Yun e Haberu deducono che Misakioku potrebbe essere collegato all'invasione di Rodan. Mei partecipa a una lezione a Dubai, dove la prof.ssa Li rivela nuovo materiale.
Di ritorno alla villa di Ashihara, Yun e Haberu tentano di decifrare la ricerca del professore utilizzando Jet Jaguar. In India, Lina porta Mei a incontrare BB.
Mei scopre che una grande esplosione è stata causata anni fa dal computer di Ashihara. Kanoko dà a Matsubara il diagonalizzatore ortogonale da usare contro Godzilla.
Mei, BB e Pelo 2 tentano di evitare la catastrofe, ma Salunga tende loro un'imboscata. Nel frattempo, la squadra Otaki sferra l'attacco finale a Godzilla.