Mason Kane și Nadia Sinh, agenți de elită ai organizației autonome de spionaj Citadela, se confruntă cu Manticore, o nouă grupare infamă, ceea ce duce la dezastru. După opt ani, Mason Kane duce o viață liniștită drept "Kyle Conroy", fără să-și amintească trecutul. Până când un vechi coleg îi cere ajutorul pentru a opri acum puternica Manticore să impună o nouă ordine mondială.

Kyle și Bernard merg în New York City, pentru a fura geanta X a Citadelei din sediul Manticore, înainte să fie prea târziu. Ulterior, Kyle realizează că o persoană din trecutul său este încă în viață și riscă totul pentru a o găsi.

Când Kyle și Nadia ajung la o veche ascunzătoare, mici indicii despre trecutul lor comun încep sa iasă la suprafață. Curând, aceștia descoperă că un fost aliat, care ar putea fi esențial pentru oprirea Manticore, este închis într-un centru din Maroc. Pentru a-l salva trebuie mai întâi să ceara ajutorul unui mafiot local. Dar misiunea lor este compromisă când secretele trecutului sunt descoperite.

După revelația șocantă a fostei identități a lui Abby, aflăm despre fostele relații dintre Mason, Nadia și Celeste și o decizie teribilă care are efecte și azi. Între timp, Nadia și Kyle aterizează la complexul Manticore din Maroc și își riscă viețile pentru a își elibera colegul spion. Dar bucuria eliberării este scurtă și trebuie să se confrunte cu o acuzație periculoasă.

Nadia, Kyle și Carter sunt obligați să lucreze împreună pentru a scăpa din Manticore și să protejeze Geanta X, dar suspiciunile unuia dintre eroi ating punctul culminant, ducând la o mărturisire explozivă.

În finalul epic al sezonului, cu unul dintre ai lor ținut ostatic de Manticore, Kyle, Nadia și Carter riscă totul pentru a îl salva și a dejuca planurile Manticore de a obține arme nucleare. În timp ce eroii noștri luptă cu amenințarea nucleară, identitatea cârtiței din Citadela va fi relevată, ca și adevărul oribil că tot ce știu e o minciună.