第三次世界大戦により戦闘に特化した「戦術人形」が普及した未来。大手軍需企業「鉄血工造」の戦術人形が突如人類へ反旗を翻した。民間軍事会社「Ｇ＆Ｋ（通称グリフィン）」所属の戦術人形「M4A1」たちAR小隊は、極秘任務を受けて敵地へと潜入するが、そこに現れたのは鉄血の戦術人形「エージェント」だった──。

鉄血の「エージェント」に勝利した「M4A1」たちだったがグリフィンの支援小隊は全滅し、仲間も散り散りになってしまう。同じ頃、グ リフィン前線基地に着任した新人指揮官ジャンシアーヌは初任務を終え、人形たちと交流を深めていた。だが鉄血の新たな刺客 「スケアクロウ」が現れ、平穏は終わりを告げる──。

激戦の末「エクスキューショナー」を撃破した「M4A1」は仲間との通信を成功させるが、まるで前線とは思えない基地の雰囲気に戸惑いながらも、救出への気持ちが抑えられずにいた。ジャンシアーヌは安全確保が優先だと告げ、無事に作戦を成功させる。だが「ST AR-15」の姿はなく、再会した「M4 SOPMOD Ⅱ」に新たな敵を告げられる──。

極秘拠点を救うべく鉄血の拠点へ潜入した「M4A1」たちは、鉄血の「デストロイヤー」から通信を受ける。帰投してジャンシアーヌと合流したAR小隊に待っていたのは「ST AR-15」の内通疑惑だった。調査の為に捕縛された「ST AR-15」を心配しながらも「デスとロイヤー」を追う「M4A1」たちに驚くべき情報が伝えられる──。

逃走した「ST AR-15」を捜索すべくグリフィンから派遣されたネゲヴ小隊は、新たなハイエンドモデル「アルケミスト」と大量の鉄血による襲撃を受けてしまう。敵の新兵器により分断された彼女たちを救うべく動き出したAR小隊と、またしても決断を迫られるジャンシアーヌ。そして戦場の裏側で「M4A1」へと近づく影がいた――。

再会した「ST AR-15」と「M4A1」は奇妙な会話を繰り広げる。戦場では「アルケミスト」の策略により、ネゲヴ小隊が窮地に追い込まれていた。その硝煙と感情の渦巻く少女たちの前線においてジャンシアーヌは厳しさを増す状況に苦悩し、それでも信じて抗い続ける戦術人形たち。そこに一発の銃声が響き渡る――。