ゴジラの侵攻を受け、紅塵の渦に飲み込まれてゆく東京都心。蜘蛛(クモ)のような怪獣に襲われたユンたちは、怪獣に捕まった人を助け出そうとする。

ユンとハベルは、葦原の洋館に残された資料をジェットジャガーで解析しようとする。インドでは、メイはリーナという少女に連れられて、BBと合流する。

BBはメイを超時間計算機に案内しようとするが、計画を変更して特異点を目指す。オオタキファクトリーの面々は、ゴジラを退治すべく東京へ向かう。