マンダの群れを追うように移動していた巨大怪獣が、ついに東京に上陸。ロンドンに向かっていたメイと李は、紅塵の影響でミラノで足止めされてしまう。

BBはメイを超時間計算機に案内しようとするが、計画を変更して特異点を目指す。オオタキファクトリーの面々は、ゴジラを退治すべく東京へ向かう。