제무리아 대륙 최대 규모의 엽병 집단 「북쪽의 엽병」은 노던브리아 자치주의 공도 할리아스크로 향하는 물자 운반의 호위를 담당하고 있었다. 가던 도중 마수에게 습격당한 마을에 들른 부대는 사크카치의 급습을 받게 되고, 작고 과묵한 엽병 라비는 명령을 무시하고 혼자서 맞서간다. 한편, 할리아스크에서는 급진파 간부 로건이 정찰 임무에서 귀환하고 있었다.

로건은 에레보니아 제국에 의한 크로스벨 자치주 병합의 소식을 듣고, 다음은 노던브리아라고 경종을 울리나 간부들은 반발한다. 마수 격퇴시에 단독 행동으로 규율 위반 행위를 한 라비는 전투 훈련 교관으로서의 임무를 명령받았으나, 훈련 중 군용차가 폭주하는 사건이 발생. 라비, 탈리온, 이세리아, 관리관 마티 가 대응하게 된다.

「제국의 영웅」에 대한 정보를 얻기 위해 에레보니아 제국에 대한 잠입 조사를 명령받은 라비 일행은 제국 서부 라마르주 올디스로 간다. 최초의 명령인 축하 파티로 잠입하는데서 이탈하는 라비와 그녀를 쫓는 탈리온은 올디스에서 제국의 번영을 목격한다. 그런 와중, 항만의 창고에 의심스러운 인영들이 모여 있는 것을 목격한다.

제국 잠입 조사의 경유지인 온천마을 유미르에 들른 라비 일행은 마을의 온천이 차가워진 괴현상을 만나게 된다. 라비와 이세리아는 산속에 있는 원천이 원인이 아닐까 란 정보를 얻어 조사하러 가지만, 그 곳엔 칠요석과 일체화한 마수가 있었고, 이세리아는 결정의 새장에 갇혀 버린다. 라비는 한정된 무기만으로 이세리아의 구출을 시도한다.

「제국의 영웅」의 정보를 얻지 못한 채 대륙 횡단 철도에 탑승해 다음 목적지로 향하는 라비 일행. 그러나 마수가 일으킨 균열에 의해 열차가 갑자기 급정차하고, 복구 작업에 착수하려던 도중 다시 균열이 발생하여 라비는 지하수도로 떨어진다. 탈출을 시도하던 라비는 마수의 습격을 받아 궁지에 물리고, 그런 그녀에게 도움을 주려는 인물이 있었다.

잿빛의 기신 「발리마르」와 그것을 조종하는 「제국의 영웅」 린 슈바르처의 압도적인 힘을 목격한 라비 일행. 철도 환승을 위해 켈딕에서 하차한 라비 일행을 기다리고 있던 것은, 제국군 정보국의 렉터. 라비 일행을 막아선 렉터는, 라비가 「북쪽의 엽병」의 영웅 브라도의 손녀인 것을 알고 있었고 알티나, 밀리엄에게 라비의 구속을 지시한다.

제국에 구속된 마티를 제외하고 노던브리아로 돌아온 라비 일행은 잠입 조사 종료를 보고한다. 다시 교관으로서의 임무를 수행하던 라비는 궁전에서 할아버지인 브라도가 실각하게 된 원인 발레스타인 대령 살해에 대한 진실을 알게 된다. 제국이 노던브리아에 「켈딕 방화」에 대한 배상을 청구했다는 소식이 들어오고, 글라크는 라비에게 할아버지의 의지를 이어 나라를 위해 함께 싸우자고 한다.

글라크는 누군가에 의해 암살되고, 로건은 혼란을 이용해 의회를 점거해 글라크 대신 노던브리아를 이끌 것을 선언한다. 그리고, 급진파 페노메논 부대와 「인형병기」를 사용해 할리아스크를 포위하고 글라크파 중요인물들을 감금한다. 계엄령이 시행되고 글라크 암살의 수모자가 로건이 아니라는 걸 알게 된 라비는 진실을 파악하기 위해 로건이 있는 궁전을 목표로 움직이기 시작한다.

탈리온의 총격에 부상을 입은 라비는 목숨을 건진채 도망쳐 고향인 미슈스크 마을에서 어머니의 간호를 받는다. 마을에서 배신자였을 브라도가 주민들에게 존경받던 것을 알게 된 라비는 할아버지가 했던 말을 떠올리며 영웅으로서의 모습에 대해 생각하게 된다. 그러나 라비를 쫓던 페르메논 부대는 마을에 당도하고 그녀를 찾기 위해 밀밭에 불을 지른다.

제국군이 국경을 넘어 할리아스크로 다가오고, 철저항전하려는 노던브리아. 이세리아와 함께 마을을 떠나 할리아스크로 향한 라비는 글라크 암살 흑막의 존재를 확신하고 궁전으로 향하지만, 제국의 공격을 막던 인형병기가 갑자기 폭주하여 시민들을 공격하고 할리아스크가 혼란에 빠진다. 이 국면을 타개하기 위해 라비는 로건과 대면, 진정한 흑막을 찾아 혼란을 막기 위해 혼자서 떠난다.

혼란에 빠진 할리아스크에서 시민을 피난시키기 위해 나타난 발리마르. 린과 재회한 라비는 노던브리아를 지키기 위해 협력을 요청하고, 사라가 이끄는 유격사 협회도 도착해 시민의 구조가 시작된다. 라비는 귀환한 마티, 알티나의 원호를 받아 드디어 혼란의 원흉인 발문트의 숲에 있는 인형병기 공장에 발을 들인다.