar la catástrofe, pero Salunga les tiende una emboscada. Entretanto, el equipo de Otaki hace un último esfuerzo por alcanzar a Godzilla.