小鳥遊聖（タカナシ・セイ）は、ちょっと仕事中毒な20代の会社員。ある夜、残業を終えて帰宅すると突然光に包まれ、異世界の王宮に「聖女」として召喚されてしまう。ところが、現れた王子は同じく召喚されたもう一人の少女に夢中で、放置されたセイは暇を持て余す。そんな時、王宮敷地内で出会った青年・ジュードに案内されたのは薬用植物研究所。元々植物好きで研究所に興味を持ったセイは、そこで研究員として働くことになるが、薬草と魔法を使ったポーション作りで思いがけない能力を発揮することに……。

瀕死の騎士を救ったポーションが評判となり、功労者であるセイは褒美として、研究所内にキッチンを設置してもらう。この世界には薬草を料理に使う習慣がなかったが、薬草を加えたセイの手料理は、所長のヨハンも感心するほどの美味しさだった。後日、セイはヨハンから第三騎士団の団長・アルベルトを紹介される。彼こそが、セイのポーションで救われた騎士本人だった。ブルーグレーの瞳を持つアルベルトに優しく微笑まれ、落ち着かない気持ちになるセイ。さらに、王宮図書館でも新たな出会いが待っていた。

夏の休日、セイはアルベルトに誘われて街へ出かける。人々の賑わいに瞳を輝かせるセイの手を取り、優しくエスコートするアルベルト。二人は一緒に街を歩き、楽しいひとときを過ごす。別れ際、アルベルトはセイに髪留めを贈る。その話を聞いたヨハンとエリザベスは、アルベルトの行動に込められた彼の思いを察していた。数日後、髪留めに魔法付与が施されていると知ったセイは、自分でもやってみたくなり、教えを受けるため宮廷魔道師団の隊舎を訪ねる。そこで出会ったのは、副師団長のエアハルトだった。

王宮の執務室で、ジークフリート国王はヨハンとエアハルトからセイの優れた魔力について報告を受ける。一方、当のセイも自らが人並み外れた魔力を持っていることを自覚していた。考えられる理由は「本物の聖女」だから。しかし、それを積極的に喧伝するつもりはなく、できれば普通の人として過ごしたいと思っていた。ある日、ポーションを大量に作りすぎたセイは、ヨハンから強制的に休みを言い渡される。調べ物でもしようと立ち寄った王宮図書館で、不意に声をかけてきたのはジークフリート国王だった……。

宮廷魔道師団の師団長・ユーリのもとで、「鑑定」を受けることになったセイ。だが、セイはユーリの鑑定魔法を無意識に弾いてしまう。それは彼女の魔力量がユーリよりも多いことを物語っていた。確証はなかったが、魔力の特異性からもセイが聖女であると判断したユーリは、その件をジークフリート国王に報告。王宮の使者はセイに、国王が謁見を望んでいることを伝えた。謁見の日、セイは気合いが入った侍女たちによって美しく仕立てられ、護衛役として迎えに来たアルベルトと共に王座の間へ向かう。

セイが魔法を正式に学ぶにあたり、講師役はユーリが務めることになった。この機会にセイの不思議な魔力をじっくり観察させてもらおうと、すっかりご機嫌なユーリ。とはいえ、指導は意外とスパルタで、セイは魔法を高速発動する課題に苦しむ。そこで、より実戦的な練習で感覚を掴むため、アルベルトに頼み第三騎士団の訓練に参加させてもらう。それはいずれ、討伐の支援要請が来ると考えてのことだった。セイが受けている講義は他にもあり、ダンスやマナーなどを学ぶその日を、セイは「淑女の日」と呼んでいた。

セイと同時に聖女として召喚された、もう一人の人物――御園愛良（ミソノ・アイラ）。セイのように放置されることなくカイル王子に保護されたものの、彼女は突然の異世界に戸惑い、元の世界に戻れないと知り涙を流した。カイル王子はそんなアイラの世話をやき、王立学園に編入させる。アイラ自身も自分にできることを頑張ろうと、魔法の勉強に励んだ。しかし、彼女を偏重しすぎるカイル王子の姿勢が影響し、アイラは学園内で孤立してしまう。その状況をなんとかしようと、エリザベスはアイラに声をかけるが……。

念願だった禁書庫での書物閲覧を許されたセイは、より効果の高いポーションが作れないかと研究に没頭。過去の聖女は魔物を殲滅する「聖女の術」という魔法を使ったらしいが、記録がないため詳しいことはユーリにもわからなかった。ある夜、この世界で出会った人たちのことを思い返していたセイの心に何かが湧き上がってくる。その瞬間、辺りに広がる金色の光。それが何なのか答えが見つからないまま、セイは西の森の討伐に回復要員として参加する。同行したユーリやアルベルトと共に危険な森を進んでいくが……。

セイが放った光り輝く魔法は、瘴気の沼から湧き出る魔物たちを一掃した。その一件により、セイはますます周囲から聖女として注目されるようになっていく。そんな時、王宮内ではエリザベスが、アイラにかかりきりのカイル王子に詰め寄っていた。カイル王子は聖女と噂されているセイを否定する発言をし、居合わせたセイは気まずくなってしまう。そこへ現れたジークフリート国王が場を収めたが、カイル王子は謹慎処分を受けることになった。しばらくして、エリザベスはセイとアイラを交流させようと、お茶会を開く。

討伐のため、地方のクラウスナー領へ遠征する第三騎士団。危険を伴う任務だったが、同行するセイは薬草の一大産地であるクラウスナー領で、新たな薬草を学べることに期待していた。領主のダニエルはセイに薬師のコリンナを紹介。コリンナは、この地で「製薬の祖」と呼ばれた薬師が残した日記をセイに読ませてくれる。この薬師も聖女だったのかもしれない。そう考えていた時、地元の傭兵団から森に魔物が現れたと知らされる。第三騎士団でも怪我人が出たと聞き、アルベルトが心配なセイは思わず駆け出す――！

再び「聖女の術」を放ったセイは、その発動条件に自ら気づき困惑していた。一方、セイの能力を目の当たりにした傭兵団のレオンハルトは仲間として勧誘しようとするが、彼女が聖女だと知り、仕方なくあきらめる。そして、いよいよ本格的な討伐が開始される。「聖女の術」が必要となる事態も考えられるが、セイはアルベルトに発動条件を打ち明けることはできなかった。クラウスナー領の森は思っていた通り、珍しい植物にあふれていた。アルベルトとレオンハルトに護衛されたセイは、ワクワクしながら森の奥へと向かう……。

スライムの襲撃を受けたセイたちは、王都から支援に駆け付けたユーリとアイラの加勢で無事に森から撤退した。その後、コリンナの協力で「聖女の術」を自在に発動できるよう練習に励むセイ。再編成した部隊で再び森へ向かうことになるが、過去に魔物討伐で一帯を燃やし尽くしたユーリの参加に、故郷の森を愛するレオは心配顔をする。行く手にはまたしてもスライムが出現するが、目的地は森の奥深くにある瘴気が渦巻く沼。巨大な怪物のようなスライムも襲いかかってくるなか、セイは「聖女の術」で沼の浄化を試みるが……!?

聖女として認知されてからも、薬用植物研究所で研究三昧の日々を過ごすセイ。今は新しい化粧品を開発中だが、その効果の高さは侍女たちにも注目されていた。そんなとき、ヨハンはセイに新たな商会を立ち上げることを提案する。

元いた世界と同じ農産物を探し求めて、港町モルゲンハーフェンを訪れたセイ。その船着き場で事故現場に遭遇するが、お忍びのため回復魔法は使えない。助けを求めるセイラン船長に手持ちのポーションを渡し、セイは立ち去るが……。

王宮にて「聖女セイ」の正式なお披露目会と舞踏会が開かれることになった。注目されることが苦手なセイは戸惑うものの、アルベルトからのエスコートの申し出を受ける。当日、国王の隣には聖女のローブをまとうセイの姿があった。

貿易相手国の王子を留学生として迎えるにあたり、セイは住居を研究所から王宮へと移す。それは国家機密である聖女の能力を隠す目的もあった。留学生の国が以前出会ったセイランと同じ国だと知り、嫌な予感がするセイだが……。

研究所で遭遇して以来、留学生のテンユウは連日セイを探し回っていた。ごまかすのも限界と判断したヨハンは、聖女であることを明かさずにセイと会わせる。テンユウと植物談義で盛り上がったセイは、彼の目的が気にかかり……。

難病に苦しむ母がいるテンユウは、セイランがもらったポーションを手がかりに、優れた薬師を探していた。だが、どんな上級ポーションでも進行中の病に効くとは限らない。事情を知ったセイは万能薬作りに挑戦してみることに……。

アルベルトが率いる第三騎士団とセイが行う魔物討伐に、一旦の区切りが見えてきた。ひと息ついたところで、今後はセイの婚約問題が持ち上がると告げるエリザベス。聖女であるセイの婚約は、国王の会議でも話題になっていた。

魔物討伐のため、アルベルトの故郷・ホーク領を訪れたセイたち。アルベルトの両親で領主を務めるホーク夫妻は晩餐会を開き、セイは楽しいひとときを過ごす。翌日、魔物が出現する鉱山周辺は異様な雰囲気に包まれていた……。

鉱山の森に現れたのは、生きた屍のような魔獣だった。それらを生み出す「黒い沼」を目指し、セイたちは鉱山の薄暗い坑道を進む。襲いかかる魔獣の群れを退けながら、たどり着いた最深部でフルパワーを発揮するセイだが……。

巨大魔獣を倒して「黒い沼」も消滅させたセイたち。領主の屋敷では一行を労る宴会が開かれ、セイは美味しい料理を夢中で味わう。翌日、ホーク領の市場を訪れてはしゃぐセイを、同行したアルベルトは眩しそうに見つめていた。

魔物討伐の終結により、セイの聖女としての使命はひとつの区切りを迎えた。そんなある日、ユーリのもとに養父のドレヴェス侯爵から演劇の招待状が届く。何かを思いついたユーリはセイを誘うが、それが波紋を呼ぶことに……。

セイとの初めての出会いやこれまでのことを振り返りながら、自らの想いと向き合うアルベルト。一方のセイはエリザベスから、自分の気持ちを大事にするようにと諭される。周囲の誰もが、不器用な二人の様子を見守っていた……。