Yun i Haberu badają dźwięki dochodzące z pustego domu. Stwierdzają, że ich źródło znajduje się w pobliżu. Tę samą melodię słyszy Mei.

Yun, Goro i ich robot Jet Jaguar konfrontują się z groźnym, podobnym do pterozaura potworem kaiju – Rodanem. Mei jedzie do Tokio na spotkanie ze światowej sławy badaczką.

Ogromne stado Rodanów leci w kierunku Nigashio. Ekipa z fabryki Otaki usiłuje odciągnąć potwory od miasta, ale wkrótce zostaje otoczona.

Yun i Haberu dochodzą do wniosku, że Misakioku może mieć związek z inwazją Rodanów. Mei słucha w Dubaju wykładu Li, podczas którego badaczka prezentuje nowy materiał.

W ośrodku badawczym w Upali z głębin wynurza się pokryty Czerwonym Pyłem potwór Salunga. Yun obserwuje Anguirusa demonstrującego zadziwiającą umiejętność.

Mei odkrywa w notatkach profesora Ashihary dziwny kod. Broniąc miasta, ekipa z Otaki mierzy się z Anguirusem.

Podążający za stadem Mand gigantyczny kaiju powoduje osunięcie ziemi w Tokio. Czerwony Pył wymusza przekierowanie samolotu z Mei i profesor Li na pokładzie do Mediolanu.

Siły naziemne pod dowództwem Matsubary odpowiadają na atak Godzilli na Tokio. W Londynie Mei usiłuje odszyfrować notatki Ashihary.

Godzilla idzie przez Tokio, pokrywając miasto Czerwonym Pyłem. Ekipa z Otaki rusza na pomoc osobie schwytanej przez przypominającego pająka kaiju.

Yun i Haberu wracają do domu Ashihary, aby odszyfrować wyniki badań profesora za pomocą Jet Jaguara. W Indiach Lina zabiera Mei na spotkanie z BB.

Przed dotarciem do Kalkulatora Superwymiarów BB proponuje Mei, że pokaże jej Punkt Osobliwy. Otaki i jego ludzie wyruszają do Tokio, aby zniszczyć Godzillę.

Mei dowiaduje się, że kalkulator Ashihary wywołał kiedyś potężną eksplozję. Kanoko daje Matsubarze ortogonalny diagonalizator do wykorzystania przeciwko Godzilli.

Mei, BB i Pelops II próbują zapobiec Katastrofie, ale Salunga zastawia na nich pułapkę. Ekipa z Otaki jeszcze raz próbuje zaatakować Godzillę.