Οι ικανότατοι Γιουν και Χάμπερου ερευνούν ήχους που προέρχονται από μια άδεια έπαυλη. Εντοπίζουν την κοντινή πηγή, ενώ η Μέι ακούει την ίδια μελωδία.

Ο Γιουν, ο Γκόρο και το ρομπότ τους, Τζετ Τζάγκουαρ, συγκρούονται με ένα εχθρικό κάιτζου-πτερόσαυρο. Η Μέι πηγαίνει στο Τόκιο για να γνωρίσει μια διάσημη ερευνήτρια.

Ένα σμήνος ροντάν μαζεύεται στο Νιγκάσιο. Η ομάδα του Οτάκι Φάκτορι προσπαθεί να τα παρασύρει εκτός της πόλης, αλλά σύντομα βρίσκεται περικυκλωμένη.

Ο Γιουν και ο Χάμπερου θεωρούν ότι το Μισακιόκου σχετίζεται με την εισβολή των ροντάν. Η Μέι ακούει στο Ντουμπάι τη διάλεξη της καθηγήτριας Λι που παρουσιάζει νέο υλικό.

Το σαλούνγκα αναδύεται γεμάτο κόκκινη σκόνη από τα βάθη του ερευνητικού σταθμού της Ουπάλα. Παράλληλα, ο Γιουν παρατηρεί το άνγκιρας να επιδεικνύει μια απίθανη ικανότητα.

Η Μέι ανακαλύπτει έναν μυστηριώδη κώδικα στην έρευνα του καθηγητή Ασίχαρα. Η ομάδα Οτάκι συγκρούεται με το άνγκιρας στο πλαίσιο των προσπαθειών εξολόθρευσης της πόλης.

Ακολουθώντας μια ομάδα μάντα, ένα γιγάντιο κάιτζου φτάνει στο Τόκιο. Η Κόκκινη Σκόνη εκτρέπει την πτήση για Λονδίνο της Μέι και της καθ. Λι στο Μιλάνο.

Χερσαίες δυνάμεις του Ματσουμπάρα αντιστέκονται στην επίθεση του Γκοτζίλα στο Τόκιο. Στο Λονδίνο, η Μέι προσπαθεί να αποκωδικοποιήσει την έρευνα του Ασίχαρα.

Ο Γκοτζίλα συνεχίζει την επίθεσή του στο Τόκιο, καλύπτοντας την πόλη με κόκκινη σκόνη. Η ομάδα Οτάκι σπεύδει να σώσει κάποιον που έχει παγιδευτεί σε ένα κάιτζου-αράχνη.

Στην έπαυλη του Ασίχαρα, ο Γιουν και ο Χάμπερου προσπαθούν να καταλάβουν τι ερευνά ο καθηγητής μέσω του Τζετ Τζάγκουαρ. Στην Ινδία, η Λίνα γνωρίζει τη Μέι στον Μπι-Μπι.

Προτού πάει στον Υπολογιστή Υπερδιάστασης, ο Μπι-Μπι δείχνει στη Μέι το Μοναδικό Σημείο. Η ομάδα Οτάκι φεύγει για το Τόκιο για να καταστρέψει τον Γκοτζίλα.

Η Μέι μαθαίνει για μια παλιά έκρηξη που προκάλεσε ο υπολογιστής του Ασίχαρα. Η Κάνοκο δίνει στον Ματσουμπάρα τον ορθογώνιο διαγωνοποιητή για να πολεμήσει τον Γκοτζίλα.

Η Μέι, ο Μπι-Μπι κι ο Πέλοπας 2 παλεύουν να αποτρέψουν την καταστροφή, μα ο Σαλούνγκα τους στήνει ενέδρα. Η ομάδα του Οτάκι κάνει μια τελευταία κίνηση προς τον Γκοτζίλα.