ユンとおやっさんはジェットジャガーを操縦し、市街地に突如現れた翼竜型の怪獣"ラドン"に応戦。メイは、国際的な研究者に招かれて東京へ向かう。

逃尾の町に襲来するラドンの大群。オオタキファクトリーの面々はラドンを町から引き離そうとするが、ラドンに襲われて身動きが取れなくなってしまう。

ユンとハベルは、ラドンの出現にはミサキオクが関係しているのではと推測。メイはドバイに到着し、李が新素材について解説する講演会に参加する。

ウパラの研究施設の地下深くから、怪獣"サルンガ"が、紅塵(こうじん)とともに出現。同じ頃、ユンは怪獣"アンギラス"の驚異を目の当たりにする。

葦原(あしはら)が残した研究資料に、謎の暗号を発見するメイ。町の怪獣退治作戦に参加したユンたちは、ジェットジャガーでアンギラスに立ち向かう。

BBはメイを超時間計算機に案内しようとするが、計画を変更して特異点を目指す。オオタキファクトリーの面々は、ゴジラを退治すべく東京へ向かう。

破局を回避する方法を模索するメイ、BB、ペロ2のもとへ、サルンガが襲来。ユン、ハベル、おやっさんは危険を顧みず、ゴジラを目指して進み続ける。