메이지 64년 도쿄시. 고서점을 운영하는 유키무라는 정부에 반기를 드는 자들을 비밀리에 말살하는 '누에'의 처형인 중 하나였다. 유키무라는 누에의 동료인 츠키시로, 하나카제와 함께 도쿄성 완공 기념 피로연에서 요시노부의 암살을 꾀하는 반체제파 조직의 수장 쟈노메 제거를 명령받았다. 이에 츠키시로와 하나카제는 피로연에 잠입해 정보를 모으고, 유키무라는 지하도에서 무언가를 기다리며 대기했다. 그녀의 앞에 나타난 것은 쟈노메가 만들어 낸 이형 짐승. 푸른 피의 힘으로 변신한 유키무라는 그 짐승과 맞서 싸우는데.

확보해놓았던 명부에 적혀 있는 도쿠가와 정부의 요인들이 살해당하고 있었다. 누에 안에 배신자가 있다고 판단한 진은 츠키시로에게 배신자 조사를, 유키무라와 하나카제에겐 금고지기 쿄코의 호위를 명령했다. 금고지기를 호위해 도망치던 중, 유키무라는 자신의 고향인 카라스모리 집성촌에서 일어난 일족 몰살 사건의 진실이 쿄코의 머릿속에 있다는 걸 알게 된다. 그러는 와중에 유키무라가 자리를 비운 고서점에 모습을 드러낸 츠키시로는 아사히에게 어떤 약을 건네주는데.

금고지기의 살해를 명령한 건 진이었으며 이것은 곧 요시노부의 바람대로였다. 마음을 가라앉힐 길이 없는 유키무라를 츠키시로는 면밀히 지켜보면서, 복수를 하는 과정에서 아사히에게 위험한 일이 생길 수 있다는 걸 시사하고 떨어져 지낼 것을 조언했다. 이에 마음이 흔들렸던 유키무라는 어떤 결정을 내렸다. 한편 츠키시로의 조사를 통해 배신자가 청소부였다는 것이 밝혀지자 유키무라, 츠키시로, 하나카제는 청소부를 불러냈는데.

아사히를 데리고 간 사람은 바로 원수인 쟈노메였다. 유키무라는 아사히를 구출하기 위해 나섰지만 진에 의해 저지당하고 말았다. 진은 유키무라를 데리고 가려 했지만, 배신자인 츠키시로에게 유키무라를 빼앗기고 만다. 쟈노메의 본거지까지 끌려오게 된 유키무라는 그렇게 쟈노메와의 해후를 이루었다. 이에 유키무라는 격분하며 칼을 겨눴는데.

오빠인 타케루와 함께 죽기로 결심한 유키무라. 하지만 타케루는 아사히의 존재를 상기시키고는 유키무라를 감싸고 사망했다. 유키무라는 아사히를 데리고 적의 본거지에서 탈출했지만, 복수를 끝내고 오라버니를 잃은 유키무라는 상실감에 젖어있었다. 그 무렵, 하나카제는 자신이 임신했음을 깨닫고 조직으로부터 빠져나오기로 결심했다. 유키무라는 미래를 향해 발을 내딛는 그녀의 모습에 감명받았지만, 다음 날 아침 누군가의 시체를 발견하게 되는데.

유키무라가 먹은 약은 가사 상태에 빠지게 만드는 약이었다. 아사히는 츠키시로에게서 전해 들은 말을 떠올리면서, 주변을 속여가며 유키무라와 도망치기 위해 분투했다. 한편, 요시노부에게 부름을 받은 진은, 츠키시로가 가지고 있는 쟈노메의 신약을 뺏어오고 신약의 재료가 되는 푸른 피를 가진 유키무라 또한 헌상할 것을 명령받았는데.

지방으로 도망 온 유키무라와 아사히는 어느 낡은 절의 주인인 린코의 돌봄 아래 평온한 생활을 보냈다. 한편으로 진은 반체제파인 토도로키를 붙잡아, 그로부터 츠키시로가 남아있는 기밀문서들을 찾고 있다는 사실을 알게 되었다. 기밀문서를 얻은 츠키시로는 카라스모리 일족 사 건의 진실을 전하기 위해 절에 방문하지만, 경계심이 풀려있는 유키무라를 보고 실망했다. 츠키시로는 파랗게 빛나는 쟈노메의 신약을 바라보았는데.

괴이형으로 변화한 츠키시로를 상대로 유키무라는 검격을 주고받았다. 고전을 강요받으면서도 츠키시로에게 마무리를 할 기회가 찾아온 상황. 하지만, 유키무라는 아사히와 나눈 "더 이상 아무도 죽이지 않는다"라는 약속이 떠올라 주저하고 말았다. 자신을 바라봐 주지 않는 유키무라에게 츠키시로는 쓸쓸함을 느꼈다. 그 순간 질풍과 함께 검은 형상이 스쳐 지나갔고, 유키무라의 앞에는 잔혹한 현실이 펼쳐졌는데.

진은 유키무라에게 처형인으로 돌아올 것을 명령하고 도쿄로 돌아갔다. 주저하고 있는 유키무라의 앞에 나타난 건 유키무라가 지냈던 절의 주인인 린코였는데, 그녀 또한 누에의 처형인이었다. 린코와 함께 자신의 고향에 방문한 유키무라는, 자신이 살아남은 책임을 다하기 위해 도쿄로 돌아가기로 결심했다. 정부에 대한 사람들의 반감이 높아져 가는 가운데, 시간이 멈춘 듯 변함없이 있는 고서점에서 유키무라는 츠키시로가 감춰둔 비밀문서를 발견했다. 거기에는 카라스모리 일족 사건의 진실이 적혀있었는데.

18년 전, 쟈노메는 요시노부를 섬기며 비인간적인 실험을 반보갛고 있었다. 그곳의 연구 소재 중 하나였던 어린 진은 삶에 대한 강한 의지를 높여 평가받아 누에의 처형인으로 선택되었다. 그렇게 진은 요시노부에게 충성을 맹세했고, 시간이 흘러 쟈노메가 요시노부를 배신하고 말았다. 진은 연구 대상이었던 카라스모리 일족의 경호를 명령받았는데, 경호를 하던 중 유키무라의 어머니인 토와와 만나 그녀의 순진한 마음에 끌리게 되었다. 하지만, 무정하게도 요시노부로부터 카라스모리 일족을 말살하라는 명령이 내려왔는데.

유키무라가 진을 규탄한 지 얼마 되지도 않았을 때 요시노부가 그들이 있는 곳을 찾아내었다. 진은 "24시, 시노바즈노이케에서 기다리겠다"라는 말을 남기고 유키무라를 도망치게 해주었다. 도망치는 유키무라는 죽었다고 생각했던 하나카제와 재회하고 지하도에서 탈출했지만, 요시노부의 명령을 받은 린코의 습격을 받게 되었다. 조금씩 밀리면서도 각오를 다진 유키무라는 린코를 쓰러뜨렸다. 그 후 하나카제와 함께 고서점으로 돌아온 유키무라는 그리운 인물과 다시 한번 재회하게 되는데.

Asahi is alive, but Sawa has seen too much to ignore the crimes perpetrated by Jin Kuzuhara in the name of the Tokugawa regime. Hoping to secure a brighter future for the girl she has adopted as a sister, the assassin once known as Yukimura takes up her sword once again...