ゴロー・ミチ・トラジロー・三太の四人は、マジックランドで働いている仲良し四人組だった。彼らは、この遊園地のオーナーでもあるゴード博士から超能力マジックの訓練を受けていた。実はゴード博士は、はるか一万年前に地球にやって来たプラズマン惑星の連合艦隊指令長官だった。

今から１３年前、ゴード博士の乗った飛行機が事故に遭って大惨事となった。その時、ゴード博士の超能力テレポート脱出によって助けられたのが、まだ幼かったゴロー達四人だった。その事故がサゾリオン一味のせいだと知った四人は打倒サゾリオンの決意を新たにする。

ゴード博士の指令を受けて旅に出たゴローとミチは富士山の裾野の樹海にいた。一方、残ったトラジローと三太はゴード博士のもとで魔術の特訓を受けていた。しかし、どうしてもゴロー達と一緒に旅に出たい二人は、とうとう彼らの後を追いかけて富士山に行く。そこで二人は奇妙な動物の鳴き声を聞く。それはナメクジ怪獣ヌメーラだった。

知多半島沖で、謎の光が旅客機や夜釣りの人を犠牲にしているとの情報をキャッチしたゴード博士は、それがサゾリオンの仕業だと考えてゴローたちに出動を命じる。サゾリオンの占い師サロメによると、彼らの探しているアンターレスの大魔玉がそこにあるという。

ゴローたちは河原で泣きじゃくっている兄弟たちと出会う。彼らの母親が川に流されてしまったというのだ。ゴローは母親を助けるため洞窟の中に入って行く。すると、そこにはサゾリオンの一味が大魔玉を探しに来ていた。ゴローたちに気づいた一味は、攻撃を仕掛ける。彼らは洞窟の崖に埋もれていたヤシャガンターを蘇生獣として蘇らせるためにサゾリカオスを吹き込む。

ゴローたちは、分教場の子供たちと知り合いになる。その分教場の裏山で古代象ナウマーの化石が発見される。サゾリオンの帝王カインダークは、古代化石が発見されたその場所にこそ大魔玉が潜んでいると思い、ナウマーにサゾリカオスを吹き込む。こうして蘇生獣となったナウマーが分教場の子供たちに襲いかかる。ゴローたちはギンガイザーを出動させて子供たちの救出に向かう。

海底から正体不明の球が見つかりその球がアンターレス大魔玉ではないかと思ったサゾリオン一味は発見者の少年の家に向かう。一方、ゴローたちも急行する。少年は球を秘密の場所に隠したためにサゾリオンの一味に捕まってしまう。その卵から古代亀タートンが孵化して現われた。サゾリオン一味は古代海亀タートンを蘇生獣にしてギンガイザーに対抗する。

ゴローたちは、けんか凧という凧合戦を見物していた。サゾリオンの将軍ガバーラは、ゴローを亡きものにしようと蘇生獣ダブラマグラを差し向ける。トラジローたちと合体してテレポートしないとギンガイザーが出動出来ないのだが、テレポート出来ずにピンチに陥る。そして、今回もギンガイザーは見事にサゾリオンの悪の野望を打ち砕くのだった。

アンターレス大魔玉を探しているサゾリオンの一味は洞窟で魚とワニが一体になったような海獣を見つける。将軍ガバーラはそれを蘇生獣にしてギンガイザー打倒を企む。サゾリオンの手によって蘇生獣にさせられたメトリオは、かわいがっていた少年の目の前で倒されてしまう。メトリオの大きな目に涙がひとしずく流れ、そのまま海の中に消えていくのだった。

バミューダ沖で謎の航空機事故が起きたことを知った四人は、サゾリオンの仕業だと考え、さっそく調査に向かう。幻の変幻魔獣ヘンゲーラとの戦いでさすがのギンガイザーも今回は海中に沈んでしまう。喜ぶサゾリオンの大僧正ネクローマだったが、不滅のギンガイザーはゆっくりと海底から起き上がってくるのだった。

三個揃うと宇宙的な悪魔力のエネルギーを出すと言われるアンターレスの大魔玉は、それ自体不思議な生命を持つかのように日本の地中をさまよっていた。サゾリオンの占い師サロメによるとその中のひとつがオドロ沼の近くの城下町にあることが分かった。そこでオドロ沼で死に絶えたといわれるガマルスを蘇生獣とすべく・・・

大魔玉が恐山の地下にあることを知ったサゾリオンの一味は、蘇生獣ドカーネを使って地の底に眠る大魔玉を導き出そうとしていた。火山噴火のような現象に驚いた村人たちは、巫女であるお種婆さんに祈祷を頼む。大魔玉を取り出そうとするサゾリオンの力とそれを静めようとするお種婆さんの霊力とがぶつかり合って大魔玉はなかなかサゾリオンの手に入らない。

サゾリオンのネクローマ大僧正によると三個の大魔玉はそれぞれ固有の性格を持つことが判明したという。第一大魔玉は土を好み、第二大魔玉は火を、そして第三大魔玉は水を好むというのだ。その第三大魔玉を探すため蘇生獣クラゲーラが海を荒らしていた。濃い霧の中、荒れた港の近くで原油を積んだタンカーが座礁してしまった。

火を好む第二大魔玉が北海道方面にあることがわかったサゾリオンの一味は、古代熊グリズラーを蘇生獣にして大魔玉を手に入れることを目論む。ゴローたちもゴード博士の過去のデータ分析の結果、大魔玉の在り処を突き止め北海道に来ていた。そこでゴローたちは愛馬を探す少年と出会う。 翌日、少年はいなくなった愛馬の行方を求めて山林に入っていくが・・・

京都の寺院が何者かによって次々と破壊されているというゴード博士の連絡を受けて、ゴローたちはさっそく現地に向かう。それは、京都の何処かの寺にあるといわれるカラス天狗のミイラを捜し出し、サゾリカオスを吹き込んで次なる蘇生獣にしようとするサゾリオン一味の仕業だった。蘇生獣となったカラステンガーは古都の町を暴れ回り、舞妓さんを襲う。

ゴローたちは、鵜飼いで有名な長良川に来ていた。一方、サゾリオンの占い師サロメによれば、長良川の鵜を蘇生獣にすることによって、水を好む第三大魔玉が捜し出せるという。これを聞いたサゾリオンの帝王カインダークは、自ら直々に長良川に出向き蘇生獣となる鵜を見つけ出すことにする。この大魔玉がサゾリオンの手に渡ることを阻止するためギンガイザーの出動となる。

ゴローとミチは阿蘇山の麓に来ていた。そこへ、空から金色の大鷲が舞い降りてきてミチをさらって行ってしまった。抵抗するミチを催眠術によって王女に仕立てあげてしまう。王女となったミチは火を吹くイーグロンに乗って、火を好むという第二大魔玉を呼び寄せる。ゴローたちはギンガイザーを出動させて必死で抵抗するが、ミチがいないため最大威力を発揮出来ない。

サゾリオンの将軍ガバーラの度重なる失敗に業を煮やした帝王カインダークは自ら作戦の指揮をとることを宣言し、サゾリオンの敵、プラズマンのゴード博士を抹殺することを決意する。ナウマー、タートン、クラゲーラなど、サゾリカオスを吹き込まれた蘇生獣たちが墓場から次々と現われ、ギンガイザーを襲う。しかしギンガイザーの強さは絶大だった。

志摩半島近くで次々と海底火山が爆発するという現象が起きていた。アンターレス大魔玉のひとつが海底火山のマグマを引っ張って移動しているためではないかと考えたサゾリオンの一味は、この機をとらえて大魔玉を手に入れようとする。蘇生獣となったアンモガイザーの前にギンガイザーが立ちはだかる。

ゴード博士の指令によると、大魔玉は闘牛で有名な四国の宇和島の辺りを移動しているらしい。このことを察知したサゾリオンの一味は額に白い星印を持つ闘牛が蘇生獣になるとして、”一番星”という名前の闘牛に蘇生エキスの入った麻酔銃を打ち込む。蘇生獣ギューギュラスとなった一番星は暴れ猛牛となり、人々を襲う。ギンガイザーの出動となるが・・・

信州の山麓にある小さな村でモグラの化け物のような怪獣が現われた。サゾリオンの蘇生獣ゲモラだった。ゴローたちは早速ギンガイザーを出動させる。激しい戦いの後でゲモラは傷を負って退却していく。一方、ギンガイザーの方も修理が必要となり、洞窟に逃れる。しかし、修理が完全に終る前に、またもやゲモラがやって来て戦いを挑むが・・・

紀伊半島沖で黒潮海流に乗って謎の炎が北上していた。サゾリオンの占い師サロメによると、それは水を好むと言われる第三大魔玉が、第二大魔玉を呼び寄せている現象なのだという。第二、第三の大魔玉の両方を一気に手に入れるチャンスだとサゾリオンは蘇生獣を送り込む。それはタコ怪獣ダゴラスだった。ギンガイザーがこのダゴラスと戦っている間に第二大魔玉が現われる。

サゾリオンの蘇生獣エテカントロンガーが猿山温泉に出現し、多数の犠牲者を出しているとの情報にゴローたちは銀河号を急行させた。途中ゴローは飛び出してきた一匹の子ザルを跳ね飛ばしてしまい、大ケガを負わせる。責任を感じたゴローは子ザルに紋次郎と名付け、助けるために獣医を探して奔走する。

東京に第二大魔玉が現われた。ゴード博士はいち早くこの情報をキャッチし、ついに大魔玉を手に入れた。サゾリオン一味はゴード博士の手から大魔玉を奪うために、山岳地帯を走るSLを占拠して乗客を人質にしてしまった。もし、大魔玉を渡さなければSLをフルスピードで走らせて、そのまま原子力村へ突入させ、付近一帯を放射能で汚染させてしまうというのだった。

ギンガイザーのパワーアップのために研究室に閉じこもり、日夜作業を続けているゴード博士が激務から倒れてしまった。そして体力回復のために医療カプセルに入ることになった。そんな時、大魔玉が出現したとの情報が入り、ゴローたちはゴード博士不在のままギンガイザーを出動させる。それはニセの大魔玉で時限爆破装置を備えており、ギンガイザーを倒すための罠だった。

ギンガイザーの絶体絶命のピンチにゴード博士が医療カプセルから抜け出してきた。爆発までわずかな時間しか残されていないギンガイザーをゴローたちは捨て身の覚悟で操縦する。

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