21세기 중엽 일본은 4개의 경제권에 의해 분할통치되었다. 예속국이 된 일본에서 태어난 소년 시이바 아모우는 울적한 나날을 보내던 중에 어느 날, 풀숲에 버려져 있던 자율사고형 AI [가이]와 만나는데.

오세아니아 연합군의 공격에서 벗어난 아모우는 가이, 켄부와 함께 도망치는 나날을 보내고 있었다. 익숙지 않은 매일에 아모우의 피로는 쌓여만 갔다. 배가 고파 견딜 수 없던 어느 날, 아모우는 산속에서 작은 밭을 발견하는데.

아시아군의 습격 받은 아모우를 위기에서 구한 것은 본 적이 없는 어메임이었다. 그 기체는 뛰어난 전투력으로 곧장 아시아군의 무인기 부대를 쓰러뜨렸다. 그리고 수수께끼의 기체는 아모우와 가이에게 지도 데이터를 보내왔는데.

'야타가라스'의 주둔지를 습격한 정체불명의 검은 어메임. 돌발 사태에 서둘러 도망치는 대원들. 영문을 몰라 대응할지 못하던 아모우의 옆에서 가신은 검은 어메임을 노려 보며 말했다. '저 녀석은, 저 기체는......!'

리사의 고향에 찾아온 아모우와 가이. 그곳에서 리사의 소꿉친구들의 환영을 받은 아모우는 그들의 친절에 마음이 따뜻해지는 것을 느낀다. 하지만, 그 마을에서도 아시아군의 일본인에 대한 부조리한 탄압이 행해지고 있었는데.

켄부, 조간의 수리용 부품을 받기 위해 아시아 자유 무역 협상의 지배권에 있는 도시에 찾아온 아모우와 가신. 그러던 중 도시에 쳐들어오는 오세아니아군. 주민들을 피난소로 유도하는 아시아군이었지만 많은 일본인들이 아직 전투 지역에 남겨진 상태였는데.

세 번째 파일럿 시온과 합류한 아모우 일행. 시온의 파트너 AI 나유타를 포함함 세 사람과 세 AI들은 소란스럽게 새로운 본부로 향한다. 한편, 북미 동맹군의 브래드는 특명을 받고 고스트를 추적하고 있었는데.

야타가라스의 본부에서 멀리 떨어진 곳에 전화를 피해 어느 일본인 가족이 찾아왔다. 하지만 그들이 사는 곳은 물도 전기도 들어오지 않는 폐촌이었다. 아모우와 야타가라스 멤버들은 대가족의 생활 환경을 개선하기 위해 활동을 개시하는데.

아모우 일행과 장을 보러 나온 가신은 그곳에서 친형제처럼 같이 자란 스에나가 유세이와 재회한다. 야타가라스를 떠난 유세이는 일본인을 위해서 자치구를 만들고 그곳을 운영해 나가고 있었다. 그런 유세이를 보고 기뻐하는 가신이었는데.

제르망의 의뢰를 받고, 아모우 일행은 도호쿠에서 활동하고 있는 레지스탕스 조직을 돕기 위해 도호쿠로 향한다. 도후쿠로 향하는 배 위, 얼마 전 스에나가와 있었던 일로 가신의 표정은 밝지 않았다. 한편, 일행이 향하는 도호쿠에는 알렉세이 제레노이 소령이 기다리고 있었는데.

브래드 대위는 접촉해온 제르망의 정보로 고스트가 숨어 있는 장소를 알게 된다. 경계하면서도 진위 판별을 정보국에 확인시키는 브래드. 한편, 우도 일행은 아시아군의 움직임이 지금까지와는 다르다는 것을 눈치채고 있었는데.

고스트는 오키노시마에 있다. 그 정보를 얻은 아모우 일행은 조사 끝에 아시아군이 고스트와 전투를 벌인 끝에 퇴각했다는 사실과, 일본인들이 섬에 남겨져 있다는 사실을 알게 된다. 그들은 고스트의 토벌과 일본인 구출을 위해 작전을 준비하는데.

켄부를 포함한 3기가 달려들었지만 고스트를 쓰러뜨릴 수 없었다. 게다가 시간이 경과하면서 고스트는 아모우 일행의 싸움법을 학습하여 맹렬하게 공격해왔다. 아모우 일행은 쿠마이의 협력을 얻어서 역전을 위해 작전을 세우는데.

고스트와 치열하게 싸우고 아모우가 고스트와 함께 폭발에 휘말린 오키노시마 전투로부터 8개월 후. 가신과, 시온은 아모우를 잃은 것을 슬퍼할 틈도 없이 여전히 일본을 되찾기 위해 싸우는 나날을 보내고 있었는데.

갑자기 나타난 미확인 어메임, 그것에 타고 있는 것은 아모우와 가이였다. 재회를 기뻐하는 시온과 쿠마이 일행. 하지만 아모우는 어딘지 데면데면했고 그동안 겪었던 일을 말하지 않으려 했다. 그런 그들에게 부대를 재정비한 북미군이 다가오고 있었는데.

유라시아권과 북미권이 맞닿은 경계선의 한 곳, 그곳에 북미군을 물리치는 유라시아 군부대가 있었다. 알렉세이 제레노이가 이끄는 부대였다. 브래드 대위는 아군을 궁지에서 구하기 위해 개발 중이던 신형 기체를 타고 출격하는데.

가신과 시온의 물음에 그들의 기분을 헤아려 8개월간 겪었던 일에 대해 이야기하기 시작하는 아모우. 아모우는 미스즈가 대표를 맡고 있는 AI 개발 기관의 예비 시설에 있었다. 잠깐 동안 평화로운 시간을 보내던 아모우. 하지만, 그런 그들에게 비극이 덮쳐 왔는데.

유세이의 지원 요청을 받고 토호쿠로 간 아모우 일행. 그곳에는 지일파 유라시아 군인이 만든 일본인 보호구가 있었다. 하지만, 북미권 영역 확대로 인하여 전선과 접촉하게 되었다. 아모우 일행은 보호구를 지키기 위해 북미군과 싸우게 되는데.

'야타가라스' 멤버들에게 새로운 임무가 내려온다. 하지만 그것은 가이, 케이, 나유타에게는 결코 알려져선 안되는 특별한 임무였다. 아모우 일행의 수상함을 눈치챈 AI들은 다양한 방법을 구사해서 그 비밀을 밝혀내려고 했는데.

무섭게 세력권을 넓히고 있는 북미군에게 대항하기 위해 대유라시아 연방, 아시아 자유 무역 협상, 오세아니아 연합이 협력 체제를 구축했다. 그들은 호쿠리쿠 지역을 해방하고 '일본 안에 새로운 일본을 만든다'라는 제안을 가지고 '야타가라스'에 참가 의사를 타진해 왔는데.

신일본 협력 기구가 가장 처음 하게 된 일은 북미 동맹과의 교섭이었다. 그 예비 회담의 게스트로서 도쿄에 온 아모우. 하지만 회담이 시작되기 직전에 북미 동맹 측의 대표인 정치가가 누군가에 의해 저격 당하는데.

연금된 아모우와 알렉세이는 브래드의 도움으로 탈출에 성공한다. 두 사람은 수상쩍어 하면서도 곧장 호쿠리쿠로 향한다. 우도 일행은 두 사람을 구출하기 위해 북미군은 두 사람을 잡기 위해 각자 부대를 파견하는데.

신일본 협력 기구군과의 교전을 계기로 북미군은 호쿠리쿠 지역에 대공세 작전을 펼치기로 한다. 극동 방면군 총사령관도 일본에 도착한다. 신일본 협력 기구는 마사키를 잃은 상처를 치유할 틈도 없이 다음 전투 준비를 서두르는데.

드디어 신일본 협력 기구군과 북미군의 전투가 개시된다. 전력은 조금 북미군이 우세했다. 그 불리함을 뒤엎듯이 각각 배치된 전선에서 선전하는 가신과 시온. 하지만 아모우가 탄 켄부 잔의 앞에 브래드가 조종하는 고스트 탑재기가 나타났는데.

기체 손상이 심각한 데다 가이도 대미지를 입은 켄부 잔. 전황도 신일본 협력 기구군이 열세로 크게 기울고 있었다. 하지만 절체절명에 빠진 아모우의 곁으로 I-LeS 셋이 모두 모여서 모든 힘을 켄부 잔에 옮겨 다시 한번 강대한 적과 맞서 싸우는데.