14歳の少女・大戸アイは、深夜の散歩の途中で出会った謎の声に導かれ、不思議な「エッグ」を手に入れる。「エッグ」を持て余していたアイが、翌日昨夜の場所に再び向かおうと玄関のドアを開けると、そこはなぜか、どこかの学校の校舎に繋がっていた。不気味な雰囲気漂う校内の様子に戸惑い逃げ込んだトイレで、アイは謎の声に促され、ついに「エッグ」を割ってしまう……。

アカと裏アカの声に導かれ訪れた地下の庭園で、エッグを大量に購入する少女・青沼ねいると出会ったアイ。同じ境遇の相手に興味津々のアイだったが、ねいるからは関わりを避けられてしまう。また独りエッグの世界に挑むアイ。次のエッグの中から現れたのは、レオタード姿の鈴原南という少女だった。戦いに挑むアイに、アカと裏アカは「ワンダーキラーを倒せ」と告げる。

いつものように地下の庭園でエッグを買い、帰路につこうとしたアイの前に突如現れた少女・川井リカ。アイたちと同じくエッグの世界で戦うリカだが、初対面のアイにお金を貸してほしいと頼んできたり、勝手に家まで押しかけてきたりと、いきなりアイを振り回す。誰にでも調子よく振る舞うリカに、ねいるは不信感をにじませるが、リカはアイの家に泊まるとまで言い始め……。

リカが戦線を離脱したことで、みことまこを守りながら独り戦うことになってしまったアイ。押され気味の戦況に挫けそうになるアイに、みことまこは協力を申し出る。一方、別のエッグの世界では、アイたちと同じように戦う沢木桃恵の姿があった。桃恵の凛々しさにほのかな恋心を抱くエッグの中の少女たち。しかし少女たちの感情は、桃恵にとある過去の出来事を思い出させ……。

エッグをきっかけに出会い、友情を深めていくアイ・ねいる・リカ・桃恵の4人。日々戦いに臨む4人の中でも、ねいるは人一倍多くの戦いに身を投じ、様々な思いを抱えた少女たちと出会ってきた。物事を冷静に、論理的にとらえてしまうため、彼女たちの思いをうまく理解できずにいたねいる。ある日、ねいるはリカ・桃恵と共にアイの家に遊びに行くことになるのだが……。

戦いに慣れつつある4人の前で、ミテミヌフリの一部が突然「アンチ」へと姿を変える。アンチが狙いを定めたのはエッグの中の少女ではなく、アイたちだった。新たな敵の出現に苦戦する4人に、アカと裏アカはとある「お助けアイテム」を渡す。エッグの世界での戦いが徐々に変化する中、現実世界ではアイの母・多恵が持ち掛けたある提案が、アイの心を大きく揺り動かす。

リカの誕生日を祝うために集まったアイたち。遅れてやってきたリカが「愚痴に付き合ってもらう」と取り出したのは、自分の父親と思われる5人の男性の写真だった。母・千秋と交わした「中学にあがったらパパに会わせる」という約束が果たされず、父への思いと母への苛立ちを募らせ、悪態をつくリカ。その態度をたしなめたねいると桃恵に、リカは怒りをぶつけてしまう。

「おや、新しいお客さんかな……？」『ここまでやって来られたってことは、おまえにも取り戻したいやつがいるってことだ。』「そういうことなら、このワンダーエッグを割ればいい。」『こんなとこまでやってきたお前にはひとつサービスしてやるよ。』「ワンダーエッグとは何かって？」『そいつは、割ってのお楽しみだな。』「迷うことはない。君はただエッグを割ればいいのさ。」『勇気が出ないって言うんなら、ウチの常連4人の話でもしてやろう。』「そのうえで判断するといい。エッグを持って帰るかどうかをね……。

ある日、会社に住んでいるというねいるの元に遊びに行くことになったアイたち。ねいるはそこで、阿波野寿という少女を紹介する。彼女はとある実験をきっかけに永遠に眠ったままになっていた。そんな寿の状態を認められずにいるねいるだったが、そんな彼女を愕然とさせたのは、エッグから現れた寿の姿だった。寿がねいるに託した最後の「願い」を巡り、4人はすれ違い……。

アカと裏アカがねいるの秘書と共にいる場面を目撃したリカは、３人の関係性について詰め寄る。そこで明かされた彼らのとある秘密。さらにはそこへ、桃恵から「男子に告白され、デートをした」との連絡が入る。突如舞い込んできた恋バナに興奮気味のアイたちだが、桃恵はなぜか浮かない様子だった。そして日常の裏では、エッグの世界での戦いが激しさを増していき……。

桃恵の前に突然現れ生死を問い、パニックの命を奪った異形のモノ「ハイフン」。エッグの世界の変化は、リカの元にも訪れ……。一方、桃恵やリカに起きている事態を知らないまま、アイは地下の庭園に建つ屋敷に足を踏み入れていた。膨大な資料があふれる部屋の中で裏アカと遭遇したアイ。Jプラティの創始者で、かつて科学者だったという裏アカは、とある昔話を語る。

パニックと万年に起こった悲劇を聞いたアイは、エッグの世界でのアンチとの戦いでも、レオンを出さずに応戦しようとしていた。エッグを割ることもままならず劣勢に立つアイ。その様子をモニターしていたアカは、アイに代わってレオンを喚び出し、ミッションの遂行が最優先だと指示する。葛藤しながらもエッグを割るアイだが、エッグから現れた者、そしてワンダーキラーは……。