高校生・玄野計と加藤勝は、線路に落ちた浮浪者を助けるが、運悪く電車にはねられてしまう。死んだと思った瞬間、２人はなぜか黒い球体が置かれたマンションの部屋にいた。脱出不可能なこの部屋には、既に数人居たが、状況が理解不能な２人の眼前にまた一人、全裸の少女・岸本恵が出現する。不意に、黒い球体から音楽が流れ出す。

　玄野たちが集められたマンション。部屋の中心にある黒い球体からは、彼らが死んだことと、球体の命令で「ネギ星人」と戦わなければならないことが告げられた。彼らはさっそく発見したネギ星人を倒すが、その父親らしき星人が出現。ネギオヤジの逆襲で、次々とメンバーが倒れていく。必死で逃げ出す玄野と岸本だったが、覚悟を決めた玄野はネギオヤジと対決。黒い球体から与えられたスーツの力で、玄野は星人を追い詰めるのだった。

　玄野や加藤たちの前に現われた西は、ネギオヤジを捕獲。西は玄野に殺すよう促すが、玄野は引き金を引くことをためらう。結局、西の銃から発射された光線で、ネギオヤジはいずこかへと転送された。戦闘が終わり、元の部屋に戻ってきたのは玄野、加藤、岸本、西、そしてバター犬のみ。彼らに対して、黒い球体は採点を始める。西によると、球体の名前は「ガンツ」といい、今夜のような戦闘は以前から繰り返されているらしかった…。

ガンツの部屋を出て、それぞれの生活に戻る玄野、加藤、岸本たち。彼らの本体は既に死んでいて、今いる自分はコピーのようなものだと西は言う。次の日、テレビのワイドショーでは、玄野と加藤が巻き込まれた地下鉄の事故を取り上げていた。どうやら２人の遺体は見つからず、失踪事件として扱われているようだ。とりあえずガンツのスーツを着て登校した玄野は、からんできた不良を撃退。その頃、岸本は自分の居場所を見失っていた。

加藤は弟の待つ叔母の家に戻っていた。叔母一家に冷遇されながらもお互いを想い合う加藤兄弟…。その一方で、玄野の部屋にやって来る行き場のない岸本。最初は忘れ物の生徒手帳を返しに来ただけのはずだったが、結局「私を飼ってくれないかな？」と言って泊り込んでしまう。健全な男子としてこれ以上ないというくらい、おいしいシチュエーション。ヨコシマな妄想を勝手に膨らませていく玄野だが、はたして彼の願望は達成されるのか？

コンビニで買い物する玄野と岸本。その時、玄野はレジで、例の地下鉄事故の直前に出会った老婆と遭遇する。ガンツからの呼び出しは近いのだろうか？　玄野は慌ててスーツを用意し、岸本にも着せてみることに。一方、加藤は叔母の体罰でアザだらけの弟を心配し、守ってやれない自分に苛立ちを感じていた。そんな中、ホモのヤンキー・鬼塚に目をつけられるが、暴力衝動を抑えられなくなった加藤は鬼塚を徹底的に痛めつけてしまう……。

もう一人の自分が以前と変わらない生活を送っているのを見届けた岸本は気持ちが吹っ切れ、「あたし、加藤くんが好きだ！」と告白。がっくりと力を落とす玄野だったが、平和な時もそこまで。ガンツの部屋への転送が再び始まった。新たな部屋の住人たち。そして次なる標的は“鈴木星人”だった。

ガンツの部屋に集まった者たちは、加藤の指示でスーツや武器の準備を整える。誰にも死んでほしくないという加藤の思いとは裏腹に、鉄男らは加藤のリーダー的な振る舞いが気に入らない。その時、玄野は自分のガンツスーツを部屋に置いてきたという大変な事実に気づく。

街に転送された玄野や加藤らは星人と遭遇。ネギ星人以上に奇妙な容貌の星人に、彼らはどう対処していいかわからない。そこへ現われた西が星人を攻撃。だが、スーツの機能が壊れてしまった西は、絶体絶命のピンチを迎えてしまう。星人さえ倒せば、西も無傷でガンツの部屋に戻れる。西を助けようとする加藤と、加藤を見過ごせない玄野は、協力して何とか星人の撃退に成功。しかし星人はまだ残っており、西は虚しくも息を引き取った…。

銃で脅され加藤たちとは別行動を取る玄野。加藤たちの前には、4匹の星人が現れ戦闘状態に。そんな中、岸本は加藤のため、勇気を奮って銃を撃つのだった。星人は倒したが、残っていたヒナが逃げ延びた方向には再び星人が集結、カヨと亮太が犠牲となってしまう。一方、玄野たちはレーダーの反応を頼りにボロアパートにたどり着く。

ボロアパートの中には星人たちのボスらしき巨大な鳥が居を構えており、さらに玄野は６匹の田中星人に囲まれてしまう。カヨと亮太の仇を討った加藤たちも、ボロアパートをめざす。残り時間はあと15分。３人がボロアパートについた時には、星人のアパートは倒壊していた……。その時３人が見たものは、異常な興奮状態にある玄野の鬼気迫る横顔。何もかもが終わったかと思われた。が、アパートの残骸から巨大鳥が起き上がってきた！

星人との戦いを終え、生き残った者たちは元の世界での生活に戻る。玄野はまだ岸本との2人暮らしを続けているが、岸本が話すことといえば加藤のことばかり。当然玄野は面白くない。とうとうブチ切れた玄野は、思わず岸本と大ゲンカをしてしまう。一方、加藤の家では叔母による弟・歩への虐待が繰り返されていた。我慢の限界を感じた加藤は、弟とともに家を出る。行き着いた先は、バイトで貯めた金で借りたというアパートだった。

岸本は玄野のアパートから去っていった。玄野は激しく後悔するが、後の祭り。そんな時、またしても老婆が目の前に現れ、ガンツの部屋への転送が始まった。これで岸本に会えると喜ぶ玄野。部屋には、玄野や岸本、加藤、北条らのほかに、新しいメンバーも大勢いた。玄野はそこで、加藤の胸に顔を埋める岸本を見て、立ち直れないほどのショックを受ける。失恋の痛手でやけになった玄野は、年上の美女・桜丘聖にすがるのだった。

岸本にふられ、玄野は衝動的に聖と肉体関係をもってしまう。間の悪いことに、その現場を岸本に見られてしまった…。彼らの思いなどお構いなしに、ガンツによるミッションはスタートする。今回の敵は「あばれんぼう星人」と「おこりんぼう星人」。2体とも仁王像のような姿をしており、転送された先もとある寺院だった。全員で生き延びるため、メンバーをまとめようとする加藤。それに対し、玄野は好戦的な目を剥き出しにしていた。

2体の仁王像。おこりんぼう星人とあばれんぼう星人に囲まれてしまった一同。血気にはやる玄野は星人に向かって発砲するがあっさり躱され、逆に星人の反撃にさらされる結果に。戦いを避けようとしていた加藤も、意を決して星人に立ち向かう。激しい戦いの中、一人で念仏を唱えていた僧侶の徳川が星人の手の平に潰されてしまう。時を同じくして、一同はふらふらと歩くホームレスと、彼を殺そうとする2人組の男を目撃する。

玄野の猛攻でついにおこりんぼう星人が倒れる。それをきっかけに、一同の士気が上がっていく。自分の生きる場所はここだと、玄野は充足感を感じていた。なおもあばれんぼう星人と戦う玄野を、加藤や岸本らはあっけにとられて見つめてしまう。気を取り直した加藤たちは、玄野に加勢する。しかし、あばれんぼう星人はおこりんぼう星人よりもはるかに手強い。ついには玄野が星人に捕まってしまい、握りつぶされそうになる。

2体の星人は倒したが、戦いは終わらない。今度は仏像の群れが動き出し、さらに巨大な大仏が立ち上がる。みんなをまとめようとする加藤と、独断専行の玄野が一瞬対立しかけるが、岸本の言葉で一致団結して星人への反撃を開始。その時、玄野の目に飛び込んできたのは、担任教師・上原佳乃の不倫現場だった…。もちろん彼女たちに戦いの様子は見えていないが、玄野は動揺する。そして佳乃を救おうとした加藤たちが、大仏の下敷きになる。

残り時間は30分。一同は二手に分かれて行動を開始する。玄野と聖は、生きて帰れたら付き合うことを約束していた。だが加藤は、無残に転がるホームレスの死体を見て、自分が帰ろうとしている世界の価値に疑念を抱く。加藤、玄野らの組は仏像を仕留めるが、まだ転送は始まらない。もう一方の北条らの組が、仏像の大群と戦闘中だった。中でも千手観音は別格の強さで、外国人格闘家のJJ、そして北条、貞子が次々と犠牲になっていく。

剣、毒液、レーザーと、千手観音の攻撃は容赦なく一同を襲う。加藤をかばった岸本が死に、玄野も片手、片足を失い重体に陥る。取り乱す聖に加藤は言う。命さえ落とさなければ、五体満足でガンツの部屋に戻れると。その間にも、スナイパーの東郷、チンピラのコンタ、トマオらが凶刃に倒れる。玄野を守ろうとした聖もまた、星人の餌食に。これで、星人と戦い玄野を救えるのは加藤だけになった。そして、敵は意外な姿で現れる。

玄野はガンツの部屋に無事生還した。だが彼は一人きり。最後は加藤が敵と相打ちになっていたのだった。それから数日後、玄野は加藤や岸本、聖たちと過ごした日々を回想していた。またもや転送が始まるが、前回のような戦いへの気力はなく、ただ喪失感が漂うまま、転送に身を任せるばかり。玄野が部屋に入ると、既に新しい住人たちが顔を揃えていた。その中には、担任の上原佳乃やホームレスを襲った2人組・梶浦と室戸の姿もあった。

今回の標的としてガンツの球面に映し出されたのは玄野の写真、その名も「玄野星人」だ。玄野は焦りながらも、来たる戦いに備えてスーツを着るよう住人たちを促す。それを尻目に、梶浦と室戸は住人たちの皆殺しを企てる。さっそく芝居を打って、玄野を孤立させようとする梶浦たち。玄野は自分が敵ではない証を立てようとするが、その時加藤の幻が目の前に現れる。同時にみか、佳乃、野崎、斎藤らには、それぞれの天敵が見えていた。

戦闘フィールドに転送された一同。玄野を「玄野星人」として始末しようとする梶浦と室戸は、玄野を信じようとするみかを人質に取る。玄野の目には、みかの姿に死んだはずの岸本が重なって見えていた。一瞬の隙をついて、玄野はみかを連れて逃げ出す。それを追おうとする梶浦と室戸に、古田や野崎が迫る。2人の本性に気づいたのだ。一方玄野は、逃げる途中落としてしまったみかが大切にしていた本を取りに戻る。

殺人狂としての正体を現わした梶浦と室戸。その最初の犠牲者となったのは佳乃だった。一旦身を隠した梶浦と室戸には、ガンツが用意したさまざまな武器が与えられた。2人が逃げ込んだ斎場に、銃を構えた玄野らが近づいていく。かくして人間同士の凄惨な戦いが始まってしまう。何のために、ガンツはこんな戦いを仕組んだのだろうか？ 斎藤と野崎は梶浦に殺され、どうにかして室戸を説得しようとする古田も、絶体絶命の窮地に陥る。

激しい戦いの末、生き残ったのは玄野、みか、室戸の3人。梶浦を倒した玄野のスーツには、既に限界が来ていた。生きて帰るため、みかは渾身の力を振り絞って室戸に立ち向かう。だが室戸に敵うはずもなく、致命傷を負ってしまう。怒りに震える玄野は、室戸を激しく攻め立てる。途端、室戸はそれまでの殺人鬼の顔から臆病な少年に変貌を遂げる。自分が人を殺すのは、世間に復讐するためだと彼は言う。

マンションの先客である少年・西が「ガンツ」と呼ぶ黒い球体の表面に現れた指令によって、玄野たちは武器を手に、次々と夜の住宅街へと転送される。標的を発見したメンバーはゲーム感覚で「小ネギ星人」の殺戮を開始する。その時巨大「ネギ星人」が現れた…。

玄野は岸本を連れオヤジネギ星人から逃げ回るがついに捕まってしまう。絶体絶命か、と思ったその瞬間、負傷した加藤が助けに入る。玄野に逃げるよう叫ぶ加藤と立ちすくむ玄野。そこに現れた西がネギ星人に向かって銃を発射した…。

街に転送された玄野は、その直後に鈴木星人に出くわす。玄野は必死に逃げ回り、何とか加藤たちと合流する。と、星人は玄野を追っていた時の怒りの形相から、にこやかな笑顔に戻っていた。膠着状態のような、わけがわからないだけのような不思議な沈黙が流れる…。