ゼムリア大陸最大規模の猟兵集団「北の猟兵」はノーザンブリア自治州・州都ハリアスクに向かう物資運搬の護衛にあたっていた。途中、魔獣に襲われた村に立ち寄った部隊はサスカッチの急襲を受ける。そんな中、制止を聞かずにひとり立ち向かっていく小柄で無口な猟兵、ラヴィがいた。一方、ハリアスクでは急進派の幹部・ローガンが偵察任務から帰還していた。

エレボニア帝国によるクロスベル自治州併合の知らせを受け、次はノーザンブリアであると警鐘を鳴らすローガンに幹部たちは反発する。魔獣撃退時の単独行動を規律違反とされたラヴィは戦闘訓練教官として任務を命ぜられていたが、訓練に軍用車が暴走する事件が発生。ラヴィ、タリオン、イセリア、そして管理官のマーティが対応することになる。

「帝国の英雄」についての情報を得るため、エレボニア帝国への内偵調査を命ぜられたラヴィたち４人は、帝国西部ラマール州・オルディスにいた。最初の命令である祝賀パーティへの潜入から早々に離脱したラヴィと、彼女を追うタリオンは、オルディスで帝国の繁栄を目の当たりにする。そんな矢先、港湾の倉庫に不審な人影が集まっているのを目撃する。

帝国内偵調査の経由地・温泉郷ユミルに立ち寄ったラヴィたちは、村の温泉が冷たくなった怪現象に遭遇する。ラヴィとイセリアは、山奥にある源泉が原因ではないかとの情報を得て調査へ向かうが、そこには七耀石と一体化した魔獣が待ち構え、イセリアは結晶の檻に閉じ込められてしまう。ラヴィは限られた武器を使ってイセリアの救出を試みる。

「帝国の英雄」の情報をつかめないまま次の目的地を目指し大陸横断鉄道に乗車したラヴィたち。しかし、魔獣が起こした地割れによって鉄道は突如急停車。復旧作業に取り掛かろうとした最中に再び地割れが発生し、ラヴィは地下水道に落ちてしまう。脱出を試みるラヴィだったが、魔獣の襲撃を受け窮地に追い詰められる。そんな彼女に手を差し伸べる人物がいた。

灰の騎神「ヴァリマール」とそれを操る「帝国の英雄」リィン・シュバルツァーの圧倒的な力を目の当たりにしたラヴィたち。鉄道乗り換え待ちのため下車したケルディックで4人を待ち受けていたのは、帝国軍情報局のレクター。4人に詰め寄るレクターは、ラヴィが「北の猟兵」の英雄ヴラドの孫であることを掴んでおり、アルティナ、ミリアムにラヴィの拘束を指示する。

帝国に拘束されたマーティを残しノーザンブリアに戻ったラヴィたちは、偵察調査の終了を告げられる。再び教官としての任務についたラヴィだったが、宮殿で祖父ヴラド失脚の原因となったバレスタイン大佐殺害の真実を知る。帝国がノーザンブリアへ「ケルディック焼き討ち」の賠償請求を求めたという報せが入り、グラークはラヴィに祖父の意思を継ぎ、共に国のために戦おうと持ちかける。

帝国からの賠償請求の噂は広まり、ノーザンブリア自治州内に緊張がはしる。緊急招集をかけたグラークは、抗戦の切り札となる「人形兵器」を披露し、「英雄の孫」であるラヴィと共にノーザンブリアを守り抜くことを約束した。しかし、演説を終えたグラークは幹部へ思いもよらない方針を明らかにする。ローガンは真っ向から否定し、対立はますます深まっていく。

何者かによって暗殺されたグラーク。ローガンは混乱に乗じて議会を占拠し、グラークに代わりノーザンブリアを率いると宣言。急進派フェノメノン部隊と「人形兵器」によってハリアスクを包囲し、グラーク派の重鎮たちを監禁していった。戒厳令が敷かれる中、グラーク暗殺の首謀者はローガンではないと知るラヴィは、真実をつかむべくローガンがいる宮殿を目指して動き始める。

タリオンの銃撃により傷を負ったラヴィだったが、命からがらその場を逃げ切り、故郷・ミシュスク村で母親に看護されていた。ラヴィは村で裏切り者だったはずのヴラドが、村人から慕われていたことを知り、祖父の言葉を思い出しつつ英雄としてあるべき姿に想いを巡らせる。しかし、ラヴィを追うフェノメノン隊が村を訪れ、彼女を見つけ出すために麦畑に火を放つ。

帝国が国境を越え州都ハリアスクに迫る。徹底抗戦の構えを取るノーザンブリア。イセリアとともに村を離れハリアスクへと向かったラヴィはグラーク暗殺の黒幕の存在を確信する。宮殿を目指すが、帝国の攻撃を食い止めてきた人形兵器が突如暴走。市民へも攻撃を開始し、ハリアスクは混乱に陥る。この局面を打開しようとラヴィはローガンと対面、混乱を止めるためにひとり、真の黒幕へと向かう。

混乱に陥ったハリアスクから市民を避難させるため現れたヴァリマール。リィンと再会したラヴィは、ノーザンブリアを守るため協力を要請する。サラ率いる遊撃士協会も到着し、市民の救助が始まる。ラヴィは帰還したマーティ、そしてアルティナの援護を受けながらいよいよ混乱の元凶・バルムントの森にある人形兵器工場へと足を踏み入れる。